Остальные двунадесятые праздники отмечались торжественными богослужениями и крестными ходами, а завершались, как правило, угощением в царском и патриаршем дворцах. Праздничные «столы» завершались обычно раздачей огромных сумм милостыни. Известно, что самую большую милостыню раздавал Алексей Михайлович. Вся страна знала о беспредельной набожности и церковном усердии царя. Даже иностранцы характеризовали его как истинного христианина. Например, голландец Яков Рейтенфельс отмечал: «..даже ночью встает славословить Господа песнопениями венценосного пророка… посты, установленные Церковью, наблюдает так строго, что в продолжение сорока дней пред Пасхою не пьет вина и не ест рыбы. В напитках очень воздержан и имеет такое острое обоняние, что даже не может подойти к тому, кто пил водку… Благодетельность царя простирается до того, что бедные почти каждый день собираются ко дворцу и получают деньги целыми горстями, а в праздник Рождества Христова преступники освобождаются из темниц и, сверх того, еще получают деньги».

Средние и малые церковные праздники, приходившиеся на теплое время года, цари предпочитали отмечать в ближайших монастырях. В праздник Смоленской иконы Божией Матери (28 июля) Михаил Федорович часто бывал в Новодевичьем монастыре, праздник Происхождения (изнесения) честных древ Животворящего Креста Господня (1 августа) встречал в Симоновом монастыре. Эту традицию продолжили и его преемники на российском престоле. Государи, как правило, присутствовали на обряде водоосвящения, происходившем дважды в год: на Богоявление (6 января) и в праздник Происхождения честных древ. В ознаменование крещения Христа в священных водах реки Иордан на Москве-реке под Симоновым монастырем и у Кремля, напротив Тайницких ворот, устраивали иордань («ердань»), представлявшую собой украшенный балдахином плот с перилами и вырезанным в центре отверстием для погружения святого креста. Алексей Михайлович любил и сам окунаться в иордань в честь праздника Происхождения честных древ.

Правление «тишайшего» царя ознаменовалось массой изменений во всех сферах церковной жизни, в том числе и в праздниках. Поддерживая стремление русского православия соединиться с греческим, Алексей Михайлович активно содействовал популяризации культа Иверской иконы Божией Матери, связанной с греческой монашеской горой Афон. Конечно, чудеса от этой иконы были известны в России издавна, но ее почитание было поднято на новый уровень в связи с усилением вселенской миссии Русской православной церкви. Никон, еще будучи архимандритом Новоспасского собора, заказал в афонском Иверском монастыре точную копию чудотворной иконы. 13 октября 1648 года привезенному в Москву лику Богородицы была устроена торжественная встреча при стечении массы народа во главе с царем и патриархом Иосифом. Еще две копии Иверской иконы были присланы в Россию в 1656 и 1669 годах, последний список был установлен в часовне у Воскресенских ворот, выходивших на Тверскую улицу, и стал одной из самых почитаемых святынь столицы.

Алексей Михайлович ввел новый государственный церковный праздник в честь Марии Египетской, небесной покровительницы его первой жены Марии Ильиничны. В 1648 году он указал совершать 1 апреля празднество в Сретенском монастыре, где была единственная в Москве церковь во имя Марии Египетской. Крестный ход во главе с самим патриархом шел из Кремля до Сретенской обители, где совершалось торжественное богослужение. Так как этот праздник совпадал с именинами царицы, то в Кремлевском дворце проходили все связанные с ними торжества. Вот описание этих событий в 1668 году: «…святейший патриарх ходил в Стретенский монастырь, что на Устретенке, к вечерне и к молебну для празднества преподобной Марии Египецкия и для имянин государыни царицы и великой княгини Марьи Ильиничны, и на монастыре и идучи дорогою роздано нищим и бедным милостины 3 рубля». В 1651/52 году царская чета подарила храму икону «Святой Алексей, человек Божий, и Мария Египетская», которая была помещена в нижний, местный ряд иконостаса. В 1668 году по их же заказу был изготовлен и подарен обители так называемый Мариинский колокол.

