Боевая практика активных специальных действий показала высокую эффективность боевого применения соединений и частей специального назначения при ведении борьбы с иррегулярными вооруженными формированиями. После убытия в январе 1980 года 154-го отдельного отряда специального назначения к месту постоянной дислокации бригады в город Чирчик в составе 40-й Армии осталась только отдельная рота специального назначения численностью 120 человек. В 1981 году в Афганистан были введены два отдельных отряда специального назначения (154 оо СпН ТуркВо и 177 оо СпН САВО) численностью свыше 500 человек каждый, а в 1985 году – две отдельные бригады специального назначения (15 обр СпН ТуркВО и 22 обр СпН ЗакВО) в составе четырех отдельных отрядов каждая. Накопленный к тому времени боевой опыт позволил при определении организационной структуры бригад учесть особенности ведения противопартизанских действий. На вооружении частей и подразделений бригад имелись боевые машины пехоты и десанта, бронетранспортеры, самоходные зенитные установки, автоматические гранатометы, средства управления, обеспечивающие отдельным отрядам устойчивую связь со штабом армии, бригады и действующими группами и отрядами специального назначения. Комплект средств связи формирований специального назначения позволял поддерживать связь в реальном масштабе времени со штабом отряда и связь взаимодействия с авиацией и артиллерией.

Борьба с поставками вооружения оппозиции из Пакистана, пресечение свободного передвижения моджахедов по территории Афганистана потребовали перекрыть основные караванные пути и маршруты передвижения, которыми пользовались бандформирования. С этой целью в 1985 году была создана оперативная группа «Завеса». Для оперативного управления соединениями и частями специального назначения, а также выделенными из их состава группами и отрядами, организации и поддержания взаимодействия с общевойсковыми соединениями и частями, частями родов войск и служб была сформирована группа управления «Экран». Группа возглавлялась заместителем начальника разведки армии по специальной разведке и по штату входила в состав разведотдела армии. Однако боевая практика показала, что боевое применение соединений и частей специального назначения по целям и задачам вышло за рамки разведывательного обеспечения боевых действий. Разведывательное управление армии функционально было не в состоянии в необходимом объеме спланировать боевые действия соединений и частей специального назначения, организовать огневую и авиационную поддержку действовавших формирований, организовать и непрерывно поддерживать тесное взаимодействие с общевойсковыми соединениями и частями, соединениями и частями родов войск и служб. Такие задачи целиком и полностью относились к функциям оперативного управления, других управлений, отделов и отделений штаба и управлений армии. Поэтому ежемесячные планы боевых действий рассматривались и утверждались не начальником разведки, как это предписывалось руководящими документами и практически исполнялось на фронтовых учениях в мирное время, а начальником штаба армии. Непосредственное руководство боевыми действиями соединений и частей специального назначения также осуществлял не начальник разведки, а руководитель оперативной группы «Завеса» – заместитель начальника штаба армии.

Применение специальных методов ведения войны моджахедами оказало влияние не только на действия сухопутных войск, но и авиации. Появление у бандформирований крупнокалиберных пулеметов, зенитных установок, переносных зенитных ракетных комплексов вначале советского производства, а затем американских «Стингеров» и английских «Блоупайпов», существенным образом повлияло на тактику действий ВВС 40-й армии, заставило привлекать значительные силы для создания зон безопасности в районах аэродромов. Применение моджахедами ПЗРК в районах аэродромов во время взлета и посадки самолетов и вертолетов, на обычных маршрутах их пролета, а также для противовоздушного прикрытия районов базирования и самих бандформирований в ходе боевых действий показало высокую эффективность использования ПЗРК диверсионными формированиями. Так, за девять лет войны вооруженными отрядами оппозиции было уничтожено 114 самолетов и 332 вертолета ВВС ОКСВ, а также 120 самолетов и 169 вертолетов афганской армии.

В 1981 году во время обучения в Военной академии им. М. В. Фрунзе автор в дипломной работе обосновал и защитил предложение о формировании в составе бригад специального назначения подразделений ПВО, оснащенных ПЗРК и предназначенных для борьбы с воздушными целями в тылу противника. Однако предложение было отвергнуто руководством соответствующего направления ГРУ ГШ по причине несоответствия задач ПВО целям и задачам военной разведки.

После вывода советских войск из Афганистана организационно-штатная структура 15 и 22 бригад СпН в 1989 году была существенно изменена. Бронированная боевая техника, автоматические гранатометы, средства управления, обеспечивающие формированиям специального назначения связь в реальном масштабе времени со штабами, авиацией и артиллерией, в том числе космические средства связи, были изъяты из бригад по причине несоответствия задачи противодиверсионной борьбы целям и задачам военной разведки. Девятилетняя борьба соединений, частей и подразделений специального назначения с иррегулярными вооруженными формированиями была признана исключительным, нетипичным случаем их боевого применения. В результате такого подхода при разработке нового Руководства по боевому применению соединений, частей и подразделений специального назначения, введенного в действие в 1991 году, задачи борьбы с иррегулярными вооруженными формированиями противника не были включены в перечень специальных задач.

Поэтому в январе 1990 года, когда 15 обр СпН ТуркВО, прибыв в Баку со штатным вооружением, вновь получила задачу по борьбе с незаконными вооруженными формированиями Народного фронта Азербайджана, решением Министра обороны СССР было совершено 37 рейсов самолетами «Ил-76» ВТА и доставлено из Ташкента свыше 20 единиц бронированной боевой техники, десятки автомобилей, а также средства связи, позволяющие вести переговоры в телефонном режиме в КВ диапазоне. Наличие большого количества офицеров и прапорщиков, имевших опыт борьбы с диверсионными формированиями, позволил бригаде, переданной в оперативное подчинение КГБ СССР, успешно выполнить поставленные ей задачи. После возвращения бригады в апреле 1990 года на место постоянной дислокации нештатные боевая техника и средства связи, несмотря на ходатайство командования бригады, были сданы на базы округа.

Таким образом, на втором этапе реальная боевая деятельность войск в условиях вооруженного конфликта в Афганистане показала общевойсковой характер подготовки и ведения специальных действий, выявила существенные особенности их огневой и авиационной поддержки, а также боевого, технического и тылового обеспечения. Боевое применение соединений и частей специального назначения вышло за рамки разведывательного обеспечения, приобрело самостоятельное значение и стало важной составной частью специальных действий 40-й Армии. Однако, несмотря на девятилетний опыт ведения общевойсковым объединением специальных боевых действий, имевших стратегическое значение для СССР, специальное наставление по ведению противопартизанских (противодиверсионных) действий соединениями, частями и подразделениями Вооруженных Сил разработано не было. Отсутствие такого наставления, а также соответствующих глав и разделов в Основах подготовки и ведения операций Вооруженных Сил, в полевых и боевых уставах, других руководящих документах накануне войны в Афганистане и после ее окончания стало значительным отрицательным фактором, повлиявшим на развитие специальных форм ведения боевых действий, в том числе соединениями и частями специального назначения.