Под собором находилась усыпальница. Вечное упокоение нашли в ней племянники великого князя Василия II Темного, – Иван, Андрей и Василий, погребены здесь именитые благотворители монастыря из фамилий бояр Салтыковых, Кафтыревых, князей Хованских… Тут же захоронены игумены и некоторые иноки монастыря. Все гробницы тщательно сохранились. Увы, в послереволюционные годы, после закрытия монастыря, они были уничтожены…

На протяжении своей многовековой истории знал монастырь сей и годы расцвета, и годы полного запустения. Грамоты, данные в разное время его настоятелям, показывают, что пользовался он покровительством и поддержкой и великих князей и государей наших. Любила посещать его первая супруга царя Иоанна Грозного – Анастасия. Здесь уместно вспомнить: о том, что она будет царицей, предрек ей преподобный Геннадий Костромской и Любимоградский. И сам ее царственный супруг не оставлял Богоявленский монастырь своей милостью. Впрочем, помнит наша древняя обитель и страшные дни гнева его, когда за почести, оказанные царскому племяннику, направлявшемуся через Кострому из Первопрестольной в Нижний Новгород, жестоко пострадали многие и сам игумен ее. Скорый на гнев и расправу, государь постарался затем искупить своей грех пред обителью, одарив ее многими дарами и милостями, но те страшные дни остались в истории обители и в истории града нашего запечатленными навсегда…

Страшные дни… Богоявленский монастырь помнит их немало. Все тяжкие испытания, все грозные удары времени монастырь встречал и превозмогал достойно. В годы Смутного времени, например, иноки его явили пример, достойный благодарной памяти потомков, пример верности вере своей православной и Отечеству.

В конце дека6ря 1608 года, когда Кострома оказалась в руках польских интервентов, иноки Богоявленского монастыря решили скорее пожертвовать своей жизнью, но не покориться захватчикам. Лишь после осады и штурма монастырь был захвачен и разграблен. Одиннадцать его иноков приняли мученическую смерть.

О том, насколько известным и значительным был Богоявленский монастырь в России того времени, говорит хотя бы тот факт, что при избрании на царство Михаила Федоровича Романова в феврале 1613 года на Московском Земском соборе присутствовал и подписался под избирательной грамотой в числе других выборных и настоятель этого монастыря игумен Арсений.

XVII век для Богоявленского монастыря стал временем каменного строительства. Деньги на строительство прислали многие, но главными жертвователями были: бояре Салтыковы, мать царя Михаила – инокиня Марфа, его отец – патриарх Филарет и другие патриархи московские и всея Руси…

В 1610 году была воздвигнута каменная церковь во имя Св. Иоанна Богослова, которую освятил сам патриарх Гермоген – будущий священномученик.

В начале того же столетия к Богоявленскому собору были пристроены каменные галереи, затем воздвигнуты Трехсвятительская и Сретенская церкви, звонница с приделом в честь преподобного Сергия Радонежского – в нижнем ее ярусе – и церковь в честь святителей Михаила, Петра и Ионы – над святыми вратами обители.

Особенно украсился монастырь при игумене Герасиме. С 1542 по 1672 год, без какого-либо перерыва, возводил он, одно из другим, каменные здания. В первые шесть лет этого тридцатилетнего срока монастырь был обнесен каменной стеной семиметровой высоты. Монастырь приобрел вид крепости. Шесть башен возвышались над стеной: четыре – угловые и две – надвратные.

В 1672 году Богоявленский собор был расписан «на иждивение» боярина Петра Михайловича Салтыкова. К этому же времени относится и написание на стене юго-западной башни иконы Богоматери Смоленской, чудесно сохранившейся во время пожара 1773 года, после чего и началось ее особое почитание. Здесь сначала была построена деревянная часовня, а в 1824 году алтайским миссионером, архимандритом этой святой обители Макарием Глухаревым, на средства костромского гражданина Ф.М. Обрядчикова возведена небольшая церковь, названная в народе «Смоленской часовней».

В XVIII веке и в первой половине XIX века Богоявленский монастырь переживал пору своего упадка. Новое строительство в нем почти не велось. Лишь в 1752–1760 годах на средства генеральши Екатерины Михайловны Салтыковой в монастыре была выстроена церковь во имя Святителя Христова Николая – над гробом супруга ее Михаила Петровича Салтыкова. Сокращалось число братии, здания пустовали. С 1779 года сюда были помещены все присутственные места города, которые находились здесь до 1809 года. В 1814 году в монастырь была переведена Духовная семинария.

Пожар, истребивший в сентябре 1847 года почти половину Костромы, не пощадил и Богоявленский монастырь, превратив его в развалины. О восстановлении монастыря в те годы не могло быть и речи: город, посещенный столь страшной бедой, не имел возможности оказать опустошенному и разрушенному пожаром монастырю хоть какую-то помощь. Монастырь был закрыт. Городские власти в течение 16 лет продавали кирпич разбираемых его развалин для строительства частных зданий, щебень же отдавали бесплатно – для мощения улиц. Были разобраны таким образом Сретенская и Трехсвятительская церкви, паперти Богоявленского собора, звонница, почти все жилые и хозяйственные постройки, часть стен. К 1864 году монастырь перестал существовать. Богоявленский собор не был разобран, поскольку император Николай Павлович повелел сохранить его как памятник древности. Скорее всего, остался бы он со временем и памятником самому исчезнувшему монастырю, если бы не Божия воля, явленная через игумению Марию, в 1863 году вступившую в управление женским Анастасииным Крестовоздвиженским монастырем. В том году подала она прошение о передаче ей бывшего Богоявленского монастыря под условием его восстановления.

Начинается новая страница истории древней костромской обители. Монастырь становится девичьим. Изменилось и его название: к прежнему добавилось слово Анастасиин. Воистину символическое добавление. «Анастасия» – с древнегреческого означает воскресение. Именно воскрешенным, а не просто обновившимся становится монастырь, и воскресение это связано с новым его расцветом.

Начав трудный подвиг возрождения монастыря, игуменья Мария фактически отстроила его заново. Прежде всего она позаботилась о расширении Богоявленского собора. К нему были сделаны три новые пристройки – с западной, южной и северной сторон, сам же древний собор был превращен в алтарь. Просторный, обновленный, с большим вкусом украшенный, собор был торжественно освящен 28 декабря 1869 года. Позднее его новые стены были расписаны и внутри и снаружи. Обновлена была усыпальница под алтарем, устроена каменная галерея, соединившая собор со святыми вратами под колокольней. В 1867 году в усыпальнице была устроена небольшая церковь во имя св. великомученика Никиты и Преподобного Сергия Радонежского. Возрожден был и Никольский храм.

После пожара 1847 года чудотворная икона Смоленской Божией Матери вновь дивным образом сохранилась без повреждения, хотя сама Смоленская церковь и выгорела дотла. После этого почитание сей святыни еще более усилилось. Вскоре же после пожара Смоленскую церковь начали восстанавливать. Возобновлена она была на средства Платона Васильевича Голубкова, уроженца Костромы. Богослужения в ней постоянно совершались и в годы полного упадка монастыря.