В ходе переговоров Альварадо узнал, что Кито ничего не мог предложить испанцам, и осознал, что ему нет смысла идти на конфликт, который мог бы к тому же вызвать оправданную санкцию со стороны короля. В итоге было согласовано, что в обмен на отказ от своих претензий Альварадо получит 100 ООО песо золотом, но отдаст в распоряжение Писарро все свои 12 каравелл и другие суда и весь свой отряд вместе с оружием, боеприпасами и провиантом. После оформления сделки Альварадо выразил пожелание встретиться с доном Писарро.

Сам губернатор к этому времени еще не знал, что происходило на севере на расстоянии свыше 2000 миль от Куско, и поэтому решил двинуться на побережье лично для организации отпора вторжению губернатора Гватемалы. Поставив во главе управления делами столицы брата Хуана при 90 солдатах гарнизона, он взял с собой своего ставленника Манко и отправился в дорогу. Во время остановки в пути в городе Пачакамак ему сообщили, к его облегчению, об улаживании дела с Альварадо, который вскоре сам прибыл к нему на встречу, которая прошла довольно по-дружески. На этом провалившаяся перуанская авантюра неугомонного вояки закончило», и он отбыл к себе в Гватемалу. Оттуда он еще несколько раз пускался в новые авантюры в разных частях Центральной Америки и Мексики, где он был смертельно ранен во время подавления одного из восстаний индейцев.

К этому времени покорение Перу в целом было завершено, несмотря на некоторые вспышки восстаний в центре страны. Беналькасар остался укреплять власть испанцев в Кито. Куско находилось в смиренном подчинении вместе с правителем Манко, а остатки северных армий были разбиты и разбросаны. Громадная и богатая империя инков перестала существовать. Ее покоритель Франсиско Писарро, богатый и могущественный, находился в зените славы.

После этих огромных успехов он стал думать о выборе столицы своих обширных владений и после изучения разных вариантов остановился на прибрежной долине реки Римак, расположенной приблизительно в центре страны. На языке индейцев кечуа «римак» означало «говорящий», но у соседнего индейского племени аймара оно звучало как «лимак», что в испанском языке перешло в «лима» и впоследствии стало названием столицы Перу. Заложенный 6 января 1535 года на совершенно новом месте столичный город был назван Писарро Городом Королей в честь праздника Богоявления и поклонения волхвов (королей), приходившегося на тот день. Но это имя вышло из обихода уже при жизни первого поколения его обитателей и было заменено на знакомое нам «Лима».

Пока губернатор занимался проектом и закладкой своей столицы его партнер Альмагро отправился по поручению Писарро в Куско, где ему предстояло взять на себя командование городом. Несмотря на старую обиду, Альмагро старался проявлять лояльность по отношению к своему партнеру-губернатору, но он теперь не доверял ему как раньше и, чтобы снова не оказаться обойденным, включил в группу сопровождения Фернандо Писарро своих людей для встречи с королем.

Брат Писарро благополучно прибыл в Севилью в январе 1534 года с фантастическим количеством золота, серебра, драгоценных камней, украшений и других сокровищ перуанской империи. Все таможенное здание было буквально заставлено всем этим невиданным богатством, молва о котором быстро разошлась по ближайшим к Севилье районам, откуда люди специально приезжали посмотреть. Рассказы о победоносном завоевании самой сказочной страны Нового Света и ее колоссальных богатствах быстро затмили огромные, но более скромные успехи Кортеса.

