Прибыв в Коньяк, родной город Франциска I, Екатерина была приятно удивлена радушным приемом, несмотря на то, что значительную часть населения там составляли гугеноты. Праздновали с искренней радостью и в полном согласии. Это было одно из немногих мест во Франции, в которых королевский эдикт о мире и терпимости был правильно понят, надлежащим образом применялся и приносил свои благотворные плоды — мир и процветание. Приятным сюрпризом для Екатерины оказался и прием, оказанный королевскому семейству в Ла-Рошели, цитадели воинствующего кальвинизма. Особых проявлений радости не наблюдалось, однако встречали достойно, с уважением. Карл IX попытался было заступиться за католиков, но не слишком преуспел в этом. Пришлось довольствоваться тем, что во время его пребывания в городе отслужили католическую мессу.

В Анжере, где гугенотов не было, королевское семейство встречали цветами и приветственными речами. Пребывание в Анжу было подобно увеселительной прогулке в компании преданных и дружески настроенных сеньоров. Двор нанес даже визит поэту Ронсару, певцу красоты, молодости и любви, певшему также славу королю, королеве и короне. Ни полемики, ни ненависти, ни кровопролития. Столь же благостная атмосфера царила и в Туре, куда двор прибыл в конце ноября 1565 года. Католики жили в согласии с весьма многочисленными здесь протестантами, хранившими верность королевской власти, в коей видели гаранта гражданского мира.

Покинув Тур, королевский кортеж разделился: часть его во главе с Екатериной направилась в Шенонсо, столь милый ее сердцу замок, другая часть двинулась в Блуа, а третья — в Амбуаз. В декабре все вновь воссоединились в Блуа, откуда переместились в Мулен. Эта старинная резиденция герцогов Бурбонов на три месяца стала столицей Франции. Здесь Екатерина принимала иностранных послов и отсюда направляла своих к иностранным дворам. Однако больше, чем иностранные дела, ее беспокоила обстановка внутри королевства: столкновения отдельных магнатов грозили вновь перерасти в гражданскую войну. Ее тревожила враждебность в отношениях между кланом Монморанси и Гизами, и она задалась целью помирить их. Три года, взятые Карлом IX на размышление для принятия решения по делу Колиньи, обвинявшегося в убийстве герцога Гиза, истекли, и оба семейства ждали королевского приговора. Наконец 29 января 1566 года на заседании королевского совета объявили: Колиньи невиновен.

За эти годы изменилось отношение к нему короля и королевы-матери: он опять вошел в такой фавор, что был выше любых подозрений. Кроме того, протестантские армии, стоявшие за ним и принцем Конде, были слишком сильны, чтобы выступать против них ради удовлетворения требований Гизов. Миротворица Екатерина хотела любой ценой избежать новой гражданской войны и потому поддержала более сильного. Ее благоволение, пусть и временное, к Колиньи было полезно для сохранения в стране мира. Ради публичного примирения она пригласила в Мулен и адмирала, и Гизов. Кардинал Лотарингский и Колиньи, эти смертельные враги, в которых клокотала ненависть и которые готовы были на месте прикончить друг друга, обнялись в присутствии короля, канцлера и нотаблей. Екатерина была уверена, что совершила великое дело ради сохранения гражданского мира; что же касается «примирившихся», то они возненавидели ее за то, что она принудила их к столь унизительному лицедейству.

Многомесячный королевский тур подходил к концу, и под занавес Екатерина решила посетить родовые владения своей матери в Оверни, наследницей которой являлась. 30 апреля 1566 года королевский кортеж прибыл в Сен-Мор, откуда два года и четыре месяца тому назад начиналось грандиозное путешествие, а на следующий день уже Париж встречал короля, королеву-мать и их свиту Эта поездка по стране явилась одним из наиболее значительных политических актов, совершенных Екатериной Медичи. Никто из французских королей не сделал так много для пропаганды монархической власти, как эта итальянка. Лично для себя она не извлекла из этого выгоды, но ее сыновьям, поочередно занимавшим королевский трон, впоследствии это очень пригодилось, в какой-то мере компенсировав дефицит их политического таланта.

По завершении королевского тура Екатерина недолго оставалась в Париже, утомлявшем ее своей лихорадочной суетой и интригами. Она предпочла перебраться в более спокойный Фонтенбло, где можно было расслабиться после утомительного путешествия. В ту пору она благоволила так называемым «умеренным», группировавшимся вокруг клана Монморанси; «умеренные» враждебно относились к Гизам и терпимо — к кальвинистам. Колиньи стал приближенным советником Карла IX, который не скрывал своего восхищения им и всё больше проникался мыслью о необходимости войны с Филиппом И,о чем ему постоянно твердил адмирал. Если королева-мать полагала, что умиротворила королевство, приблизив ко двору Колиньи и Конде, то вскоре ей пришлось испытать горькое разочарование.

15 августа 1566 года во Фландрии началось восстание против испанского господства. Огромное войско под командованием герцога Альбы двинулось на подавление мятежа, пройдя в непосредственной близости от восточных границ Франции. Колиньи и его сторонники усмотрели в этом отличную возможность для французских протестантов: французы тем охотнее поддержат вождей гугенотов, чем реальнее будет угроза со стороны Испании. Екатерина, мало доверявшая своему заносчивому зятю, срочно провела через королевский совет чрезвычайное решение о наборе шести тысяч швейцарских наемников и десяти тысяч французской пехоты. Колиньи поддержал ее, рассчитывая, что это войско атакует Филиппа II в Нидерландах. К войне с Испанией с присущим ему безрассудством призывал и Конде. Однако Екатерина, лично проинспектировав гарнизоны пограничных крепостей, заняла оборону — и не только в отношении армий герцога Альбы, но и в отношении Колиньи, беспрестанно помышлявшего о вторжении в Нидерланды. Она старалась всеми силами сдерживать натиск как гугенотов, так и воинственно настроенной католической молодежи и даже собственного сына-короля, подстрекаемого Колиньи. Адмирал внушал Карлу IX мысль о необходимости выйти из-под влияния матери и, возглавив армию, стать великим победоносным королем, чего от него и ждут подданные. Простоватый юноша, в душе считавший себя героем масштаба Цезаря, с жадностью внимал его льстивым речам. Колиньи затеял крупную игру, намереваясь в результате войны восторжествовать не только и не столько над испанским королем, сколько над Екатериной, династией Валуа и французскими католиками.

И все же влияние матери на податливого, словно воск, короля оказалось сильнее. Хоть и с трудом, но ей удалось отговорить его от безнадежной, как она справедливо полагала, войны с Испанией. Правда, тут Екатерина угодила прямо из огня да в полымя: сумев уберечь страну от войны с внешним противником, она не спасла ее от внутреннего конфликта — так называемой второй религиозной войны, которую не замедлили развязать гугеноты. Колиньи рвал и метал с досады, видя, что его план вторжения в Нидерланды провалился. Опять эта проклятая флорентийка встала ему поперек дороги! Но это было не единственное огорчение, которое тогда причинила вождям гугенотов Екатерина: вопреки надеждам Конде стать генеральным наместником королевства, она назначила на эту должность своего шестнадцатилетнего сына Генриха. Горбун воспринял это как личное оскорбление и удалился в свои владения в Валлери, дабы обдумать план мщения за пережитое унижение.