С момента своего восшествия на престол Мехмед II видел себя наследником классической Римской империи и ее христианского преемника. Теперь завоевание Константинополя утвердило его в этой роли. Перед ним была Византия, которую следовало возродить в новом облике. В процессе обучения и приобретения опыта государственного управления Мехмед постепенно превратился в молодого человека с большими имперскими идеями и широким кругозором. Хорошо знающий историю, абсолютно уверенный в своей способности достичь и удержать абсолютную власть, Мехмед стремился повторить и даже превзойти в качестве мирового завоевателя достижения Александра Великого и цезарей. Как заверял критский историк Георгий Трапезундский, позже призванный ко двору султана: «Никто не сомневается, что вы являетесь императором римлян. Тот, кто законно владеет столицей империи, и есть император, а Константинополь — столица Римской империи». Он одновременно был римским императором, наследовавшим Августу и Константину, и падишахом, что по-персидски означает «тень (наместник) Бога на земле».

Если говорить о собственно турецких традициях, достигнув этой верховной власти, Мехмед воплотил всегдашнюю мечту ислама о мировом господстве, игнорируя право Запада на то, чтобы стать «сувереном двух земель и двух морей» — Румелии и Анатолии, Средиземного и Черного морей. Захватив Константинополь, султан преуспел там, где прежние халифы терпели неудачу. Почитаемый как величайший мусульманский властитель со времен первых четырех халифов, Мехмед выполнил священную миссию как наследник династии, которую он соединил с династиями великого исламского прошлого. Видя себя ханом, гази и кесарем в одном лице, универсальным властелином, олицетворяющим турецкие, исламские и византийские традиции, Мехмед должен был превратить Константинополь в центр одного моря и одной империи.

Он сам поставил перед собой задачу не разрушить Византийскую империю, а возродить ее к новой жизни по османскому образцу, одновременно восстанавливая имперскую славу столицы, которая теперь должна была называться Стамбул. Это название должно было отражать, по словам Пауля Виттека, «истинный образ того, что должно было стать фундаментальной чертой государства: соединение местных культурных традиций старой Византии, пусть уже и с восточными влияниями, с традициями старого ислама».

Это должна была быть империя под светским и религиозным управлением ислама. Но одновременно она должна была оставаться и многонациональной, как византийская, где все народы и все верования будут сосуществовать в порядке и гармонии. После гибели последнего императора церковь и государство больше не были объединены. Христианская церковь была отныне подчинена исламскому государству и обязана платить дань. Но в обмен на это ее община по-прежнему пользовалась свободой вероисповедания, сохраняла свои обряды и обычаи.

Такова была разработанная и введенная во всех мусульманских владениях система, определяющая статус религиозных меньшинств. Они были райя, буквально «ученики», организованные в миллеты, или народности, самоуправляемые общины, имеющие свои законы и обычаи во главе с религиозным наставником, ответственным перед центральной властью за управление и хорошее поведение его людей. Прецеденты для подобной системы в форме разнообразных патриархий восточных христиан были знакомы и по опыту бывших империй Арабского халифата и самой Османской империи, где православный патриарх Константинополя долгое время нес ответственность за общины — в Азии или в Европе, — жившие под управлением мусульман. Теперь это должно было стать общим правилом для всех христианских общин бывшей Византийской империи. Являясь покоренным народом, они не имели больших привилегий и максимальных политических свобод. Но даже при наличии некоторых ограничений одна только перспектива наслаждаться всеми преимуществами мира и процветания дорогого стоила, а возможности заниматься коммерческой деятельностью даже увеличились. Для этого Мехмед потребовал, чтобы бок о бок с представителями улемы, исламской духовной власти, в стенах Стамбула имелись резиденции патриарха греческой ортодоксальной церкви, армянского патриарха и главного иудейского раввина.

Завоеватель показал себя человеком, достаточно хорошо расположенным к греческому населению города. Именно греки представляли собой самую большую, самую богатую и наиболее культурную немусульманскую общину. Он отчетливо видел, что они могут стать ценным приобретением для его империи, поскольку имели способности к промышленности, торговле и морскому делу, которых не хватало туркам. Более того, он с большим уважением относился к накопленным греками знаниям. Мехмед основательно занимался изучением греческой истории. Возможно, даже в его венах текла греческая кровь — по материнской линии. Он проявлял особое уважение и заботу о своей мачехе, вдове Мурада, наполовину сербке, наполовину гречанке, госпоже Маре, которую после смерти мужа рассматривали в качестве возможной невесты императора Константина.

Поэтому Мехмед не терял время при выборе нового патриарха. Последний обладатель патриаршего трона бежал в 1451 году в Италию и, таким образом, считался отрекшимся. Выбор султана пал на монаха Геннадия, иначе Георгия Схолария — известного ученого. Геннадий возглавлял оппозицию греков союзу греческой ортодоксальной и Римско-католической церкви, предложенному в качестве последней попытки получить западную помощь для города. А значит, представлялось маловероятным, что он может плести интриги с западными христианами. Когда султан вызвал к себе Геннадия, оказалось, что тот был выдворен из своей монашеской кельи и стал рабом богатого турка, на которого произвела впечатление его ученость. Выкупленный у своего хозяина монах Геннадий был доставлен к Завоевателю, который отнесся к нему с большим почтением, убедил принять патриарший престол, а также обсудил с ним условия конституции, по которой надлежало жить общине православных христиан. Согласно конституции грекам предоставлялись такие гарантии, которые давали им, по крайней мере, относительную свободу вести свои дела, как религиозные, так и, в некоторой степени, гражданские, без вмешательства и без угрозы преследований. Назначение Геннадия было узаконено, согласно установившейся практике, Священным синодом по рекомендации султана.

В январе 1454 года Геннадий был введен в сан греческого патриарха под покровительством султана, взявшего на себя функции византийских императоров и выполнившего большую часть их традиционного церемониала. Султан лично преподнес Геннадию регалии сана — мантии, посох и новый позолоченный нагрудный крест из серебра взамен исчезнувшего старого. Затем султан напутствовал Геннадия словами: «Будь патриархом со счастливой судьбой и будь уверен в нашей дружбе, сохраняя все привилегии, которые имели все патриархи до тебя». Патриарх получил полную власть над миллетом Рума, Восточно-Римской (Византийской) общиной и церемониальный ранг паши с тремя бунчуками, сохраняя свой гражданский суд и тюрьму в греческом квартале Фанар. Поскольку церковь Святой Софии была превращена в мечеть, последующая церемония его посвящения в сан и возведения на престол была проведена в церкви Святых Апостолов, защищенной приказом Мехмеда от разрушения, чтобы использовать ее как церковь патриарха. После получения от султана щедрого дара золотом новый патриарх во главе процессии объехал город на великолепном белом коне, также подарке султана, а затем занял свою резиденцию на территории церкви Святых Апостолов.