Незадолго до своей смерти Иван Грозный назначил при своем сыне Федоре регентский совет, который, по мысли царя, должен был помочь его наследнику в управлении страной. Вероятнее всего, в его состав входили самые влиятельные из бояр — глава Боярской думы князь Иван Федорович Мстиславский, герой обороны Пскова во время Ливонской войны князь Иван Петрович Шуйский, дядя царя Федора по линии матери, уважаемый народом, Никита Романович Юрьев, шурин царя Федора, брат его супруги Ирины, Борис Федорович Годунов, любимец Грозного, оружничий Богдан Яковлевич Вельский. У историков нет прямых данных об этом совете, и его существование, как и его состав, установлены на основании донесений иностранных дипломатов о делах в Московии.

Сразу же после смерти царя Ивана 18 марта 1584 г. среди членов регентского совета и Боярской думы началась борьба за власть и влияние на нового государя. К 1587 г. первенствующее положение при дворе занял боярин Борис Федорович Годунов, самый молодой из регентов. Годунов сумел одолеть своих политических противников, и в том числе влиятельную боярскую партию князей Шуйских, и постепенно забрал в свои руки все рычаги управления государством. Противники Годунова были отправлены в ссылки и дальние монастыри, некоторых из них тайно умертвили. Власть Бориса Годунова при царе Федоре была огромной. Англичане именовали его в своих грамотах «лор дом-протектором», а королева Елизавета называла «любимым кузеном».

Не менее красноречивы в описаниях могущества Бориса Годунова и русские источники, в том числе и официальные. Так, русский посол в Персии князь Звенигородский описывал характер власти Годунова следующими словами: «У великого государя нашего многие цари, и царевичи, и королевичи, и государские дети служат[1], а у Бориса Федоровича всякий царь, и царевичи, и королевичи любви и печалованья к государю просят, а Бориса Федорович всеми ими по их челобитью у государя об них печалуется и промышляет ими всеми». Таким образом, ранг Годунова был вознесен послом куда выше боярского — над вассалами царя, непосредственно после государя. Другой посол, Новосильцев, еще в 1585 г., отвечал гнезднинскому архиепископу, сравнившему Годунова с Адашевым: «Алексей был разумен, а тот не Алексеева верста: то великий человек, боярин и конюший, а се государю нашему шурин, а государыне брат родной, а разумом его Бог исполнил и о земле великий печальник». К копну правления царя Федора Борис приобрел титул «царский шурин и правитель, слуга и конюший боярин и дворовый воевода и содержатель великих государств — царства Казанского и Астраханского».

Годунов принимал иноземных послов и вел дипломатическую переписку, во время церемоний стоял рядом с царем с державным яблоком в руках, за его здоровье пилась особая заздравная чаша на пирах. Таким образом, имя истинного правителя государства вовсе не скрывалось, а, напротив того, демонстрировалось как русским, так и иноземцам.

Прежде чем перейти к государственной деятельности Годунова, рассмотрим биографию этого необыкновенного для русского Средневековья человека. В популярную литературу достаточно прочно вошли слова А. С. Пушкина о Борисе: «Вчерашний раб, татарин, зять Малюты…» Еще летописные повести XVII в. присвоили Годунову имя «лукавого раба», а вслед за ними и позднейшая историография отказывала ему в знатности происхождения. Подчеркивалось и «татарское» происхождение правителя — согласно родословной легенде, предком Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых был ордынский мурза Чет. Исследования академика С. Б. Веселовского доказали недостоверность этого предания. Тем не менее для феодалов XVI в. наличие предка — выходца из дальних земель было вопросом генеалогического престижа. Родство Годунова с опричным палачом Малютой Скуратовым (Григорием Лукьяновичем Вельским) — факт достоверный. Вместе с Годуновым эту честь разделяли князь И. М. Глинский (двоюродный брат Ивана Грозного по матери) и князь Д. И. Шуйский, женатые на других дочерях Малюты. Поэтому вряд ли кто-либо в конце XVI столетия стал бы упрекать Годунова тем, что он происходит от татар и состоит в родстве с Малютой.

