После свержения советской власти в Сибири и на Дальнем Востоке летом 1918 года там восстанавливались прежние военные округа — Омский (Западно-Сибирский), Иркутский (Восточно-Сибирский, Средне-Сибирский) и Приамурский. Однако органы разведки и контрразведки были сформированы лишь в управлении генерал-квартирмейстера штаба Иркутского военного округа.

В августе 1918 года начался процесс объединения всех антибольшевистских сил и подчиненных им воинских формирований, завершившийся созданием 24 сентября Уфимской директории (Всероссийского Временного правительства). В ходе объединения вооруженных сил произошла реорганизация системы военного управления, в том числе и спецслужб, которая в итоге также была построена по образцу и подобию царской армии. Во главе стояла Ставка Верховного Главнокомандующего и ее рабочий орган — штаб ВГК — для осуществления управления всеми соединениями и частями Сибирской и Народной армий. В состав штаба входили управления 1-го и 2-го генерал-квартирмейстера, главного начальника военных сообщений, а также отделы: информационный, ремонтный, воздушного, военно-морского и речного флота, казачьих войск и др. 12 ноября 1918 года в управлении 1-го генерал-квартирмейстера были образованы разведывательное и контрразведывательное отделения.

Параллельно Уфимская директория создала Военное министерство на основе слияния Военных ведомств Временного Сибирского правительства и «Народной армии» КОМУЧ. В его компетенции находились кредиты, финансы, полевое казначейство, военно-полевые суды, служба духовенства и дела казачьих войск, поэтому создание разведывательных и контрразведывательных органов в министерстве не предусматривалось.

Приказом Всероссийского Временного правительства от 4 ноября 1918 года военным и морским министром был назначен известный полярный исследователь и ученый, в прошлом командующий Черноморским флотом вице-адмирал А.В. Колчак, весьма скептически отнесшийся к организации армии, проведенной Директорией: «…министерства не было …У меня не было ни аппарата, ни средств».

К концу 1918 года ситуация на фронтах складывалась не в пользу белых армий. Они оставили Ижевск и готовились к обороне по Уральскому хребту. Большевики собирали силы для удара по северному флангу. После капитуляции Австро-Венгрии чехословаки потребовали их отправки домой. Фронт оказался под угрозой развала. Спасти критическое положение демократическая власть оказалась не в состоянии. В ночь на 18 ноября 1918 года в Омске восстало сибирское казачество, требуя отставки Директории и установления сильной власти. Офицеры и казаки арестовали левое крыло правительства — Н.Д. Авктсентъева и В.М. Зензинова. Премьер-министр П.В. Вологодский созвал экстренное заседание Совета министров, на котором было принято решение передать руководство военному командованию. Согласно принятому «Положению о временном устройстве власти в России», эта власть передавалась военному и морскому министру вице-адмиралу А.В. Колчаку, провозглашенному Верховным правителем и Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России и произведенному в адмиралы.

После прихода к власти адмирала А.В. Колчака вся реальная политическая, административная и даже судебная власть сконцентрировалась в руках военных. Верховный правитель в своем воззвании «К населению России от 18 ноября 1918 года» главной своей целью поставил «создание боеспособной армии, победу над большевизмом и установление законности и правопорядка…» А.В. Колчак считал, что военная власть, которую он возглавляет как Верховный главнокомандующий вооруженными силами России, имеет верховенство над гражданской. Иной точки зрения придерживался председатель Совета министров П.В. Вологодский, указывавший на ограниченный характер власти Верховного правителя, т.к. ни один приказ, ни одно распоряжение не претворялись в жизнь, прежде чем проходили через Совмин.

В конце ноября 1918 года, когда фронт проходил по линии восточнее Новодзенска, Бузулука, Бугульмы и по Верхнему Уралу, обнаружились недостатки военного управления. Адмирал А.В. Колчак и его окружение понимали, что для достижения победы над противником важна четкая организация руководства войсками, и начали преобразование штабов.

В ходе реорганизации были проведены разграничения функций управлений и отделов штаба ВГК. Так, разведку и контрразведку передали в управление 2-го генерал-квартирмейстера. 29 ноября 1918 года формируется Центральное отделение военного контроля (ЦОВК), вошедшее в состав разведывательного отдела. Однако в ходе дальнейшей реорганизации, 12 апреля 1919 года обе спецслужбы были переданы в состав реформированного управления генерал-квартирмейстера, куда помимо них еще входили оперативный и общий отделы, канцелярия, автомобильный гараж и топографическая часть.

Адмирал А.В. Колчак органы военного управления формировал по образцу и подобию царской армии. 30 ноября 1918 года (приказ военного министра № 16 от 5 декабря 1918 года) был образован Главный штаб военного министерства, в котором сосредотачивались сведения об организации и составе войск, по комплектованию личным составом, их устройству и внутреннему управлению, подготовке кадров, снабжению всеми видами довольствия и т.д. «Все сделанное уже Ставкой, та живая организационная работа, которая создавала армию, все ее начинания были забракованы, как плод незрелый и не подходящий под узкие старые рамки, — свидетельствует генерал-лейтенант К.В. Сахаров, в то время генерал для поручений в штабе ВГК. — Была сначала сделана попытка подчинить военному министерству все касавшееся вооруженных сил, чтобы можно было все подвести под эту ферулу крутящейся этажерки со старинными томами законов и штатов. Но Верховный правитель на это не пошел и разделил сферу власти так: действующая армия с территорией по Иртыш подчинялась (в военном отношении) начальнику штаба Верховного главнокомандующего, все гарнизоны и запасные войска, вся местность к востоку от Иртыша — военному министру». Таким образом, произошло разграничение сфер влияния фронтовых и тыловых органов военного управления.

Со временем расширялись функции Главного штаба, что привело к изменению его структуры. 26 февраля 1919 года в нем были учреждены квартирмейстерский и осведомительный отделы. Осведомительный отдел, руководитель которого непосредственно подчинялся помощнику начальника Главного штаба, состоял из разведывательного отделения, контрразведывательной части, главного цензурно-контрольного бюро и информационного отделения. Но в конце апреля, как следует из временного штата Главного штаба, разведывательное отделение было передано в квартирмейстерский отдел.

В марте 1919 года началась очередная волна реорганизации тыловых военных учреждений. В состав военно-окружного управления входили военно-окружной совет, военно-окружной штаб, управление дежурного генерала, окружной архив, типография и команда штаба. В военно-окружном штабе были созданы разведывательное и контрразведывательное отделения. «Одним из первых дел нового военного министерства был отказ от корпусных районов и замена их военными округами; массу времени потратили на это и ничего не добились, — считает генерал-лейтенант К.В. Сахаров. — Получились громоздкие штабы: штаб Иркутского округа имел свыше ста тридцати офицеров, Омского округа — более ста семидесяти. Войск же было только то, что осталось от прежних корпусных районов».