Таким образом, положение Бориса Годунова в окружении царя Фёдора с самого начала было весьма высоким, ведь считалось, что чин конюшего жалуют тому из бояр, кто из них «первой чином и честию». Преимуществом Бориса Фёдоровича был и его возраст – престарелые конкуренты из состава регентского совета рано или поздно должны были освободить дорогу сопернику, который еще только вступал в солидный возраст. Так и произошло: в течение двух первых лет царствования Фёдора Ивановича по старости отошли от дел и приняли перед смертью постриг бояре князь Иван Мстиславский и Никита Захарьин. К 1586 г. за влияние на слабовольного царя боролись лишь Борис Годунов и князь Иван Шуйский.

И в этой борьбе Шуйские допустили оплошность, которой им не простили. Резонно полагая, что сила и мощь Бориса Годунова держатся на браке его сестры с царем Фёдором, они решили организовать развод государя с Ириной Годуновой. Предлог был более чем «благовидным»: царская чета состояла в браке уже более 10 лет, но детей у них по-прежнему не было. По наущению Шуйских в 1586 г. московские купцы подали царю челобитную с просьбой развестись с «неплодной» супругой, дабы не пресекся царский корень. Подобные прецеденты в семье московских государей уже бывали: с первой супругой развелся дед Фёдора, великий князь Василий III, да и отец, Иван Грозный, двух жен, четвертую и пятую, отправил доживать век в монастыри. В новые царицы, по некоторым данным, прочили дочь боярина князя Мстиславского. Просьбу купцов поддержал и сам митрополит Дионисий, глава Русской православной церкви. Шуйские не учли лишь одного – слабовольный царь Фёдор был очень привязан к жене, и гены свирепого отца в нем тоже присутствовали: вздернутые на дыбу челобитчики быстро указали на зачинщиков интриги. Князья Шуйские были разосланы в ссылку в отдаленные города, а их признанный лидер, князь Иван Петрович Шуйский, был насильно пострижен в монахи и вскоре при подозрительных обстоятельствах умер, отравившись угарным газом. В 1586 г. был сведен с митрополичьей кафедры митрополит Дионисий, скончавшийся в монастыре в следующем году.

Сигизмунд III, король Речи Посполитой

Место низложенного предстоятеля церкви в декабре 1586 г. занял ставленник Бориса Годунова, митрополит Иов, ранее меньше года бывший архиепископом Ростовским, а до того – епископом Коломенским. Свою духовную карьеру он начинал в опричной Старице, где уже тогда пользовался благосклонностью Ивана Грозного, который сделал его настоятелем сначала московского Симонова, а потом Новоспасского монастыря. Вероятно, с того же времени он был близко знаком с Борисом Годуновым, которому, впрочем, по возрасту годился в отцы. Став во главе церкви, Иов был верным проводником политики, угодной Борису Фёдоровичу. И Годунов вознаградил митрополита более высоким саном.

В 1588 г. в Москву приехал Константинопольский Патриарх Иеремия. Цель визита была стандартной: представители зарубежной православной церковной иерархии регулярно посещали «Третий Рим» с целью получения «милостыни» – крупных денежных пожалований. Турецкие султаны позволяли подданным-христианам исповедовать свою религию, но за это требовали платить дополнительную подать. И русские государи если не из благочестия, то из соображений престижа ежегодно одаривали приезжих митрополитов, игуменов и прочих представителей восточного духовенства. Но на этот раз Борис Годунов повел совершенно новую игру.

Вступив в переговоры с Патриархом Иеремией, Годунов поинтересовался: нельзя ли учредить патриаршество и в Москве? И сразу получил категорический отказ, поскольку это было против церковной старины. Тогда Борис намекнул, что в случае положительного решения вопроса место Московского Патриарха мог бы занять и сам Иеремия… Константинопольский Патриарх попался в подготовленную Годуновым западню: стать Патриархом в Москве было куда заманчивее, чем жить под властью султана-иноверца. И когда Иеремия выразил согласие на подобный вариант, он был пойман на слове. В итоге, одарив Константинопольского Патриарха богатыми подношениями, Борис Годунов добился от него согласия на учреждение в Москве патриаршества, а первым Патриархом Московским и всея Руси стал митрополит Иов. Его интронизация произошла 26 января 1589 г.