Род Годуновых восходит к старомосковскому боярству. Их предки служили московским князьям с XIV в. Годуновы владели вотчинами в Костромском уезде и при введении опричнины вошли в состав новых государевых слуг. В опричнине сделал свою карьеру Дмитрий Иванович Годунов, который получил придворную должность постельничьего. По-видимому, он совмещал с ней пост руководителя тайного сыска. В число опричников попал и племянник Д. И. Годунова — Борис Федорович, сын Федора Ивановича Кривого. Борис быстро продвигался по служебной лестнице. В различных походах он был оруженосцем царевичей Ивана и Федора Ивановичей, а на царских свадьбах 1573 и 1580 гг. был «дружкой» царя.

После отмены опричнины Годунов был включен в число дворовых, пришедших на смену прежним любимцам царя — опричникам. В списке «двора» он помечен с окладом в 50 рублей в год, что представляло пятнадцатую статью из 31 статьи дворянских денежных окладов. Удача сопутствовала Годунову и в местнических делах, но вершиной успеха его рода при Иване Грозном стала женитьба в 1575 г. царевича Федора Ивановича на Ирине Федоровне Годуновой, сестре Бориса. В 1580 г. Борис Федорович получает боярство и входит в ближнее окружение царя Ивана Грозного. В научной литературе существует версия о том, что Борис Годунов и оружничий Б. Я. Вельский, любимец Грозного и свояк Годунова по жене, опасаясь опалы, умертвили царя Ивана. Однако, подкрепленная лишь косвенными доказательствами, она остается не более чем гипотезой.

В этот период в управлении государством Борису Годунову удалось добиться больших успехов — как во внутренней, так и во внешней политике. При Годунове были приняты законы, направленные на улучшение материального положения дворян и тяглых (плативших налоги — «тягло») городских жителей. В результате частично восстановилась экономика городов, увеличились торговые обороты, что было связано и с мирными временами. Как уже говорилось выше, правительство Годунова было вынуждено упразднить крестьянский «выход» от одного землевладельца к другому, который традиционно осуществлялся «за неделю до Юрьева дни осеннего и неделю после Юрьева дни осеннего» (т. е. в период с 19 ноября по 3 декабря). По-видимому, это важнейшее для судеб русского крестьянства и России в целом решение не было оформлено специальным указом. Закрепощение крестьян стало результатом ряда законодательных и иных мер правительства, начатых в 1581 г. Окончательно оно утвердилось только в 1649 г., хотя главное событие — отмена права крестьянского «выхода» — произошло при царе Федоре и правителе Борисе Годунове. Закрепощение крестьян отвечало интересам служилого сословия, дворянства, составлявшего основу вооруженных сил страны и главную опору трона. По-видимому, у правительства Годунова не было иных средств спасти от разорения дворянство, существовавшее за счет крестьянского труда.

Правитель придавал большое значение каменному строительству. В 80-90-е гг. XVI в. были основаны и заселены многочисленные крепости в Поволжье, на южной окраине России и в Сибири. В старых городах возводились новые крепостные стены, расширявшие территорию посада. Известно о строительстве новых стен в Смоленске, Казани, Астрахани, Москве. Ряд проводимых Годуновым мер — борьба со взяточничеством, благотворительные акции — был направлен на то, чтобы снискать популярность в широких слоях населения, чего и удалось достичь правителю. В отличие от Ивана Грозного, Годунов заботился о благосостоянии народа, возрождении экономики страны и укреплении се обороноспособности. Впервые за долгие годы население могло вздохнуть свободно. Но глубина кризисных явлений была столь велика, что самые разумные меры правительства Бориса Годунова так и не смогли достичь их преодоления. Социальная напряженность не покидала общество. Так, в 1594 г. энергичные хозяйственные меры старца Иосифо-Волоколамского монастыря Мисаила (в миру Михаила Безнина, бывшего видного опричника), который перевел монастырских крестьян с денежного оброка на барщину, вызвали неповиновение крестьян. Крестьяне перестали давать «дани» и работать на монастырь, рубили монастырский лес, били и изгоняли приказчиков. И все же такие события были редкостью. В большинстве областей России царствование «благочестивого» Федора Ивановича стало временем спокойствия и возрождения. К сожалению, этот период оказался недолгим.