В 1547 г. по инициативе митрополита Макария, в ознаменование того, что Россия стала единым могущественным государством, сравнимым с империями древности, состоялось торжественное венчание Ивана IV на царство. Великий князь принял титул, который до этого употреблялся только по отношению к византийским императорам и ханам Золотой Орды (верховным владыкам Руси в XIII–XIV вв.).

Внешний блеск царской власти не отразился на положении подданных. Злоупотребления почувствовавших себя всесильными больших и мелких властителей (бояр, наместников, воевод, дьяков) усиливались. Чаша народного терпения переполнилась, и после разрушительного пожара 1547 г. в Москве поднялось масштабное восстание, направленное против князей Глинских. Дядя царя, князь Юрий Васильевич, был убит, другой дядя, князь Михаил, и бабушка, княгиня Анна, чудом избежали смерти. В Москве перебили слуг Глинских, а также дворян, переселившихся в Москву из Северской земли, откуда были родом и сами Глинские. Разгневанная толпа приходила к воротам царской загородной усадьбы Воробьево, требуя от молодого государя выдачи его родственников. Эти события ужаснули Ивана IV и заставили его подумать о причинах народного недовольства. Было очевидно, что для их искоренения требуются установление порядка в стране и перемены в управлении.

Вокруг молодого царя сложился кружок единомышленников, получивший в историографии название Избранной рады. Лидерами этого неформального правительства стали священник Сильвестр и дворянин Алексей Адашев. Вероятно, входили в Избранную раду бояре князь Андрей Курбский, князь Дмитрий Курлятев и некоторые другие. Избранная рада в согласии с царем в течение десяти лет осуществляла ряд важных реформ, направленных на централизацию управления и установление законности — был создан «Судебник» (свод законов); проведена реформа местного управления, направленная на облегчение положения населения; появилось «Уложение о службе», определявшее порядок несения воинской службы дворянством; оформилась система органов управления — приказов; было создано регулярное стрелецкое войско и т. д.

Укрепление центральной власти в результате реформ Избранной рады позволило достигнуть выдающихся внешнеполитических успехов. В 1552 г. после долгих лет противостояния под ударами русского оружия пало враждебное Казанское ханство. Спустя два года к России было бескровно присоединено Астраханское ханство. Огромные территории Среднего и Нижнего Поволжья вошли в состав Российского государства. Состоялись успешные походы против Крымского ханства. В 1557 г. верховную власть московского царя признал над собой сибирский хан Едигер (правда, вскоре он был свергнут с престола Кучумом и присоединение Сибири к России отодвинулось более чем на двадцать лет).

В 1558 г. Иван IV обратил свое внимание на запад и вступил в войну с Ливонским орденом за выход к Балтийскому морю. Главной задачей этой войны было получение возможности свободной морской торговли с Западной Европой. Первоначально успех был на стороне русских войск. Орденское рыцарское войско не могло противостоять многочисленным отрядам дворянской конницы, стрельцов и татар. Один за другим переходили в руки воевод ливонские (прибалтийские) города. Но в 1561 г. на стороне Ордена выступила Польша, и России пришлось иметь дело с более сильным противником. Наступила полоса неудач.

Поражения в Ливонской войне обострили взаимоотношения Ивана IV со своими советниками. К этому времени энергичный царь тяготился опекой Сильвестра и Адашева, и без колебаний пошел на разрыв с ними. Правительство Избранной рады пало, и начались репрессии против воевод. Эта политика вызвала протесты со стороны боярства и дворянства, что еще более усугубило конфликт царя с правящим сословием. В декабре 1564 г. Иван IV неожиданно провозгласил, что оставляет трон. После двух недель путешествия по Подмосковью государь обосновался в Александровой слободе, бывшей старинной вотчиной московских князей. Туда к нему и отправилась с униженными мольбами делегация Боярской думы. После переговоров с боярами царь согласился вернуться на престол, но выдвинул условием создание особого учреждения — опричнины и получение бесконтрольного права казнить «изменников». Само слово «опричнина» в старину обозначало особенный удел вдовы. Представляется, что царь, не чуждый мрачного юмора, избрал это наименование с той же иронией, с какой Екатерина II именовала себя «бедной вдовой».

Опричнина явилась своеобразным государством в государстве. Под нее выделялись значительные территории, было создано опричное войско (из прежнего служилого сословия, дворян, которые проходили жесткий отбор) и особый аппарат управления. Главной задачей новых слуг царя — опричников — стало изобличение измен и заговоров, которые, по мнению Ивана IV, постоянно зарождались в земщине — второй половине государства. Начался семилетний период страшных репрессий и террора. Казням и пыткам подвергались люди различных сословий. Встав во главе опричного войска, Иван IV, получивший вследствие своей жестокости прозвище Грозный, громил целые города, тысячами уничтожая ни в чем не повинных людей. Тверь и Новгород были разгромлены наподобие вражеских городов, массовые казни производились в Москве. Головы казненных «метали» под ворота боярских домов, обитателей которых царь пока еще не обвинял напрямую, но таким страшным образом предупреждал. Опричники громили вотчины опальных бояр и дьяков, без жалости истребляя дворовых и крестьян. Опричники зверствовали как по воле царя, так и по своему почину, обогащаясь за счет земских.

Опричнина была отменена столь же внезапно, как и введена, — в 1572 г. Впоследствии, вплоть до самой смерти, Иван Грозный многократно прибегал к террору, но подобного размаха казни уже не достигали. Смысл опричнины долго был и до сих пор является темой научных дискуссий. Одни ученые видели его в борьбе Грозного с боярской оппозицией, другие — в ликвидации последствий феодальной раздробленности (независимость Новгорода, самостоятельность Церкви, княжеское землевладение). В. Б. Кобрин предположил, что опричнина стала альтернативой реформам Избранной рады. Это был хирургический путь мероприятий, направленных на централизацию, вместо терапевтического пути, связанного с постепенным реформированием системы. Существует, наконец, и такая точка зрения — боярские заговоры были реальностью и опричнина была направлена против измены и являлась инструментом в создании мощной государственности. Именно так смотрел на опричнину Сталин, и в настоящее время находится немало поклонников этой позиции. Скорее всего, опричнина была универсальным средством в борьбе со всем, что представлялось царю противостоящим его неограниченной власти и эффективному управлению государством (Иван Грозный соединял эти два понятия в неразрывное целое). И она действительно создала неограниченное самодержавие, или, вернее, деспотизм Ивана Грозного. Однако для страны он стал не благом, а катастрофой.

Опричнина ужаснула и поразила современников. Уже авторы исторических повестей начала XVII в. видели в ней истоки будущей гражданской войны. Дьяк Иван Тимофеев писал, что царь Иван «всю землю державы своея яко секирою наполы (пополам)… рассече» и «крамолу междоусобную возлюби, и во едином граде едины люди на другие пусти». Семена вражды и злобы — «лютости», по выражению той эпохи, — были посеяны в обществе и вызвали спустя двадцать лет после смерти Грозного социальный взрыв.