Карьера Бориса Годунова начиналась в годы опричнины, в которую он, как и прочие вяземские вотчинники, должен был попасть вместе со всей своей родней (Вяземский уезд был взят Иваном Грозным в опричнину сразу, в момент ее учреждения в 1565 г.). Годуновы были вотчинниками и в Костромском уезде, который также был взят царем Иваном в опричнину, хотя и несколько позже, в начале 1567 г., примерно за полгода до первого известного нам упоминания о службе Бориса Годунова. Около этого же времени Иван Грозный переехал жить на свой опричный двор в Москве, между Арбатом и Никитской улицей. Надо полагать, что именно там и начиналась придворная служба Бориса Годунова.

Между первым и вторым упоминаниями о Борисе Годунове лежит отрезок времени протяженностью в три года. Чем были заполнены они для молодого опричника, с точностью сказать невозможно. Однако, вероятнее всего, на его глазах, а может быть, и с его участием разворачивались самые кровавые события этого периода: расправа с боярином И. П. Челядниным, митрополитом Филиппом Колычевым, семьей князя Владимира Андреевича Старицкого, новгородский и псковский погромы и, наконец, массовые казни в Москве летом 1570 г. Вряд ли мы можем согласиться с мнением некоторых исследователей о том, что Борис Годунов «не замарался» службой в опричнине: сложно было подниматься наверх на глазах у лютующего царя, не испачкав рук кровью. Как вообще трудно поверить в то, что опричник мог оставаться в стороне от казней, в которых были задействованы его «братья по опричному монашескому ордену». Тем более что именно в эти годы стремительно упрочивались позиции будущего тестя Бориса Годунова, «опричного пономаря» Малюты Скуратова (именно он задушил митрополита Филиппа и «отличился» искоренением «крамолы» среди новгородцев).

«Борис Годунов у Ивана Грозного». Художник И. Е. Репин

Второе достоверное свидетельство о жизненном пути Бориса Годунова относится к 16 сентября 1570 г., когда Иван Грозный по полученным с южных рубежей вестям двинулся из Александровой слободы в поход против крымского хана Девлет-Гирея, люди которого двигались в направлении Тулы. Царь был намерен «искати прямово дела», т. е. открытого столкновения с крымчаками в полевом сражении. В этом походе Борис Годунов был назначен сопровождать царевича Ивана Ивановича – «быть у царевича с рогатиной». Здесь 18-летний опричник впервые выступил с местнической претензией к другому придворному – князю Фёдору Сицкому, который получил, по понятиям того времени, более почетное место – «быть у царевича с копьем». Отметим, что для родовитого человека XVI–XVII вв. местнические конфликты – споры о местах в военных походах, дипломатических церемониях, за столом у государя – были отнюдь не банальным способом потешить свое родовое самолюбие, уязвив достоинство более худородного соперника. Местничество было целым политическим институтом, бороться с которым была бессильна даже самодержавная власть московских царей. Потому что государь мог жаловать (равно как и отбирать, и притом вместе с жизнью) вотчины и чины, но не мог сделать один род «честнее», выше другого. Вступая в местнический конфликт, служилый человек не только определял свое место в кругу других членов государева двора: он одновременно стоял за честь своих предков и обеспечивал достойное место потомкам. Свою первую местническую схватку Борис Годунов выиграл: Иван Грозный в этом споре поддержал молодого любимца, и от участия в походе Борис Фёдорович был освобожден, что избавляло его от урона родовой чести. Он не был в походе честью ниже Сицкого, а значит, и род Годуновых не был поставлен ниже князей Сицких.

Через полгода после несостоявшегося для Бориса Годунова похода против хана Девлет-Гирея, 16 мая 1571 г., Иван Грозный с сыном, царевичем Иваном, вновь выступил из Александровой слободы «на берег» – к окскому рубежу. Там предполагалось остановить очередной набег крымского хана, на этот раз вознамерившегося прорваться непосредственно к Москве. Как и в сентябре предыдущего года, Борису Фёдоровичу Годунову было вновь поручено сопровождать царевича. Теперь оснований для местничества не возникло: Борису Годунову опять предстояло быть с рогатиной, а с копьем быть назначили его старшего брата, Василия Фёдоровича. Впрочем, поход этот оказался крайне неудачным: крымские татары прорвались за Оку и 24 мая, подойдя к Москве, сожгли ее. Царь со своим двором не успел предотвратить военной катастрофы и бежал на север, в Ростов. Вероятно, участником этого стремительного отступления был и Борис Годунов.

Скульптурный портрет (реконструкция по черепу) царицы Ирины Федоровны Годуновой (фрагмент). Скульптор-антрополог М. М. Герасимов

Еще через полгода, 28 октября 1571 г., Иван Грозный играл свою третью свадьбу. В жены себе он выбрал Марфу Васильевну Собакину, приходившуюся дальней родней царскому любимцу, Малюте Скуратову. Свадьбу праздновали «в узком семейном кругу»: Малюта был дружкой царя; вместе с ним дружкой был 19-летний Борис Годунов. Борис к этому времени уже успел стать зятем Малюты, что включало его в круг избранных лиц. Скуратов фактически возглавлял в это время опричнину; брак с его дочерью, Марией Григорьевной, делал Бориса Фёдоровича свояком других зятьев Малюты – князя Дмитрия Ивановича Шуйского и князя Ивана Михайловича Глинского (кстати, двоюродного брата царя по материнской линии). Нашлось на свадьбе место и для Малютиной дочери, супруги Бориса Годунова Марии Григорьевны, которая была свахой у царицы. Сам Борис Фёдорович был в числе лиц, отправившихся по случаю свадебных торжеств с царем в баню («мыльню»). И хотя через две недели после свадьбы Марфа Собакина скоропостижно скончалась, включение Годунова в число избранных лиц «скуратовского круга» свидетельствовало о том, что позиции молодого царедворца становятся все более прочными. Хотя внешне это пока не проявляло себя в виде пожалований новых чинов. Весной 1572 г., когда Иван IV вместе со старшим царевичем пошел к Новгороду для последующих военных действий против Швеции, Годунов вновь, как и годом ранее, состоял при царевиче Иване Ивановиче (правда, уже не с рогатиной, а с копьем).

Пошатнуть положения Бориса Годунова не смогла ни последовавшая в том же 1572 г. отмена опричнины, ни даже гибель тестя и покровителя – Малюты Скуратова, сложившего голову 1 января 1573 г. при штурме ливонской крепости Пайды. Более того, положение Бориса Фёдоровича лишь упрочилось: в начале 1575 г. его сестра, Ирина Фёдоровна, вышла замуж за младшего сына Ивана Грозного, царевича Фёдора Ивановича. Вероятно, именно в связи с этим событием Борис Годунов получает видный для молодых придворных чин кравчего. Обязанностью кравчего было прислуживать царю за столом, лично наливая государю вина и отведывая первым от каждого блюда. Вряд ли стоит объяснять, каким большим знаком доверия со стороны болезненно мнительного Ивана IV было это назначение. Впрочем, брак Ирины Годуновой и Фёдора Ивановича сам по себе не сулил Борису Фёдоровичу дальнейшей головокружительной карьеры: Фёдор был младшим из царевичей, в лучшем случае ему предстояло сделаться удельным князем.