Московские государи посещали практически все торжественные события церковной жизни, много жертвовали на церковные нужды, инициировали и финансировали поновление храмов и святынь. Особую статью подобных расходов составляли прославления святых мощей, когда по царскому повелению переносили останки, изготавливали для них драгоценную раку, проводили торжественное богослужение. Например, Михаил Федорович в 1643 году приказал сделать серебряную раку для мощей преподобного Александра Свирского, по его инициативе было проведено освидетельствование мощей великого владимирского князя Юрия Всеволодовича, погибшего в 1238 году во время Батыева нашествия в битве на реке Сити. При нем возобновилось прославление новых святых, в частности Макария Унженского. При Алексее Михайловиче состоялась канонизация преподобного Кирилла Новоезерского, Анны Кашинской, Саввы Сторожевского; прошло торжественное перенесение в Успенский собор мощей первого русского патриарха Иова, погибшего во время Смуты патриарха Гермогена, а также митрополита Филиппа (Колычева), задушенного в опричнину по распоряжению Ивана Грозного.

На торжественном перенесении мощей митрополита Филиппа настоял в 1652 году Никон — будущий патриарх, а тогда еще митрополит Новгородский. Он сам ездил за мощами святителя в Соловецкий монастырь. Никон же настоял, чтобы у гроба мученика Филиппа царь принес покаянную молитву за преступления своего «прадеда» Ивана Грозного. Алексей Михайлович выполнил это требование безропотно, но спустя 14 лет, на Большом церковном соборе, осудившем Никона, припомнил ему то унижение, которое испытал в момент покаяния, так как, по-видимому, уже тогда почувствовал, что за стремлением Никона возродить славу митрополита Филиппа стояло желание укрепить собственное лидерство и принизить славу царского рода. (Как мы знаем, Алексей Михайлович высоко ценил Ивана Грозного, часто служил панихиды по нему. На Большом соборе 1666–1667 годов он выдвинул в адрес опального патриарха обвинение — точнее, задал риторический вопрос: «Для чего он, Никон, такое бесчестие и укоризну блаженные памяти великому государю и великому князю Ивану Васильевичу всеа Руси написал?» Речь шла о грамоте константинопольскому патриарху, в которой его московский коллега написал, что Грозный «неправедно» мучил митрополита Филиппа. Сей факт было трудно оспорить; но царь всё же возмутился.

С канонизацией благоверной княгини Анны Кашинской, жены тверского князя Михаила Ярославина, мученически погибшего в Орде, произошла крайне неприятная история. Алексей Михайлович лично участвовал в ее прославлении. В 1611 году ее мощи были обретены в Кашине, в церкви Успения Пресвятой Богородицы, в 1649-м по повелению царя Алексея Михайловича тверским архиепископом Ионой, архимандритом московского Андроникова монастыря Сильвестром и игуменом московского Данилова монастыря Иоанном произошло их освидетельствование, сопровождавшееся чудесными исцелениями. 12 июня 1650 года в присутствии царя состоялось перенесение останков благоверной княгини в кашинский Воскресенский собор, тогда же она была официально канонизирована. Сам государь попросил Епифания Славинецкого составить ее житие. К 1676 году сложился цикл литературных памятников, посвященных святой; помимо жития в него вошли статьи о явлении Анны пономарю Герасиму, обретении мощей и перенесении их из деревянной церкви в Воскресенский собор. Культ Анны Кашинской привлек пристальное внимание старообрядцев, поскольку пальцы ее десницы были сложены в двуперстном знамении (правда, проведенный в 1677 году осмотр зафиксировал, что «правая рука в завитии погнулася, а длань и персты прямо, а не благословляющи»). Понятно, что официальная церковь в лице патриарха Иоакима, человека жесткого и решительного, потребовала пересмотра канонизации святой, что и было проделано в 1677–1678 годах. Особая комиссия проводила «досмотр» жития Анны Кашинской и нашла «несогласия» по тринадцати пунктам. Церковный собор 1677 года аннулировал канонизацию Анны Кашинской, объявив ее житие ложным и запретив церковные службы в ее честь.