Флагманский корабль экспедиции был построен в 1560 году по французскому образцу в венецианских доках. Он имел двойную обшивку (однако не был покрыт свинцовыми листами), две палубы и три мачты: фок — и грот-мачты несли прямое парусное вооружение, а на короткой бизань-мачте подвешивался латинский парус. На блинда-рее, под бушпритом, ставился еще один парус — блинд. Штурвал в ту эпоху еще не вошел в употребление — для управления рулем традиционно использовался румпель.

Данные о размерах «Пеликана», приводимые в различных источниках, существенно расходятся. Согласно одним расчетам, длина его составляла 85,3 фута, ширина по палубе — 14,1 фута, осадка — 9,18 фута. По другим данным, общая длина судна составляла 120 футов, длина корпуса — 102 фута, а длина по ватерлинии — 75 футов; ширина равнялась 22 футам, глубина — 13,5 фута. Максимальная скорость, очевидно, не превышала восьми узлов. Экипаж насчитывал от 80 до 85 человек.

Помимо восемнадцати орудий, о которых упоминают Джон Дрейк и капеллан Флетчер, «Пеликан» мог нести несколько вертлюжных пушек. Португальский пилот Нуньо да Силва, захваченный в плен во время плавания, позже рассказывал, что галеон Дрейка имел по семь пушечных портов с каждого борта; кроме того, еще две пушки были установлены на корме и две — в носовой части. По словам да Силвы, 13 пушек были сделаны из бронзы, а остальные пять — из железа. Другой свидетель, Кустодио Родригес, тоже упоминал о восемнадцати пушках, но полагал, что лишь четыре из них были бронзовыми, остальные — железными.

Фламандец Николас Йорис, угодивший в плен к Дрейку у берегов Перу, сообщал, что «на корабле капитана Фрэнсиса имелось по пять орудий с каждого борта, два — на корме и еще два — на носу, то есть всего четырнадцать единиц. Для сражений они имели много видов холодного и огнестрельного оружия и были хорошо снабжены ручным оружием, таким как пистоли, аркебузы, стрелы и хитроумное устройство для поджога парусов». Другой пленник, Франсиско Хакоме, насчитал на борту «Пеликана» по четыре пушки с каждого борта, две пушки — на корме и две — на носу. Кроме того, еще две пушки Дрейк держал под палубой.

По свидетельству Сан Хуана де Антона, флагман англичан «нес по семь железных пушек на каждой стороне нижней палубы и две большие железные пушки на корме возле румпеля». Кроме того, «на верхней палубе он нес шесть тяжелых пушек, из коих две были бронзовые, и свидетель узнал у капитана [Дрейка], что еще больше артиллерии он перевозил внутри своего корабля».

Пленный писарь Доминго де Лисарса заявил, что во время захвата галеона «Какафуэго» корабль Дрейка «нес двенадцать тяжелых железных пушек, по пять с каждой стороны и две — на корме». Кроме этого, он видел, как англичане «вытащили из-под палубы четыре другие пушки, две из которых были бронзовыми», и узнал, что «еще две бронзовые пушки везли в качестве балласта».

«Пеликан» хорошо шел при легком попутном ветре, но терял ход на высокой волне. Кроме того, при сильном ветре и при галсировании в трюм активно просачивалась вода, которую приходилось откачивать с помощью помп.

Каюта генерал-капитана имела богатое убранство; вся посуда, предназначавшаяся для его стола, и часть кухонной утвари были изготовлены из чистого серебра; во время приема пищи слух Дрейка должны были услаждать четверо музыкантов. Вся эта показная роскошь предназначалась для того, чтобы продемонстрировать славу и богатство Англии и произвести впечатление на иностранных гостей, которые могли оказаться на борту судна в ходе экспедиции.

Всю ночь на 16 ноября корабли держали курс на зюйд-вест и утром оказались в районе мыса Лизард. Здесь неожиданно подул сильный встречный ветер, заставивший флотилию укрыться в гавани Фалмута.