После короткого пребывания в Севилье Фернандо Писарро направился в Арагон на встречу с императором, для которого он вез его пятую долю перуанской добычи, часть которой была доставлена в виде самых великолепных и изящных изделий из драгоценных металлов. Посланник губернатора был сразу же принят монархом со всеми почестями в связи со столь исключительным событием и рассказал ему о перипетиях завоевания империи инков, о пленении ее правителя (Фернандо еще не знал о его казни), о ее огромной территории и природном богатстве, об удивительно высокой цивилизации ее населения и о ее важнейшем значении для Испании как источника неслыханных доходов. Последнее было особенно отрадно слышать императору Карлу V, потому что, несмотря на постоянный приток золота, серебра и других ценностей из испанских Индий, его казна была истощена бесконечными войнами с европейскими соседями и мусульманами. Поэтому он с восторгом слушал рассказ своего собеседника и рассматривал баснословные по своему количеству и ценностям перуанские богатства, рассчитывая, что золотой ручей из Мексики превратится в золотую реку из Перу.

На волне такого невероятного радостного подъема и воодушевления монарх Испании легко подтвердил все предыдущие просьбы и лицензии Дона Франсиско Писарро и его компаньонов, а границы подвластной ему территории расширил на 70 лиг в южном направлении На этот раз не были забыты и заслуги Диего Альмагро, который получил полномочия исследовать, открывать и оккупировать земли на целых 200 лиг от южной границы территории Писарро, хотя никто не знал, где она проходила Для выражения своего большого удовлетворения достижениями двух партнеров король даже соблаговолил направить им личное поздравительное письмо, в котором благодарил их за заслуги перед короной. Перуанскому посланнику были оказаны самые высокие почести с размещением его при дворе в королевских помещениях, посвящением в самый престижный рыцарский орден Сантьяго, назначением командующим одной из самых крупных испанских флотилий для возвращения в Индии и приказами властям оказывать ему всяческое содействие для подготовки его флотилии в плавание. Охватившая всю Испанию золотая перуанская лихорадка подняла новую волну авантюристов, желавших поживиться богатствами Нового Света.

Пережив один очень сильный шторм, экспедиция Фернандо Писарро достигла поселения Номбре-де-Дьос на Панамском перешейке карибского побережья, но там ее не ждали, и соответственно не были сделаны приготовления для обеспечения трудного перехода через его гористые и болотистые джунгли. В ходе тяжелейшего похода на берег Тихого океана от тропических болезней, голода, жары и лишений умерло немало людей. Самые выносливые и смелые среди них смогли вместе с командующим достичь манящих берегов золотоносного Перу. Но экспедиция Фернандо Писарро вернулась туда не одновременно, а отдельными партиями, причем сам ее командующий задержался по делам в Панаме дольше других.

В числе первых прибывших в Новую Кастилию был один из доверенных людей Альмагро, который довольно быстро сумел доставить ему сообщение о получении им новых королевских полномочий. Оно застало Альмагро в Куско, где он только что принял управление города из рук Хуана и Гонсало Писарро по поручению их брата губернатора. Это сообщение привело Альмагро и его сторонников, в том числе среди офицеров отряда де Сото, в настоящий восторг, так как теперь они получили по королевскому указу свою собственную большую территорию, в которую, по их убеждению, входили Куско и его провинция. Утверждая свою власть, сторонники нового командующего стали под его защитой безнаказанно мародерствовать, грабя даже личные дома и собственность местного населения, что вскоре вызвало большое негодование и недовольство жителей.

Губернатор Писарро в это время еще находился в Лиме, но и он уже узнал от приехавших из Испании, хотя и не видел самих королевских грамот, находившихся пока с братом Фернандо в Панаме, что Альмагро получил новые широкие полномочия на завоевание и управление на юге, но при этом ему не было известно о расширении королем его собственной территории на 70 лиг к югу от границ уже покоренной им земли. Такое усиление позиции соперника настолько обеспокоило губернатора, что он немедленно направил в Куско инструкции своим братьям взять власть из рук Альмагро, которому он объяснял этот шаг нелегальностью осуществления им властных полномочий до официального получения королевских грамот, которые задерживались в Панаме. Он настойчиво призывал своего партнера, не теряя времени, отправиться на завоевание областей, лежавших к югу от границ Куско.