Со сложными проблемами Ю. В. Андропов столкнулся и в сентябре 1967 года, когда в Москву в поисках защиты прибыла группа деятелей культуры из Абхазии. Обиды на притеснения в Абхазии копились давно, но чаша терпения переполнилась после небольшой «научной» работы, опубликованной в Тбилиси, автор которой пытался доказать, что абхазской национальности вообще не существует; абхазы — это грузины, принявшие когда-то мусульманство. Узнав о публикации, группа абхазских литераторов пришла в обком КПСС в Сухуми. Они требовали изъять из обращения указанную «научную» работу. Первый секретарь обкома, однако, не принял писателей. Через несколько дней в тот же обком вместе с литераторами пришло более двадцати стариков из абхазских сел. Но в обкоме отказались беседовать и со старейшинами, что, по обычаям гор, было недопустимо. Через неделю во всей республике все названия и вывески на грузинском языке были заменены на абхазские. При этом был замечен и арестован только один человек. Страсти накалились, но абхазские авторитеты призвали народ к спокойствию. Власти в Тбилиси и Сухуми были в растерянности. В Абхазии отозвали из отпусков всех работников КГБ, даже войска привели в состояние боевой готовности. Никаких отделов для решения национальных проблем в ЦК КПСС уже давно не имелось, и все дело шло по разделу «национализма», то есть через КГБ. Андропов потребовал от властей Грузии обходиться мирными средствами. Еще через несколько дней в Сухуми собрались на народный сход более двухсот представителей абхазского народа. Это не было нарушением закона, так как возможность народного схода в особых случаях предусматривалась конституцией Абхазии. Организаторы скупили все билеты на одно из представлений Сухумского драматического театра, но не разошлись после окончания спектакля. Сход продолжался без перерыва трое суток. Партийных руководителей Абхазии таким образом вынудили прийти и выслушать собравшихся в театре народных представителей. Требования сводились к следующему: восстановить в правах абхазский язык и письменность, принять меры к развитию промышленности в Абхазии, выдвигать абхазцев на высшие руководящие посты в республике, вернуть абхазским жителям те приморские земли, которые были изъяты в годы войны под предлогом размещения беженцев и на которых сейчас построены дачи тбилисских сановников. Наиболее радикальные участники выдвигали требование о переходе Абхазии из состава Грузинской ССР в состав РСФСР, но позднее оно было снято. Сход избрал пятерых полномочных представителей, поручив им снова отправиться в Москву. Абхазские власти дали гарантию безопасности этим избранникам. На Старой площади и на Лубянке проявили разумную уступчивость, так как многие абхазские требования являлись очевидно справедливыми. Прежних секретаря обкома и председателя Совета Министров Абхазии освободили от должностей и на их место рекомендовали абхазцев. Грузинские названия официально заменили абхазскими. В Тбилисском университете открыли отделения абхазского языка и литературы.

Еще 17 мая 1967 года в городе Фрунзе Киргизской ССР произошли крупные беспорядки, для подавления которых пришлось применять оружие. По справке республиканского управления КГБ, которая легла на стол уже не Семичастного, а Андропова, волнения происходили не на национальной почве, а стали результатом разного рода провокационных слухов о преступных действиях милиции. При наведении порядка один человек был убит, трое ранены и 18 человек арестованы. В любом случае эти события свидетельствовали о напряженной национальной и социальной ситуации в столице Киргизии. Не успела комиссия из Москвы подвести итоги проверки разного рода версий о событиях в городе Фрунзе, как в одной из областей Южного Казахстана в городе Чимкенте начались еще более крупные волнения. Несколько тысяч жителей этого города громили отделения милиции, блокируя другие административные здания. 13 июня в Чимкент ввели войска, которые применили оружие. По официальным данным, 7 человек были убиты, 50 ранены и 43 привлечены к уголовной ответственности. Причин для волнений в Чимкенте существовало немало, и они накапливались давно. По свидетельству Ф. Д. Бобкова, различного рода массовые беспорядки происходили и позднее в разных регионах страны почти каждый год, но Андропов не разрешал вызывать войска и применять оружие, хотя арестов после каждого из таких волнений производилось немало.

Большую работу пришлось проделать Ю. Андропову и особенно Первому главному управлению КГБ и Главному управлению пограничных войск в связи с кризисом в советско-китайских отношениях и так называемой «шестидневной войной» на Ближнем Востоке.

