Церковь Святых Апостолов была одной из нескольких христианских церквей, которая после завоевания использовалась для христианских богослужений, некоторые из них — в обмен на подчинение султану соответствующих приходов, другие храмы были переделаны в мечети. Церковь Святой Софии, став мечетью, сохранила свое название: в исламской форме как большая мечеть Айя-София, однако крест, венчающий ее купол, был заменен полумесяцем, указывающим в сторону Мекки, — традиционной эмблемой турок, знакомой по их знаменам и восходящей к их ранней истории. Впоследствии к нему была присоединена звезда. С самого начала завоеватель относился к храму Святой Софии, к которому пристроил минарет, с почтением, сохранив его замысловатые мозаики, вопреки запрету ислама на любое изображение человека в искусстве.

Новый патриарх, таким образом, имел стимул взирать на султана как на благодетеля и защитника Греческой православной церкви — в отличие от папы. Его власть и престиж были большими, чем у любого из его предшественников во времена поздней Византии, придавая ему почти что статус «греческого папы» и оправдывая популярный в то время лозунг «Лучше турки, чем латиняне!». Мехмед установил с Геннадием тесные дружеские отношения, часто вел с ним долгие беседы на богословские темы, а также подчеркивал стремление пополнить знания и проявлял интерес к христианской религии. По просьбе султана Геннадий написал историю ортодоксальной веры, которая была переведена на турецкий язык.

Это породило на Западе благочестивые надежды на то, что султан может в перспективе обратиться в христианство. После падения Константинополя известный итальянский грекофил Франческо Филфельфо написал завоевателю письмо, с просьбой освободить его тещу, итальянку, вдову греческого философа, плененную при нападении на город. Он адресовал султану самые изысканные комплименты и выражал свое пылкое желание, чтобы тот перешел в христианскую веру. Утверждают, что папа Николай V молился за обращение султана в христианство после соответствующих напутствий — после якобы имевшего место обмена письмами, в которых Мехмед, говоря о себе как о преемнике и мстителе за Гектора, намекал на такую возможность.

Позже — и это представляется более правдоподобным — папа Пий II, опасавшийся, как бы султан не стал приверженцем ортодоксальных доктрин, написал ему, подробно изложив высшую мудрость и истину католических догм, и предложил крещение, так чтобы султан под покровительством папы мог бы стать величайшим из христианских государей. В самом Константинополе греческий философ, Георгий Амирутци, подготовил для султана исследование, указывающее на общие корни ислама и христианства, предлагая объединить их в одну религию или хотя бы признать их родство.

Все это, конечно, не могло повлиять на султана, считавшего себя инструментом Аллаха и наследником халифов, то есть духовно и политически связанным с исламом. Тем не менее Мехмед обеспечил выживание ортодоксальной христианской цивилизации. Он всегда оставался терпимым к христианам и продолжал, как и его отец, набирать новобранцев из христиан, демонстрируя предпочтение им по сравнению с мусульманами старой школы, и в первую очередь теми, кто разделял широту его взглядов.

Оставаясь терпимым в религиозных делах, Мехмед мог быть хладнокровно и часто жестоко беспощадным, каким он всегда показывал себя на поле боя, в политических и личных ситуациях. После завоевания города султан освободил из-под стражи несколько бывших министров императора, включая мегадука Луку Нотару, министра, по слухам якобы сказавшего в момент кульминации переговоров о союзе церквей, что он бы предпочел увидеть в Константинополе тюрбан, чем митру кардинала. Вначале султан обращался с ним уважительно и даже собирался назначить губернатором города, но отказался от этого намерения, поддавшись увещеваниям подозрительных советников. Чтобы проверить его, однажды вечером на банкете Мехмед, разгоряченный выпивкой (что было его частой привычкой) и известный своими разнообразными сексуальными вкусами, послал в дом Нотары евнуха с требованием прислать его миловидного четырнадцатилетнего сына для развлечения султана. Когда министр отказался, султан приказал немедленно отрубить голову Нотаре, а вместе с ним его сыну и зятю, и их три головы, как рассказывают, были помещены на банкетном столе перед султаном. Нотара попросил, чтобы сначала головы отрубили двоим юношам, дабы вид его собственной казни не лишил их мужества умереть как подобает христианам. Затем аналогичным образом были казнены другие представители греческой знати. Султан хладнокровно решил, что лучше устранить главных чиновников бывшего императора.

Нотара между тем успел намекнуть султану на соучастие вместе с греками в получении взяток великого визиря Халил-паши, которого Мехмед и сам давно подозревал в вероломстве после того, как тот всячески пытался навязать ему мирный договор, основанный на компромиссе. Халил был немедленно арестован, лишен всех постов и отправлен в Адрианополь. Говорят, здесь однажды султан увидел лису, привязанную у дверей его дворца, и с иронией сказал животному: «Бедная глупышка, почему ты не попросишь Халила предоставить тебе свободу». Халил, услышав об этом и опасаясь за свою жизнь, немедленно объявил о своем намерении совершить паломничество в Мекку. Но, успокоенный султаном, остался. А вскоре после этого был обезглавлен. Мехмед таким образом отдал старый долг, который беспокоил его с детства, освободившись от врага, которого так долго ненавидел.

Халил был четвертым представителем рода Чандарлы, служившим великим визирем при дворе султана. Мехмед уволил других министров старого режима, которые служили еще его отцу. И впредь он окружал себя только советниками, бывшими выходцами из растущего правящего класса вероотступников — христиан, обратившихся в ислам, карьеры которых напрямую зависели от расположения султана и на кого он мог рассчитывать в своих начинаниях. Новым великим визирем Мехмеда стал его полководец Заганос-паша, албанец по происхождению.

Самой неотложной задачей завоевателя было возрождение нормальной жизни Стамбула, города, которому было предначертано судьбой стать крупнейшей столицей мира. В частности, эта задача включала восстановление населения. Поскольку в условиях вынужденной изоляции значение города упало, его население сократилось до тридцати — пятидесяти тысяч обитателей. Многие районы остались безлюдными. Уже пришедший в упадок город ныне, в результате захвата, являл собой печальную картину разрушения и запустения. Дворцы и другие красивейшие здания лежали в руинах. Теперь улицы стали очищать от обломков, каменщики ремонтировали стены. Заработала новая администрация, созданная по османской модели. Всем, кто покинул город — в большинстве своем это были ортодоксальные христиане, — было предложено вернуться с обещаниями защиты собственности, свободы религии, освобождения от налогов, а также помощи правительства в восстановлении их домов и лавок. Пленные, захваченные турецкими войсками, были освобождены, расселены в районе Фанар и на какое-то время освобождены от налогов. Губернаторы провинций и в Румелии, и в Анатолии были обязаны послать в Стамбул четыре тысячи семей, либо христианских, либо мусульманских, чтобы занять пустующие дома. Около тридцати тысяч крестьян, захваченных во время военных кампаний, были доставлены для расселения на землях брошенных деревень вокруг Стамбула, чтобы снабжать город продовольствием.