Наибольшее значение, с оперативной точки зрения, Лиепая имела как самый западный и незамерзающий порт на Балтике. В то же время географическое положение военно-морской базы имело ряд существенных недостатков. Со стороны моря не было островных укреплений. Рейд и внешняя гавань были практически открыты для наблюдения с моря и воздуха.[13] Однако других незамерзающих портов, кроме Вентспилса, у КБФ не было.[14] Последний имел те же недостатки, еще меньшую вместимость и слабую судоремонтную инфраструктуру.

После начала реализации советско-латвийского договора, Военный совет КБФ 8 октября 1939 года принял решение иметь в Лиепае крупную группировку кораблей. 22 октября в Лиепаю пришли крейсер «Киров», эсминцы «Сметливый» и «Стремительный». 24 октября туда же прибыл эсминец «Стерегущий». В октябре в Лиепае был развернут пост СНиС.

Управление Либавской военно-морской базы (ЛибВМБ) было сформировано с 21 октября 1939 года. Командиру и военкому подчинялись все части, базировавшиеся в Лиепае и Вентспилсе. Район ответственности базы был установлен от Лиепаи и далее на север до Михайловского маяка включительно. Первым командиром базы стал капитан 1 ранга Мергин. Согласно порядку старшинства, установленного приказом командующего КБФ № 0407 от 16 августа 1940 года, командир ЛибВМБ был вторым по очереди после командира эскадры, командир ОЛС (отряд легких сил) был третьим.[15] До 4 февраля 1940 года командование ЛибВМБ подчинялось заместителю командующего КБФ в Таллине, а затем Военному Совету КБФ. Командиру базы во всех отношениях подчинялись:

— артиллерийские дивизионы и батареи береговой обороны (БО),

— инженерные, саперные, железнодорожные и стрелковые части,

— части связи, — авиазенитные средства,

— охрана рейдов базы,

— тыловые органы (склады, мастерские, санитарно-лечебные),

— политико-просветительские учреждения (дом ВМФ, клубы).

В оперативном отношении командиру базы подчинялись районы и участки СНиС, временно базирующиеся на базу корабли. Для усиления обороны базы ее командиру по решению Военного совета КБФ могли придаваться соединения торпедных катеров и подводных лодок.

Народным комиссаром ВМФ 11 ноября 1939 г. было утверждено «Временное положение о командире военно-морской базы в Лиепае»[16]. Согласно положения, на командира базы были возложены следующие задачи:

— оборона района базы и подступов к ней от морского и сухопутного противника,

— противовоздушная оборона базы,

— охрана рейдов и гавани базы,

— материально-техническое обеспечение и ремонт базирующихся кораблей и средств береговой обороны,

— обеспечение постоянной боевой готовности базирующихся частей и кораблей,

— руководство мобилизационной работой частей и учреждений и составление общего мобилизационного плана базы,

— расквартирование береговых частей и учреждений в пределах базы, разработка диспозиции стоянок кораблей в базе,

— организация повседневной, дежурной и караульной службы в базе,

— обеспечение пожарной безопасности базы,

— организация санитарно-профилактического и лечебно-эвакуационного обеспечения базы.

