Свои спецслужбы имело и Морское министерство. В состав управления по оперативной части флота входили разведывательное (4 человека) и контрразведывательное (8 человек) отделения. Последнему подчинялись ряд контрразведывательных пунктов: при главной базе в Перми, штабах 1-го, 2-го и 3-го дивизионов боевых судов, штабе отдельной бригады морских стрелков и двух опорных базах. Военно-морская и речная контрразведка в своей деятельности руководствовалась морскими законами и инструкцией военно-сухопутной и морской контрразведке.

Создание правительственной разведки — особого отдела при управлении делами Верховного правителя и Совета министров (далее — управлении делами) было инициировано не профессионалами спецслужб, а лицом, далеким от данной сферы деятельности — помощником директора пресс-бюро отдела печати Б.А. Деминовым (более подробно о нем будет рассказано в следующем параграфе). На допросах в Полномочном представительстве ВЧК по Сибири автором идеи он назвал главноуправляющего делами Т.В. Бутова. Сегодня опровергнуть или подтвердить эти сведения не предоставляется возможным. Вместе с тем приведенные современными исследователями документы свидетельствуют о том, что разработчиком документов являлся именно Б.А. Деминов.

Приблизительно во второй половине марта 1919 года он подготовил доклад и объяснительную записку к штатам и смете особого отдела. В докладе важнейшей задачей текущего момента было названо «широкое развитие дезорганизующей деятельности» в советском тылу. Для ее ведения автор документа предложил создать при управлении делами специальный орган — особый отдел по делам дезорганизации неприятельского тыла с «целью разрушения психики его (противника. — Авт.) вооруженных сил, дискредитирования объединяющей идеи, усиления народного недовольства, подготовки восстаний и пр.». Автор доклада обозначил следующие направления деятельности особого отдела: взаимодействие с антисоветским подпольем в тылу красных войск; расстройство советского тыла — разрушение промышленности и транспорта, возбуждение недовольства организациями восстаний; разложение Красной армии.

Изложенные в документах предложения нашли поддержку со стороны главноуправляющего делами Г.Г. Тальберга, который поручил заняться дальнейшей разработкой проекта руководству пресс-бюро отдела печати.

Опуская описание проблем, с которыми пришлось столкнуться Б.А. Деминову при реализации своей идеи, отметим, что начало формированию особого отдела при управлении делами было положено предположительно в мае 1919 года. Обратим внимание: без рассмотрения Советом министров Положения об особом отделе и его штатов. Вызывает недоумение отсутствие упоминания об особом отделе во временном штатном расписании управления делами, утвержденного Советом министров 6 июня 1919 года.

Существующее подзаконно подразделение без четко прописанных нормативными актами задач позволяло его руководству заниматься различными видами деятельности: разведывательной, разведывательно-диверсионной, информационно-аналитической и информационно-пропагандистской.

По версии историка В.И. Шишкина, временные штаты особого отдела, вероятнее всего, были утверждены 28 июня 1919 года. Отдел состоял из руководства (управляющий, чиновник для особых поручений, делопроизводитель и журналист), общего (заведующий, его помощник, секретарь и машинистка), политического, специального (начальник, помощник, 6 «агентов местных») и двух прифронтовых отделений, а также инспекторской части. Последняя включала в себя инспектора, 3 курьеров для связи, 4 представителей при штабах объединений, а также агентуру — заведующего, его помощника и 8 «агентов зарубежных». В середине августа структура, штаты особого отдела и денежные оклады подверглись изменениям. Например, в центральном отделении вводилась должность ответственного руководителя. Лица, ее занимавшие, предназначались для работы в Советской России. К 20 августа в Особом отделе (без технического персонала, оренбургского и семипалатинского отделений) числилось 69 человек.

В начале ноября 1919 года часть сотрудников особого отдела во главе с Б.А. Деминовым выехали из Омска в Красноярск, где планировалось развернуть работу отдела. Однако на новом месте дислокации, в ситуации хаоса и развала работы тыла, особый отдел уже функционировать не смог и прекратил свое существование.

Особый отдел при управлении делами Совета министров — первый в истории отечественных спецслужб специальный орган, созданный в правительстве страны для «дезорганизации вражеского тыла». В дореволюционной России таких структур не было даже в годы Первой мировой войны.

Историк В.И. Шишкин, изучивший цели создания, структуру, кадровый состав и основные направления деятельности этого уникального в своем роде подразделения, не относит его к разновидности спецслужб, указывая на его обособленное положение. Однако внимательное изучение военно-управленческих структур позволяет найти некоторое функциональное сходство между особым отделом управления делами с осведомительным отделом Главного штаба или управлением 2-го генерал-квартирмейстера при ВГК, выполнявшим функции разведки, контрразведки, пропаганды, осведомления (о нем мы будем говорить чуть ниже). Нечто подобное создал Б.А. Деминов, но только подчинявшееся не военным, а гражданским властям. Наблюдаются некоторые сходства особого отдела с шульгинской «Азбукой».

В сфере обеспечения безопасности государственного образования колчаковский режим пошел по пути Российской империи. Для осуществления политического сыска, борьбы с политическими преступлениями Совет министров правительства 7 марта 1919 года принял решение о создании особого отдела государственной охраны при управлении милиции МВД. На подконтрольной белогвардейцам территории формировались губернские, областные, уездные, городские управления государственной охраны во главе с начальниками управлений.

Создавая новый орган, правительство не позаботилось о разграничении функций между политической полицией и контрразведкой, что привело к дублированию и параллелизму в работе между двумя структурами.

Адмирал А.В. Колчак, став Верховным правителем, сконцентрировал в своих руках власть на фронте и в тылу, обладал чрезвычайными полномочиями. Однако в Сибири, так же как и на Юге, диктатура не была воплощена на практике в «чистом виде», а являлась номинальной. Косвенным подтверждением тому является созданная им по образу и подобию царской армии система военного управления, которая оказалась нежизнеспособной в годы Гражданской войны. Когда три армии — Западная, Сибирская и Южная — успешно продвигались на запад, выяснилось, что система высшего военного управления начала давать сбои из-за соперничества между собой центральных учреждений. Тому подтверждением, в частности, являются трения между Ставкой и Военным министерством, мешавшие эффективному управлению войсками в сложной обстановке Гражданской войны. По свидетельству барона А.П. Будберга: «…отношения между Ставкой и Военным министерством самые враждебные; обе стороны зорко шпионят друг за другом и искренне торжествуют и радуются, если супротивник делает промахи и ошибки». Это противостояние передавалось и войскам. Понимая всю опасность сложившегося положения, адмирал А.В. Колчак издал приказ, в котором категорически потребовал «прекращения розни, недоброжелательства и стремления выискать промахи других и повелеваю каждому заниматься порученным ему делом».