Одновременно шло и формирование инструмента контроля – политического аппарата Красной армии. В марте 1918 года в армии появился институт комиссаров – по два комиссара во всех штабах и военных учреждениях.

Примером того, как при советской власти оказались востребованы специальные знания выпускника Николаевской академии, может служить судьба маршала Советского Союза Бориса Шапошникова. Он родился 2 октября 1882 года в Златоусте. После окончания в 1903 году по 1-му разряду Московского Алексеевскою военного училища был произведен в чин подпоручика и начал офицерскую службу в 1-м Туркестанском стрелковом батальоне в Ташкенте, командовал там полуротой. В 1907 году выдержал сложные испытания при поступлении в Академию Генерального штаба (Императорская Николаевская военная академия). В годы обучения (1907–1910) проявил «отличные успехи в науках» и после окончания был произведен в штабс-капитаны.

В своих «Воспоминаниях о службе» военачальник впоследствии подробно описал систему подготовки в царской Академии Генерального штаба, изучаемые предметы и преподавателей, систему отбора лучших офицеров: «Когда вспыхнула мировая война, германское учение о войне, которое преподносил нам Незнамов[6], пригодилось всем молодым офицерам Генерального штаба. Если для генералов русской армии, воспитанных на стратегии Леера и Михневича, действия немцев в мировой войне были каким-то откровением, то для капитанов русского Генерального штаба они были не новы… На дополнительный курс переводились офицеры, которые предназначались для службы в Генеральном штабе». С Шапошниковым вместе учился Врангель, «яркий гвардеец», которого на курсе не любили.

Шапошников продолжил воинскую службу в Ташкенте, командовал ротой. В 1912 году был назначен старшим адъютантом штаба 14-й кавалерийской дивизии в Ченстохов. С первых дней Первой мировой находился на Западном фронте, затем – помощником старшего адъютанта разведотдела штаба 12-й армии (Северо-Западный фронт), начальником штаба Отдельной сводной казачьей бригады, командиром Мингрельского гренадерского полка. 16 января 1918 года «по болезненному состоянию был эвакуирован» и через два месяца демобилизовался из армии по болезни.

Весной этого же года вступил в Красную армию, написав в своем ходатайстве о приеме на службу следующее: «Как бывший полковник Генерального штаба, я живо интересуюсь вопросом о создании новой армии и, как специалист, желал бы принести посильную помощь в этом серьезном деле».

22 марта 1918 года Шапошников был назначен помощником начальника Оперативного управления штаба Высшего военного совета, затем – начальником разведотдела Штаба РВСР. Служил в военном отделе Высшей военной инспекции РККА, весной 1919 года занимал должность первого помощника начальника штаба Наркомвоенмора Украинской ССР. 15 августа 1919 года был назначен начальником разведывательного отделения, а с 12 октября – начальником Оперативного управления полевого штаба Реввоенсовета республики. По словам самого Шапошникова, «штабная работа должна помогать командиру организовывать бой; штаб – первейший орган, с помощью которого командир проводит в жизнь свои решения… В современных условиях без четко сколоченного штаба нельзя думать о хорошем управлении войсками». В ноябре 1922 года Шапошников был командирован в Швейцарию военным экспертом советской делегации на Лозаннскую конференцию.

Именно Шапошников, как крупный военный специалист, разрабатывал в годы Гражданской войны для Красной армии многие важнейшие планы кампаний, директивы и приказы, распоряжения фронтам и армиям. После окончания боевых действий он был назначен 1-м помощником начальника Штаба РККА, позже был назначен командующим войсками Ленинградского, а спустя год – Московского военного округа. В 1928 году стал начальником Штаба РККА. Выпустил трехтомный фундаментальный труд «Мозг армии». Книга не только четко определяла место Генерального штаба в системе стратегического руководства войсками, его структуру, порядок организации его работы, но перечисляла требования, которые предъявлялись современными войнами к органам оперативного управления и их работникам.

Вести вооруженную борьбу революционной державы белые генералы могли только при снабжении своих армий извне – оружием, боеприпасами, обмундированием, боевой техникой. После прихода к власти Колчака приоритет в снабжении отдавался его вооруженным силам, а Вооруженные силы Юга России под командованием Деникина получали снабжение, санкционированное правительством Колчака, причем координация между ними осуществлялась не в должном объеме, потому что присутствовала между двумя белыми армиями конкуренция (хотя Деникин и признал верховенство Колчака). Но при этом командующие белыми армиями (как и приближенные) почти всегда выражали недовольство союзникам по поводу объема оказываемой им помощи и ее форм.