В подчинении командира базы находились: помощник по артиллерии (начальник артиллерии базы); начальник ПВО; плавучие средства; командир порта с подчиненными ему складами; санитарная служба; квартирно-эксплуатационная часть; финансовое отделение; комендатура базы. Штаб ВМБ имел в своем составе отделения: оперативно-боевой подготовки, организационно-мобилизационное, шифровально-штабной службы; и части: распорядительно-строевую и административно-хозяйственную. В порту находились склады ВМБ: продовольственный, вещевой, шкиперский, топливный и автотранспортный. Все части и учреждения РККФ, не входящие в состав базы, но расположенные на ее территории, подчинялись командиру базы в порядке гарнизонной службы. В течении осени 1939 года — зимы и весны 1940 года в состав ЛибВМБ включались части и подразделения флота. С конца октября 1939 г. началось перебазирование в Лиепаю 43-й морской ближне-разведывательной авиационной эскадрильи. Личный состав эскадрильи 29 октября на автомашинах и по железной дороге был переброшен из Горавалдай в Ленинград. 13 самолетов МБР-2 (в двадцатых числах декабря было доставлено еще два МБР-2) в разобранном виде, автомобили, боезапас, все виды снабжения были погружены натранспорт «Луга». 30 октября под охраной эсминца «Энгельс» он вышел в Лиепаю. Летный состав 15 декабря поездом прибыл в Лиепаю. С 15 по 23 декабря проводилась сборка самолетов. Так как гидроаэродром в аванпорте замерз, пользоваться им было невозможно, самолеты были поставлены на шасси и находились на городском аэродроме, переданном враспоряжение ВВС ПрибОВО.[17] С января 1940 года эскадрилья стала именоваться — 43-я отдельная авиационная эскадрилья.[18] С 16 ноября 1939 г. начал подготовку кперебазированию в Лиепаю 3-й отряд 3-го дивизиона торпедных катеров. С 16 по 19 ноября на транспорт «Волголес» в Ораниенбауме были погружены торпедные катера (установлены на кильблоки), боезапас, топливо (220 бочек бензина, 20 бочек спирта), прочее имущество. 24 ноября транспорт пришел в Лиепаю. К 26 ноября все катера были спущены на воду и приведены в боеготовность № 1. Отряд до ледостава нес службу по противолодочной обороне базы (радиус 40 миль от гавани), сопровождая корабли при выходе из гавани и входе туда.[19] В первой декаде января 1940 г. на базе этого отряда был сформирован отдельный отряд ТКА (торпедных катеров) в подчинении командира ЛибВМБ.[20]

Гидросамолеты МБР-2 в полете

В ноябре 1939 г. в Лиепае продолжилось наращивание военно-морских сил. Закончившие ходовые испытания подводные лодки С-4, С-5 и С-6 13-го дивизиона подводных лодок, передислоцировались в Лиепаю. Командир 1-й бригады подводных лодок капитан 1 ранга К. М. Кузнецов приказал в срочном порядке принять на лодки боезапас и всё необходимое для жизнедеятельности. Утром 29 ноября 1939 г. под флагом начальника штаба 1-й бригады ПЛ (подводных лодок) лодки вышли из Кронштадта и на следующий день прибыли в Лиепаю. Впоследствии, 15 декабря из них был сформирован 16-й дивизион ПЛ. Для обеспечения действий подводных лодок в состав 1-й бригады ПЛ была передана из состава 3-й бригады ПЛ пловучая база «Смольный». С 2 по 5 декабря на судно в Кронштадте было установлено пять 45-мм орудий (два на носу и три на корме) и загружен боезапас, топливо и все виды снабжения для обеспечения подводных лодок. Утром 10 декабря плавбаза, совместно с транспортами «Тобол» и «Луначарский», под охраной эсминца «Гордый» вышла из Таллина и на следующий день пришла в Лиепаю. При базировании в Лиепае «Смольный» обеспечивал подводные лодки 12-го, 13-го, 21-го дивизионов ПЛ, а также подводные лодки Щ-320 и Щ-324, которые из-за тяжелых ледовых условий в районе Таллина, не смогли вернуться после выполнения боевого задания на базу и 23 и 21 января, соответственно, пришли в Лиепаю. Основной трудностью в обеспечении личного состава во время военных действий было снабжение теплым обмундированием. Приходилось отбирать теплые вещи у личного состава ремонтируемых лодок.[21]

Также в ноябре 1939 г. в состав ЛибВМ Б прибыл сформированный на Черноморском флоте 84-й отдельный зенитно-артиллерийский дивизион (озадн), в составе 841-й, 842-й и 843-й зенитных батарей. В январе 1940 г. для 84-го озадн в Лиепае была