Между тем внимание Бориса Годунова было уже привлечено к делам международным. В Речи Посполитой после смерти старого недруга России, короля Стефана Батория, на протяжении трех лет продолжалась борьба за престол, и к началу 1589 г. победителем из этой борьбы вышел племянник польского короля Сигизмунда II Августа и сын шведского короля Юхана III Сигизмунд III Ваза, для которого нелюбовь к Московскому государству была почти генетической. Его матушку, Екатерину Ягеллонку, неудавшуюся невесту русского царя, Иван Грозный двадцатью годами ранее требовал выдать в Москву, несмотря на ее замужество с Юханом Финляндским и наличие у них трехлетнего ребенка, каковым как раз являлся будущий Сигизмунд III. Для Москвы вырисовывалась неприятная перспектива возобновления союза между Швецией и Речью Посполитой, которыми правили теперь отец (Юхан III Шведский) и сын (Сигизмунд III Польский).

Крепость Ивангород, отвоеванная русскими войсками в 1590 г. у Швеции

Пока этот союз не стал еще реальностью, Борис Годунов принял решение взять реванш за проигранную Ливонскую войну и отвоевать назад русские территории, отошедшие под власть шведской короны. В январе 1590 г. русское войско, во главе которого стоял сам царь Фёдор, выступило в поход. Борис Годунов также участвовал в походе в чине дворового воеводы государева полка, но лавров военачальника не снискал. Город Ям сдался русским войскам без боя, а под стенами Ивангорода воевода князь Дмитрий Иванович Хворостинин, талантливый полководец, уже успевший проявить себя в последние годы Ливонской войны, 30 января 1590 г. обратил в бегство шведскую армию генерала Густава Банера. Осада крепости Нарва успехом не увенчалась, но уже к концу февраля шведская сторона запросила перемирия, согласившись уступить русским крепости Копорье и Ивангород. В дальнейшем боевые действия неоднократно возобновлялись, но существенного перевеса ни одна из сторон добиться не смогла. После долгих переговоров 18 мая 1595 г. в деревне Тявзино был подписан мирный договор, по которому в состав России были возвращены города Ивангород, Ям, Копорье и Корела; торговлю с европейскими купцами Московское государство должно было вести через ливонские города Ревель и Ригу (Нарва была открыта только для шведских торговцев). Таким образом, правительству Бориса Годунова удалось вернуть в состав России земли, утраченные в неудачном финале Ливонской войны. Впрочем, русская сторона отказывалась ратифицировать Тявзинский договор вплоть до 1609 г., рассчитывая добиться для себя более выгодных условий.

Донской монастырь в Москве. Современный вид

В самый разгар войны со Швецией, летом 1591 г., на русские земли совершил набег крымский хан Гази-Гирей II, носивший прозвище Буря. Поводом для нападения стала смерть крымского царевича Мурад-Гирея, жившего под покровительством русского царя в Астрахани (в Крыму подозревали, что чингизид был отравлен). 3 июля 1591 г. войско крымского хана (численностью до 150 тысяч человек) переправилось через Оку между Серпуховом и Каширой и стремительным броском на следующий день вышло к Москве. Русская рать, которой командовали бояре Борис Фёдорович Годунов и князь Фёдор Иванович Мстиславский, встретили неприятеля, укрепившись в передвижной крепости – гуляй-городе. Несколько атак крымчаков были отбиты русскими войсками, а в ночь на 6 июля Гази-Гирей неожиданно отступил от Москвы, поверив показаниям русского военнопленного, который объяснил ночной шум и стрельбу в русском лагере прибытием сильной рати – подкрепления из Новгорода Великого. Отступавшие татарские отряды преследовались русскими войсками до самой Тулы; потеряв две трети своей орды, раненый крымский хан возвратился к началу августа в Крым.