Проблемы советско-китайских отношений находились в центре внимания Андропова еще как заведующего отделом и секретаря ЦК КПСС. Однако теперь ему приходилось искать аргументы не только в идеологических дискуссиях. Уже в мае и июне 1967 года пограничная служба фиксировала до десяти нарушений советско-китайской границы ежедневно. К концу года эти нарушения исчислялись тысячами. Некоторые из инцидентов оказались настолько значительными, что стали предметом специальных представлений по линии Министерства иностранных дел СССР. Специальная группа КГБ охраняла советское посольство в Пекине, которое находилось в осаде еще с января 1967 года. Продукты питания доставлялись советским дипломатам машинами других посольств. 17 августа 1967 года толпа хунвейбинов ворвалась на территорию посольства, устроив погром в некоторых его помещениях. Были сожжены автомашины и сторожевая будка. Китайская наружная охрана не мешала хунвейбинам. Внутренняя советская охрана и специальные службы посольства получили приказ не применять оружие.

На Ближнем Востоке существовали другие проблемы, но не менее сложные. Еще в мае 1967 года обстановка здесь обострилась до предела. Хорошо вооруженные войска ОАР (Египет), Сирии и Иордании были придвинуты к границам Израиля. Здесь же находились и вооруженные формирования палестинцев. ОАР и ее президент Г. А. Насер являлись в 1960-е годы самыми близкими союзниками СССР в регионе. Египетская армия вооружалась советским оружием, в ней работали сотни советских военных специалистов. Немалую военную и экономическую помощь СССР оказывал и Сирии. Советская военная разведка и внешняя разведка КГБ внимательно следили за развитием ситуации. По данным западной печати, к 5 июня 1967 года только ОАР сосредоточила в районе Газы и на Синае 8 дивизий по штатам военного времени. К границам Израиля подошли более 900 египетских танков и около 300 танков со стороны Сирии и Иордании. Арабская сторона имела двукратное превосходство в численности сухопутных сил и трехкратное в авиации. Многие из арабских лидеров, включая Насера, делали заявления о том, что пришло время уничтожить государство Израиль. В Каире почти непрерывно происходили демонстрации под лозунгами: «Мы хотим войны!» Лидер палестинцев Шукейри заявил в конце мая на специальной пресс-конференции, что государство Израиль будет уничтожено, а все евреи, приехавшие в Палестину, выселены в те страны, из которых они приехали. Останутся только те, кто жил здесь до 1947 года, если они «уцелеют в войне». Насер потребовал в начале июня от ООН вывести подразделения этой организации с линии перемирия, которую они занимали после войны 1956 года. Он объявил также о блокаде Акабского залива для всех судов, идущих из Израиля и в Израиль. Конфликт на Ближнем Востоке затрагивал интересы очень многих стран. Западный блок почти безоговорочно поддерживал Израиль, социал-демократические партии заявляли о поддержке демократических сил на Ближнем Востоке в их борьбе против всех видов «феодализма и диктатуры». Советский Союз поддерживал Египет и Сирию. Некоторые из аналитиков писали позднее, что, «балансируя на грани войны», Г. Насер не хотел самой войны, рассчитывая демонстрацией военного превосходства и политическим давлением добиться целей. Не согласовывались с Советским Союзом такие действия Насера, как изгнание войск ООН из района противостояния и закрытие Тиранского пролива. Советская разведка получила убедительные данные о возможности превентивного удара Израиля и передала эти сведения Насеру. Он выехал в расположение египетских частей и предупредил высших офицеров своей армии, что нападение Израиля на арабские войска ожидается в течение ближайших 24–48 часов. Он получил заверения о полной боевой готовности всех родов войск, и особенно ВВС. Однако дальнейшие события стали для многих шоком и не имели, казалось бы, рационального объяснения. Израильская армия нанесла удар по арабским войскам в 6 часов утра 5 июня, когда верующие мусульмане совершают намаз, особую молитву на коврике и без обуви. Хотя советские военные советники предложили египетскому командованию поднять самолеты в воздух заблаговременно, никто не последовал этому совету. Командующий авиацией на Синае Сидхи Махмуд в ночь на 5 июня устроил большой банкет в честь помолвки дочери, собрав в свои шатры почти всех офицеров. Большинство летчиков были 4 июня отпущены домой на 24 часа. Уставший маршал Махмуд лег спать под утро и приказал не будить его до 10 часов утра. Последствия для арабов были ужасны. Почти вся египетская авиация была уничтожена в первые часы войны. Одновременно уничтожили сотни танков. Деморализованные дивизии начали отступать к Суэцкому каналу. Разгрому подверглись также сирийская и иорданская армии. Весь Иерусалим, Газа, Голанские высоты, Западный берег Иордана были заняты израильтянами. Совет Безопасности уже 6 июня предложил прекратить огонь, но Насер, не владея ситуацией, отказался. «О прекращении огня, — заявил он, — не может быть и речи». 7 июня Совет Безопасности повторил предложение. Его приняла Иордания, но Насер заявил, что «война с Израилем только начинается». Лишь днем 9 июня, когда на Синае завершилось окружение разбитой египетской армии, а израильские танки вышли к Суэцкому каналу, Насер сдался и направил телеграмму в ООН о своем согласии на прекращение огня. Еще через два дня он заявил об отставке с поста президента ОАР.