Во взаимоотношениях с другими странами Годунов стремился к укреплению мира и торговых связей. Боевые действия велись только со Швецией, но попытка отвоевать русские земли на Балтийском море окончилась неудачей. По договору 1595 г. Швеция возвратила России Корелу и города, взятые «с боя» (Ям, Ивангород, Копорье и другие), но выход русским судам в Балтийское море был по-прежнему закрыт блокадой шведов. Зато успешно продолжалось наступление русских в Сибири. В 1586 г. отряд Ивана Мясного и Василия Сукина основал старейший русский город в Сибири — Тюменский острог. В 1587 г. был возведен Тобольск, в 1593 г. построили Пелым и Березов, в 1594 г. — Сургут, в 1595 г. — Нарым и Обдорск, в 1596 г. — Кеть. В 1598 г. воевода Андрей Матвеевич Воейков окончательно разгромил бывшего сибирского хана Кучума, который вскоре был убит ногаями. К началу XVII в. русским принадлежала почти вся Западная Сибирь — от Обской губы на севере до Тары и Кузнецка на юг.

Именно в правление Годунова в Москве было учреждено патриаршество (в 1589 г.). До этого главой Русской церкви был митрополит Московский. Значение этого события трудно переоценить: отныне Русская церковь обретала самостоятельность (автокефалию) наряду со старейшими православными церквами, и право рукополагать в митрополиты самостоятельно, без санкции вселенского патриарха. Учреждение патриаршества в России стало результатом длительной работы русских дипломатов с патриархами Православного Востока, среди которых далеко не все готовы были согласиться с тем, что далеко на Севере появится еще одна, могущественная патриаршая кафедра. Первым русским патриархом стал митрополит Иов, верный союзник Годунова, обязанный ему своим возвышением.

При всей сложности взаимоотношений между восточными патриархами и русской кафедрой, учреждение патриаршества и официальная автокефалия Русской церкви стали событиями всемирно-исторического значения. Для России это ознаменовало окончательную победу имперской теории «Москва — Третий Рим», утверждение за Российском царством значения «православного» и «богохранимого». В дальнейших событиях Смуты восприятие России как мировой православной империи имело важнейшее значение для консолидации общества в противостоянии разрушительным процессам.

Выдающееся качества Годунова-правителя отмечались пс только официальными источниками того периода, но и более поздними авторами — несмотря на их зачастую отрицательное отношение к Борису. «Царь же Борис о всяком благочестии и о исправлении всех нужных царству вещей зело печашеся (много заботился. — С.Ш..)… о бедных и о нищих крепце промышляше, и милость от него к таковым велика бываше; злых же людей люте изгубляше. И таковых ради строений всенародных всем любезен бысть», — писал келарь Авраамий Палицын. Хотя эти слова относятся к деятельности Годунова в бытность его уже царем, различия между деятельностью Бориса на троне и у трона царя Федора весьма незначительны.

Зловещей страницей правления Годунова, бросающей тень на его имя, является таинственная кончина в Угличе восьмилетнего царевича Дмитрия, младшего сына Ивана Грозного. 15 июня 1591 г. царевич был найден мертвым на дворе, где играл со своими сверстниками. Горло ребенка пересекала ножевая рана. Мать царевича, царица Мария Федоровна, и ее родственники бояре Нагие объявили, что Дмитрий был убит присланными от Годунова убийцами. Загудел набат, сбежавшиеся угличане бросились на людей, которых обвиняли Нагие, и убили их. Среди убитых был государев дьяк Михаил Битяговский, враждовавший с Нагими, его родственники и слуги. Досталось «мамке» (воспитательнице) царевича Василисе Волоховой, которую сама царица жестоко избила поленом, обвиняя в том, что ее сын Осип зарезал царевича. Осип Волохов также был убит.

Через несколько дней в Углич прибыла следственная комиссия под началом митрополита Сарского и Подонского Геласия и боярина князя Василия Ивановича Шуйского. Опрашивая свидетелей, комиссия выявила две версии — версию Нагих об убийстве царевича и версию о несчастном случае. Очевидцы рассказывали, что царевич был подвержен недугам «падучей болезни» — эпилепсии, во время которых бился так, что его приходилось держать. Однажды во время приступа он «поколол сваею» мать, царицу Марию; в другой раз «объел руки Ондреевой дочке Нагово», и «как на него болезнь придет и царевича как станут держать, и он в те поры ест в нецывенье за что попадетца». Такой же приступ случился с царевичем и 15 мая — «и пришла на него болезнь черной недуг, и его бросило о землю, а у него был ножик в руках, и он тем ножиком сам покололся». Наиболее убедительны показания, которые дала Арина Тучкова, кормилица царевича: «Ходил царевич Дмитрий в субботу по двору, играл с жильцы[2] ножиком, и она того не уберегла, как пришла на царевича болезнь черная, а у него в те поры был нож в руках, и он ножом покололся, и она царевича взяла к себе на руки, и у нее царевича на руках не стало».

Опираясь на показания подавляющего большинства свидетелей, комиссия пришла к выводу, что царевичу «смерть прилучилась Божиим судом», и во время падучей он «самозаклался». Нагих обвинили в подстрекательстве к бунту и убийствам; угличан выслали в Сибирь, где населили ими целый город — Пелым. Однако официальное заключение следственной комиссии не успокоило взбудораженные умы. Обвинение Годунова в организации убийства широко распространилось в народе, и уже никакие меры правителя спасти свою репутацию не имели успеха. И руководство войсками, собранными для отражения нашествия крымского хана, и щедрая раздача милостыни пострадавшим во время московских пожаров — все это трактовалось в худшую для Годунова сторону: говорили, что он сам и призвал на Русь крымского хана, он же поджег Москву с тем, «чтобы одна беда перебила другую, и каждый больше скорбел бы о собственном несчастье, нежели о смерти царевича».

Историки детально обсуждали причастность Годунова к смерти царевича, и разделились на сторонников вины и невиновности правителя[3]. Важной вехой в этих исследованиях стало тщательное палеографическое изучение «обыскного» (следственного) дела о смерти царевича Дмитрия и мятеже в Угличе, проведенное в 1970-е гг. под руководством А. П. Богданова. Список этого документа дошел до нас в неполном виде, часть листов были утрачены, другие поменяли местами архивисты XVII–XVIII вв. Восстановить первоначальный вид документа, установить порядок и особенности делопроизводства, время и место его создания были главными задачами исследования. В результате А. П. Богданов пришел к выводу о фальсификации результатов следствия; главной целью комиссии было доказать версию о несчастном случае и об измене Нагих. Этот вывод был сделан на основании как внешней, так и внутренней критики источника. Богданов установил, что список дела, представленный на рассмотрение Освященного собора, отличался от первоначального черновика. Окончательный документ переписывали в Москве. При этом, уже в Угличе, как считает исследователь, комиссия применяла к свидетелям сильное давление, навязывая им свою версию случившегося, о чем свидетельствуют трафаретные, повторяющиеся формулировки описания смерти царевича. Так же комиссия навязала допрашиваемым свою версию мятежа в Угличе, обвинив в нем Нагих. Спорить с аргументацией специалиста-палеографа трудно. Однако представляется, что и Богданов в данном случае пристрастен. Ведь в деле есть показания прямых очевидцев смерти царевича (в том числе и кормилицы Тучковой, о которой говорилось выше). Получается, что они солгали перед владыкой Геласием, присутствие которого должно было напомнить им о Божием суде?