Эти идеи получили развитие в советской исторической науке, которая, впрочем, посвятила войне всего одну монографию «Ливонская война» (1954), написанную в ключе сталинских историографических установок. Ее автор, Владимир Королюк, утверждал, что сущностью международной деятельности России в ХVI веке было осуществление «широкой внешнеполитической программы», начатой еще Иваном III. Она заключалась в борьбе на трех направлениях: с татарскими ханствами, возникшими на обломках Золотой Орды, с Великим княжеством Литовским и Королевством Польским за захваченные ими украинские и белорусские земли и с Ливонским орденом и Швецией, «стремившимися изолировать Русское государство от необходимого ему естественного и удобного выхода к Балтийскому морю».

Ученый оправдывал войну тем, что Запад установил настоящую блокаду Русского государства чтобы не допустить его развития: «Русское ремесло задыхалось от отсутствия цветных и благородных металлов», поступлению которых мешал «жалкий осколок средневековья» — Ливонский орден. За войну выступали прогрессивные силы общества, им противились предатели и отсталые представители бояр-феодалов: «Программа борьбы за Прибалтику отвечала интересам дворянства и посадской верхушки. Дворянство рассчитывало на новые поместные раздачи земель в Прибалтике. Все более втягивающееся в рыночные отношения дворянское хозяйство нуждалось и в установлении правильных торговых отношений со странами Восточной и Западной Европы. Особенно большое значение торговля через Прибалтику имела для растущих русских городов. Русское купечество стремилось к тому, чтобы открыть русским товарам европейские рынки. Поэтому вполне естественно, что дворянство и посадские верхи оказывали энергичную поддержку внешней политике Грозного».

Спустя несколько лет после войны с Германией тезис о борьбе за выживание был понятен и легко ложился на идеологию, господствовавшую в стране. Необходимость прорыва к морю, дальновидность политики царя с его «прогрессивным войском опричников» для советских историков 1950‐х годов была очевидной. Позже эти оценки, в несколько смягченном виде (без одобрения «прогрессивных опричников»), были повторены в ставших классическими работах советских историков (А. Зимина, Р. Скрынникова и др.) и попали во все школьные учебники.

После распада СССР Ливонская война вновь оказалась в центре внимания ученых, только уже в иной роли. Для эстонской, латышской, литовской и белорусской историографий она стала аргументом в пользу тезиса, что агрессивность России против своих соседей имеет глубокие исторические корни и восходит по крайней мере ко временам Ивана Грозного. Белорусский историк Андрей Янушкевич писал, что Ливонская война стала «последним испытанием в борьбе за государственную независимость» Великого княжества Литовского, которое считается историческим предшественником Белорусского государства.

В российской историографии 2000‐х годов тенденции деконструкции предшествовавшей историографии также затронули концепцию Ливонской войны. Причем они проникли и в научные труды, и в пуб­лицистику. В 2003 году вышло фундаментальное исследование Анны Хорошкевич «Россия в системе международных отношений в середине ХVI века». По сравнению с предшественниками здесь оценки радикально изменились. Хорошкевич стремилась изобразить войну прежде всего как конфликт внутри русского общества — между царем-тираном вместе с его кровавыми приспешниками, которые вели агрессивную политику по отношению к соседним странам, и либерально настроенным обществом, которое не хотело войны, а хотело дружить с Западом. Политика Ивана Грозного удостоена хлестких оценок: «…несомненная победа русской дипломатии над здравым смыслом» — о русско-ливонском договоре 1554 года; «последнее требование звучало издевательски» — о переговорах о размерах дани в 1557 году; «стиль ведения войны… вызвал в Европе ужас» — о январском походе 1558 года; «из нашего „далека“ можно оценить программу А. Ф. Адашева… как программу развития гражданских свобод» — о деятельности «Избранной рады»; «исход этого этапа, внешне похожий на триумфальную победу, по существу оказался серьезнейшим поражением» — о взятии Полоцка в 1563 году; «крах ливонской авантюры» — о русско-ливонском перемирии 1570 года. Ливонская война, на взгляд Хорошкевич, была не по силам русскому обществу, а потому продолжение войны вызвало проблемы с мобилизацией ресурсов. Инструментом мобилизации стала опричнина Ивана Грозного, то есть борьба за Ливонию косвенно способствовала установлению страшного деспотического террора против своих подданных.

Негативные оценки Ливонской войны получили развитие в недавней научно-популярной книге екатеринбургского историка Александра Шапрана «Ливонская война 1558–1583 годов» (2009). Он считает войну «главной политической ошибкой московского правительства», а ее проигрыш — показателем «полной политической несостоятельности Московского государства той эпохи». По мнению автора, война «…своим плачевным исходом, мягко говоря, не приумножила славы Отечества… любая оправдательная трактовка причин Ливонской войны отдает неприкрытым цинизмом». Иван Грозный — один из «самых жалких и ничтожных правителей русского государства». Война оказала большое негативное влияние на развитие России, «одна из величайших военных авантюр мировой истории полностью провалилась».

Как мы видим, оценки и характеристики Ливонской войны в разные времена были зависимы от политической и идеологической конъюнктуры. Авторы писали — и продолжают писать — не о Ливонской войне, а о своем времени. Как очень точно выразился эстонский историк Маргус Лаидре, «мы помним не прошлое, мы вспоминаем настоящее». Перед нами не столько исторические реконструкции, сколько диалог интеллектуалов с современными им правителями, которых или восхваляют, или нещадно критикуют. В какой-то степени это неизбежно, потому что историк — сын своего времени. В ситуации с Ливонской войной подобная тенденциозность проявляется особенно ярко, поскольку война изучена слабо, и недостаток фактов легко подменить хлесткими оценочными суждениями.

Если читать не историков XIX–XXI веков, а источники, то мы не встретим никакой Ливонской войны. Войны, как верно заметил М. Лаидре, начинаются безымянными и чаще всего проходят безымянными. Имя свое они получают у потомков. Мало того, в исторических источниках нет описания двадцатипятилетней кампании, растянутой с 1558 по 1583 год. На страницах летописей, разрядных книг, дипломатических документов рассказывается о бесконечной череде боев, походов, осад крепостей. Одно сражение сменяет другое, и так продолжается весь ХVI век. Как известно, за пятьдесят один год правления Ивана Грозного (1533–1584) мирных было… три.

Изображение военных действий в летописании четко делится на два типа. Летописные своды времени Ивана Грозного сосредотачиваются на первых, успешных годах войны, покорении Прибалтики, взятии Полоцка, а после 1567 года изложение событий обрывается. Летописцы конца ХVI века и компилятивные летописные тексты ХVII века, напротив, подробнее пишут о 1570‐х годах, причем записи составлены часто на основе разрядов и явно носят «служебный характер»: возвысить роль того или иного рода, обосновать древность его службы государю. К концу ХVI века относится «Повесть о прихождении Стефана Батория на град Псков», в которой говорится о грандиозной победе, одержанной псковичами над польским королем. То есть, согласно русской книжности ХVI века и вопреки историкам Нового времени, Россия вовсе не проиграла, а выиграла войну…