Штандарт «Дойчланд» — лучший в частях усиления СС — принял участие во всех «цветочных войнах»: в аншлюсе Австрии, занятии Судетской области и оккупации Чехии. Штейнер, как и все участники этих операций, получил Медаль в память 13 марта 1938 год и Медаль в память 1 октября 1938 года и позже к ней шпангу «Пражский град». Не обошлось дело без различных трений с рейхсфюрером СС и высшим руководством СС. Камнем преткновения стало желание пришедших в части усиления СС кадровых офицеров (таких как Хауссер, Штейнер, Гилле и другие) дистанцироваться от СС как политической организации и фактически превратить эти части в элитные подразделения вермахта, обладающие определенной самостоятельностью и находящиеся в привилегированном положении. Это в свою очередь не устраивало рейхсфюрера, стремившегося к созданию армии, которая выражала бы «единство испытанных членов партии с носителями оружия в ее рядах». И соответственно командиры войск СС оставались чужими для партийной верхушки Охранных отрядов. Например, Гейнц Хёне приводит следующую характеристику Штейнера, данную ему штандартенфюрером Эрнстом Фиком, являвшимся инспектором мировоззренческого воспитания в Главном управлении СС: он человек «духовно близкий вермахту, плюсом которого являются военные традиции, минусом же — тугодумие в понимании наших политических проблем».

Постепенно изменялась и уточнялась структура штандарта, и к началу Второй мировой войны — 1 сентября 1939 года — он принял следующий вид:

Первые битвы мировой войны

Как наиболее боеспособное соединение частей усиления СС полк «Дойчланд» (вместе с артиллерийским полком СС) был включен в состав действовавшей в первом эшелоне группы «Кемпф», входившей в состав I армейского корпуса 3-й армии генерала артиллерии Георга фон Кюхлера. Перед началом кампании группа размещалась в Ниденбурге (Восточная Пруссия).

Эсэсовцы Штейнера отличились в боях на Млавском направлении. После перехода границы «Дойчланд» получил приказ прорвать оборону противника. Штейнер принял решение о лобовой атаке, но недооценил польских противотанковых заграждений, и полк попал под сильный артиллерийский огонь и понес значительные потери. Однако и в этой ситуации (а также при отсутствии поддержки с воздуха) Штейнер продолжил атаку, и к моменту остановки наступления эсэсовцы были в 100 метрах от польской линии обороны. На следующий день полк был переброшен к Хорцелю, где оборона поляков была прорвана, и он начал наступление на Розан.

3 сентября полк (в составе группы «Кемпф») атаковал южнее Прасныша Мазовецкую кавалерийскую бригаду и после ожесточенного боя отбросил ее на юг, что дало возможность разведывательному батальону прорваться к Цехануву, за чем на следующий день, 6 сентября, полк «Дойчланд» вместе с двумя пехотными дивизиями принял участие в атаке под Пултуском, однако полякам удалось отбиться. Но на следующий день, после того как немецкие войска форсировали Нарев, немцам удалось выбить гарнизон из города. Вечером 8 сентября полк форсировал Нарев и начал операцию по взятию Визны. Создалась угроза тылам армии «Модлин», и 10 сентября поляки попытались перейти в контрнаступление, превратившееся в две нескоординированные атаки, которые были без труда отбиты группой «Кемпф». Затем группа атаковала под Строчком и Жулинем сильно потрепанные 33-ю и 41-ю польские пехотные дивизии и разгромила их наголову. 13 сентября группа, в том числе и полк Штейнера, вступила у Сороцка в бой с 1-й пехотной дивизией легионеров — элитным соединением Войска Польского. После тяжелых боев дивизии удалось вырваться из окружения, но ее потери составили почти 2/3 личного состава. После чего немцы развернулись на Модлин и в ночь на 18 сентября вышли на шоссе Насельск — Каролиново в 15 километрах к северу от города. В эти дни Феликс Штейнер получил свои первые (но отнюдь не последние) награды во Вторую мировую войну: 17 сентября 1939 года он был награжден планкой к Железному кресту 2-го класса, а уже 26 сентября — к кресту 1-го класса. 27 сентября немецкие войска пошли на штурм города, и 29 сентября Модлинский гарнизон (35 тысяч человек) капитулировал.

После окончания Польской кампании полк «Дойчланд» вместе с полками «Германия» и «Фюрер», а также, другими частями усиления СС был объединен в дивизию усиления СС, которая затем получила название дивизии СС «Дойчланд», а позже — «Рейх». 24 января 1940 года Штейнер был произведен в оберфюреры СС. Дивизия усиления СС была переброшена на Запад и размещена лагерем в районе Мюнстера. Предполагалось, что с началом кампании на Западе она пересечет границу сразу же после прорыва линий обороны противника — генералы вермахта не доверили эсэсовцам столь важную задачу, как прорыв.

С началом Французской кампании дивизия усиления СС (полки «Дойчланд» и «Германия», полк «Фюрер» был придан «Лейбштандарту») 11-12 мая 1940 года приняла участие в боях в Брабанте, а затем в преследовании отступавшего в направлении побережья Ла-Манша противника. В конце мая полк СС «Дойчланд» был временно придан 3-й танковой дивизии генерал-майора Хорста Штумпфа и принял активное участие в боях на канале Лис близ Мервиля. Во второй половине дня 27 мая Штейнеру после многочисленных атак удалось прорваться к Лису на участке между Мервилем и Тьяном и организовать оборону моста. Части 2-й британской дивизии организовали ожесточенное сопротивление — им было необходимо удерживать позиции, чтобы предотвратить окружение своих товарищей. В этой ситуации Штейнер отдал приказ о форсировании канала. В бой был брошен 3-й штурмбанн (при поддержке двух артиллерийских батарей, которые точной стрельбой подавили пулеметные гнезда противника). Плацдарм на противоположном берегу Лиса был захвачен, и Штейнер немедленно перевел туда еще один штурмбанн, а к семи часам вечера лично прибыл на плацдарм. Проведенная операция была крайне рискованной, особенно если учитывать, что господствующие высоты Лестрема оставались в руках англичан. Вечером того же дня позиции 1-го штурмбанна были атакованы 20 британскими танками, при поддержке пехоты. В связи с тем, что переправа еще не была налажена в должной степени, Штейнер к этому времени не переправил на образовавшийся плацдарм никакого тяжелого вооружения — у солдат двух штурмбаннов не было ни бронемашин, ни легких танков, ни противотанковых орудий, только пулеметы и личное стрелковое оружие. Возникла критическая ситуация — потери росли с катастрофической скоростью, 3-й штурм Фритца Витте практически перестал существовать. Однако именно здесь проявились те качества войск СС, которые впоследствии прославят их и сделают дивизии СС лучшими фронтовыми частями: в боях у Мервиля в полной мере проявился фанатизма эсэсовцев, готовность жертвовать собой, а также их высокая стойкость и боевые качества. В поданном позже рапорте Штейнер так описывал происходящее: «Солдаты и офицеры обвязывались связками противотанковых гранат и бросались под танки. Один из эсэсовцев изловчился прыгнуть на броню английского танка, чтобы подорвать экипаж ручной гранатой через смотровую щель. Идущий параллельным курсом английский танк разрезал бойца очередью из крупнокалиберного пулемета… Я видел собственными глазами, как солдаты подпускали танки на 5-10 метров и только тогда открывали огонь из стрелкового оружия или поражали цель из противотанковых ружей и гранатометов. Хочу отдельно ходатайствовать о награждении Железным крестом 1-го класса (посмертно) трех ротных командиров, ставших сердцем и душой сопротивления».