В тенденциозной компиляции «Экспедиция вокруг света» («The World Encompassed»), составленной племянником и тезкой Дрейка на основе отредактированных дневников Фрэнсиса Флетчера и Джона Кука, читаем: «На другой день, ближе к вечеру, поднялся шторм, свирепствовавший всю ночь и следующий день (особенно между 10 часами утра и 5 часами пополудни) столь неистово, что, хотя это была очень хорошая гавань, все же 2 наших корабля, а именно адмиральский (на котором шел наш генерал) и „Мэриголд“, были вынуждены срубить свои грот-мачты, и для ремонта их, а также многих иных повреждений, причиненных этой бурей (как только погода позволила это), мы поворотили назад в Плимут, куда и прибыли в полном составе на 13-й день после нашего первого ухода оттуда».

Эту информацию подтверждает также капитан «Элизабет» Джон Уинтер, составивший позже отчет о начальном этапе экспедиции под названием «Плавание мистера Уинтера с мистером Дрейком к Магелланову проливу».

Две недели ушло на переоснащение и ремонт потрепанных бурей кораблей. Лишь 13 декабря, воспользовавшись благоприятным ветром, флотилия смогла снова выйти в море.

Когда земля скрылась за кормой, Дрейк собрал своих капитанов на военный совет. Там он объявил, что, если корабли потеряют друг друга из виду, им следует идти на рандеву к острову Могадор, находящемуся у берегов Марокко. Из этого сам собой напрашивался вывод, что флотилия пойдет не в Александрию, а куда-то на юг вдоль побережья Западной Африки.

В день Рождества, 25 декабря, англичане приблизились к африканским берегам в районе мыса Кантин. Из порта Сафи, расположенного южнее, к ним навстречу устремились две быстроходные галеры. Местный правитель ожидал прибытия португальской эскадры, с помощью которой собирался расправиться со своим родным дядей, узурпировавшим власть в стране. Но, убедившись, что замеченные в море корабли прибыли не из Португалии, марокканцы повернули назад.

В тот же день флотилия Дрейка подошла к острову Могадор, лежащему напротив одноименной гавани (ныне Эс-Сувейра), примерно в миле от побережья материка. Остров был необитаем и покрыт густым кустарником. Англичане обнаружили здесь множество голубей и морских птиц. На южной стороне высились три полые скалы, возле которых в прозрачной воде сновали косяки рыб.

Шлюпка, высланная в гавань на разведку, вернулась назад с добрыми известиями: бухта защищена от ветра, и в ее северной части имелся удобный проход с глубинами от пяти до шести саженей. 27 декабря флотилия вошла в бухту и стала на якорь.

Пять дней было потрачено на сборку одного из четырех пинасов, находившихся на борту в разобранном виде. «Наше присутствие было вскоре обнаружено жителями этой страны, — пишет автор „Экспедиции вокруг света“, — которые, направившись к берегу, знаками и криками дали понять, что хотели бы подняться на борт; наш генерал отправил за ними лодку, в которую вскоре сели два самых знатных мавра, а взамен один из наших людей остался на суше — как гарантия их возвращения».

На флагмане гостей встретили с подчеркнутой любезностью, накормили и одарили подарками, демонстрируя тем самым, что флотилия прибыла в их страну с миром и намерением наладить взаимовыгодную торговлю. Предложение о торговом обмене было воспринято марокканцами одобрительно. Забрав подарки, они пообещали вернуться на следующий день и привезти с собой товары, которые могли заинтересовать пришельцев из Англии.

В урочный час с кораблей заметили, как в направлении берега движется караван, в котором было не меньше тридцати верблюдов. Тут же к месту высадки, находившемуся среди прибрежных скал, выслали шлюпку. Один из матросов, Джон Фрай, ранее бывавший в Марокко и немного знавший местные обычаи и язык мавров, первым выбрался на сушу. Согласно обычаю он должен был остаться среди марокканцев в качестве добровольного заложника — до тех пор, пока не закончится обмен товарами. Но неожиданно несколько марокканцев набросились на него и, угрожая кинжалом, потащили прочь от берега. Одновременно другие туземные воины, скрывавшиеся за скалами, попытались напасть на матросов, находившихся в шлюпке. К счастью, те успели отчалить и вернуться к кораблям.