Принадлежал к захудалому дворянскому роду. Смог выдвинуться при царском дворе, поскольку приходился племянником царскому любимцу Малюте Скуратову-Бельскому. Вместе с дядей, видимо, входил в опричнину. После ее отмены в 1577 г. получил чин думного дворянина. В следующем году стал царским оружничим. По утверждению англичанина Дж. Горсея, возглавлял Аптекарский приказ, ведавший царским здоровьем. В последние годы жизни Ивана Грозного Б. Вельский считался царским любимцем. Один из современников писал, что «сердце царево всегда несытне горяше» о Богдане, видимо, намекая на нетрадиционные отношения между ними. Известно, что Вельский отличался особой любовью к красивой одежде и предметам роскоши. После его смерти было обнаружено большое количество изысканных нарядов, которые перешли в казну и были использованы царем Михаилом Федоровичем.

Естественно, что после прихода к власти Федора Ивановича Б. Я. Вельский пытался вновь занять ведущее положение при дворе и даже местничал с казначеем П. Головиным. Когда это не удалось, поднял восстание и начал склонять на свою сторону москвичей. Но был арестован и отправлен в ссылку в Нижний Новгород. В 1598 г. пришедший к власти Б. Ф. Годунов приблизил к себе Б. Я. Вельского и присвоил ему чин окольничего, поскольку он приходился его жене Марии Григорьевне, урожденной Скуратовой-Вельской, двоюродным братом. В 1599 г. царь поручил Вельскому строительство города-крепости на Северном Донце. Но тот, видимо, недовольный назначением, стал произносить речи, порочащие имя царя Б. Ф. Годунова. За это Богдан Яковлевич был вновь отправлен в ссылку, на этот раз в Казань. После смерти царя Бориса в апреле 1605 г. его вдова Мария Григорьевна разрешила родственнику вернуться в Москву. Там он приветствовал Лжедмитрия I и публично признал в нем царского сына. За это получил от самозванца боярский чин. Новый царь В. И. Шуйский вновь выслал Вельского в Казань, но не в ссылку, а на воеводство. Там в 1611 г. он был убит восставшими горожанами.

Отрывок из Чина венчания на царство Федора Ивановича Речь царя Федора Ивановича

«Божиим изволением, от наших прародителей царей и великих князей великия Россия, старина наша то и до тех мест: отцы цари и великие князи сыном своим давали царьство и великое княжьство великия Россия, и отец наш, блаженныя памяти, благочестивый царь и великий князь Иван Васильевич, Божиею милостию государь и самодержец всея великия Россия, оставль земное царьство, и приим аггельский образ и отиде на небесное царьство, а меня, сына своего Федора, при себе еще и после себя благословил царством и великим княжьством Владимерьским, и Московьским, и Новогородцким, и царьством Казаньским, и Царьством Астороханьским, и всеми хоругви правления скифетра всея великия Россия, и велел мне стати на то на царьство и на великое княжьство, и помазатися и венчятися царьским венцем и диядимою, сиречь святыми бармами, и именоватися и описоватися в титле царем и великим князем, и отчичем, и дедичем, и наследником Росийскаго царьствия по древнему нашему чину; да и о том отец наш, блаженныа памяти благочестивый царь и великий князь, и в духовной написал».

Речь митрополита Дионисия

«…и отец твой, блаженныя памяти благочестивый царь и великий князь, Божиею милостию государь и самодержец всея великия Россия, такоже оставль земное царство, и восприим ангельский образ и отиде на небесное царство, а тебя, Богом дарованного, и благородного, и возлюбленного, и от Бога предиуготованного на царство его наследника, сына своего Федора, и при себе еще и после себя благословил царством и великим княжеством Владимирским, и Московским, и Новогородцким, и царством Казанским, и царством Астороханским, и всеми хоругви правления скифетра всея великиа Россия; и велел тебе, сыну своему Феодору, на то царство и на великое княжество стати и помазатися, и венчатися тем царьским венцем и диядимою, сиречь святыми бармами, и именоватися и в титле описоватися царем и великим князем, и отчичем, и дедичем, и наследником Россиискаго царствиа, по древнему вашему царьскому чину; да о том отец твои, блаженныя памяти благочестивый царь и великий князь и в духовной написал». (Идея Рима в Москве XV–XVI века. Рим, 1989. С. 108–110.)