Альмагро, который считал себя равноправным партнером с губернатором, снова посчитал себя обделенным. Огромное недовольство таким обращением охватило и участников его отряда. Но в дополнение к этому их еще очень обеспокоила и возможность остаться без добычи. Но «старожилы» экспедиции губернатора решительно противились их участию и в этом предстоящем распределении добычи под предлогом того, что она будет тоже результатом захвата императора Для вновь прибывших, таким образом, сохранение жизни Атауальпы превратилось в препятствие для их ожидаемого обогащения, и они вместе со своим военачальником стали все решительнее и настойчивее требовать его смерти.

Сам глава экспедиции, получивший от своих посланцев из Куско подтверждение сказочных богатств столицы инков, испытывал растущее нетерпение отправиться туда как можно быстрее, чтобы захватить имевшуюся там добычу и в основном завершить завоевание империи. Все его люди за долгие месяцы пребывания в Кахамарке уже устали от скуки и безделья. Немало из них, получив перуанское богатство, уже мечтали о возвращении в Испанию для устройства новой беспечной жизни. Писарро понимал, что, если не повести солдат в новый поход за новой добычей, то он в скором времени начнет их терять и не сможет завершить покорение страны. Поэтому он принимает решение двинуться в Куско, но одновременно понимает необходимость определить судьбу императора. Отпустить его на свободу он не мог, опасаясь неминуемого реванша со стороны инков. Оставлять его в Кахамарке под охраной означало порождать соблазн у индейцев освободить своего вождя и поставить его во главе армий для борьбы с испанцами, так же как и вести его на огромное расстояние с собой в Куско. Теперь Атауальпа превратился для Писарро в опасную обузу, от которой ему надо было избавляться. Такой исход мог бы одновременно успокоить Альмагро и его людей, требовавших казни императора, исходя из своих собственных корыстных соображений. Судьба Атауальпы была предопределена, и для расправы над ним оставалось лишь найти подходящий предлог.

Если верховный правитель инков в это время пребывал в подавленном настроении в связи с провалом его ожиданий на освобождение и в мрачных предчувствиях, основывавшихся на резком ухудшении отношения к нему многих общавшихся с ним испанцев, то Писарро наслаждался огромным богатством и приобретенной славой. Для дальнейшего упрочения своего будущего он теперь пришел к выводу, что самым лучшим способом достижения этой цели стало бы направление королю подробного отчета о своих великолепных достижениях в завоевании Новой Кастилии- Перу и в приобретении для казны неслыханных богатств, установленная доля которых могла бы быть триумфально передана в распоряжение испанского монарха. Губернатор поделился этой идеей с Альмагро и своими братьями, которые с большим энтузиазмом поддержали ее и единодушно высказались за то, чтобы поручить столь завидную миссию Фердинанду Писарро.

Подготовка к путешествию в Испанию не заняла много времени, и когда де Сото и дель Барко вернулись из Куско, брат губернатора уже находился в пути. Их рассказы о потрясающих богатствах имперской столицы взбудоражили все испанское воинство настолько, что теперь оно просто мечтало о том дне, когда сможет захватить ожидавшую там богатую добычу. Жизнь Атауальпы, казалось, стала единственным препятствием в достижении столь вожделенной цели. Предлог для устранения этого препятствия не заставил себя ждать: в лагерь испанцев поступило ложное сообщение, потом опровергнутое, что по приказу Атауальпы против них на Кахамарку движется большая армия инков. Писарро, не раздумывая, отдал приказ о казни Атауальпы. Перед казнью императору предложили, и он согласился, принять христианство, и сожжение на костре было заменено виселицей. Его верный военачальник Чалькучима отказался креститься и погиб на костре.

Смерть Атауальпы означала исчезновение центральной власти, которая даже при его нахождении в плену, хотя и в ослабленном виде, сохранялась. Теперь в покоренных инками территориях, особенно в северных провинциях с центром в Кито, усилилось движение за освобождение от завоевателей. Казнь испанцами императора, опиравшегося на северные земли, помогла завоевателям привлечь на свою сторону жителей южных провинций с городом Куско.

Поэтому, когда около 500 воинов отряда Писарро во главе с ним двинулись к столице, на их пути лежали в основном дружественные территории, где их встречали как союзников. Именно в таком качестве к войску губернатора в дороге присоединился родной брат свергнутого законного правителя Уаскара Манко, которого пришельцы решили посадить до определенного времени на пустующий трон в качестве послушной марионетки. Однако там же от прежнего времени еще оставались армии во главе с северными военачальниками и, используя очень большие трудности испанцев, связанные с переходами через высокие горные перевалы, широкие реки, ущелья и прочие природные препятствия, они доставляли им немало хлопот неожиданными нападениями, разрушениями мостов, уничтожением запасов провианта, поджогами и другими формами преследования. В одной из таких схваток чуть было не погиб весь отряд во главе с Эрнандо де Сото. Но превосходство испанских сил взяло в итоге верх, и в последней битве недалеко от ворот Куско армия северян потерпела поражение и ушла. Вход в имперскую столицу был свободен. Когда затихло это сражение, был уже поздний вечер, и Писарро решил отложить вступление в заветный город до наступления утра.

Участники экспедиции были покорены красотой и богатством роскошных дворцов, храмов и зданий великолепной столицы, длиной и правильностью расположения ее приятных улиц и площадей, удивительным общим порядком и видимыми удобствами, а также очевидной состоятельностью ее жителей. Им никогда не приходилось видеть ничего столь впечатляющего до сих пор. Даже масштабы Куско не могли не вызывать удивления: это был просто огромный город, в котором без прилегающих к нему замечательных зеленых окраин насчитывалось, по ряду оценок, около 250 ООО человек.

Испанцы вошли в пригород столицы тремя подразделениями, впереди которых шествовал сам дон Писарро при бесчисленном множестве людей, собравшихся со всего города и близлежащих поселений, которые с жадным любопытством рассматривали возникшее перед ними невиданное зрелище марширующих белых бородатых пришельцев в металлических доспехах с блестящим загадочным оружием в сопровождении сотрясающих своими копытами землю диковинных животных. Для всех собравшихся вступление испанского отряда в город было неслыханным, потрясающим и воистину историческим событием.

Пришельцы остановились на просторной центральной площади, которую можно было относительно легко защищать в случае нападения и на которой на первое время были расставлены полевые шатры. Писарро сразу же отдал строгий приказ своим подчиненным не совершать грабежей и насилия. Но столица изобиловала дворцами и храмами, которые быстро подверглись разграблению. Испанцы не остановились даже перед осквернением императорских могил и мумий, а также других захоронений. Тут и там в пределах юрода и его окрестностях они выискивали богатые клады, порой вынуждая жителей указывать и открывать их настоящими пытками. Однако награбленные такими способами огромные богатства все равно казались завоевателям недостаточными, и они продолжали грабежи. Как и в Кахамарке, после отделения королевской пятой части, куда вошли наиболее великолепные и богатые изделия, все золото и серебро было переплавлено в слитки и разделено по условленным долям между всеми 480 участниками. По приблизительным оценкам, вся эта добыча значительно превысила собранный выкуп Атауальпы.