С 9.30 до 20.00 корабль подвергся нескольким налетам немецких пикировщиков. Отражая их атаки, зенитчики крейсера израсходовали 233 100-мм, 204 45-мм, 117 37-мм снарядов и 769 12,7-мм патронов, но, несмотря на все усилия, крейсер получил попадание двух авиабомб в кормовую часть. Крейсер был отбуксирован в Поти на ремонт, из которого вышел только 18 марта 1942 г. При налете были сильно повреждены танкеры «Куйбышев», «Вайян Кутурье» и транспорт «Чапаев». Оказалось, что порт прикрыт всего одной зенитной батареей.

2 ноября у мыса Ай-Тодор был потоплен мобилизованный тральщик Т-504 «Работник», следовавший без конвоя. При переходе из Балаклавы в Туапсе с грузом мастерской Охраны водного района Главной базы и 80 членами семей комсостава в 16.24 на расстоянии 6 миль по пеленгу 168° от Ай-Тодорского маяка корабль был торпедирован и потоплен авиацией противника. Груз погиб полностью, часть людей удалось спасти.

В ночь со 2 на 3 ноября 1941 г. из гавани ушли собранные на скорую руку «Шторм» и «Шквал». На кораблях, кроме экипажа и сдаточной команды, находились семьи рабочих «Севморзавода», эвакуируемые из Севастополя. И на «Шторме» и на «Шквале» в строю находилось по одной турбине. Сразу после выхода корабли были вынуждены зайти в Балаклаву для ремонта. Эсминец «Бойкий», на борту которого находился заместитель наркома ВМФ армейский комиссар 2-го ранга И.В. Рогов, оставил сторожевики и направился в Геленджик. Доставить начальство по адресу было важнее.

После небольшого ремонта в Балаклаве на корабль были погружены бойцы аварийно-спасательного отряда ЧФ с имуществом и оружием, и бойцы батальона техникума ЭПРОН. 4 ноября в 18.40 корабли вышли из Балаклавы в Поти. На переходе на обоих кораблях произошли поломки в энергетической установке. Ночью шторм усилился, корабли потеряли друг друга. К утру на «Шторме» закончилось топливо, и он лишился хода. Вскоре к СКР «Шторм» подошел тральщик, взял его на буксир и привел в Поти, «Шквал» вышел к Сочи, где тоже был взят на буксир.

2 ноября последовало приказание командующего флотом о перебазировании управлений бригад и лодок в Поти и Очамчири. В тот же день штаб 1-й бригады в 18.00 перешёл из берегового помещения на пбпл «Волга», а уже через полчаса в результате авиационного налёта береговое помещение штаба было разрушено. С наступлением темноты плавбаза подводных лодок «Волга» и подводные лодки 1-й бригады вышли из Севастополя, взяв курс на Поти. 4 ноября из Балаклавы ушли последние лодки 2-й бригады и её штаб, которые перебазировались в Очамчири. В те дни вдоль побережья на Кавказ шли все плавсредства бригад, а по дорогам Крыма на Керчь и дальше – их автотранспорт. В Севастополе осталась небольшая часть личного состава береговых баз и командиры законсервированных в капитальном ремонте пл А-1 и Д-6, оставленных для охраны территорий, зданий и отправки на Кавказ остатков имущества.

3 ноября 1941 г. танкер «Кремль», следуя без сопровождения тральщиков, подорвался на немецкой мине у входа в Севастопольскую бухту. Танкер вышел из строя на 9 месяцев.

4 ноября в Керчи были потоплены гидрографическое судно «Гидрограф» и транспорт «Рот-фронт» (1148 брт). Традиционные ноябрьские шторма добавили потерь. В результате шторма был выброшен на берег у Геленджика небольшой пароход «Дон» и потоплен поврежденный у Евпатории пароход «Ленинград».

В 18.15 4 ноября эсминец «Бойкий» вышел обратно в Севастополь, куда прибыл 5.11.1941 г. И в ночь с 6 на 7 ноября 1941 г. два эсминца, «Бойкий» и «Безупречный», вышедшие накануне из ремонта, эвакуировали из Ялты остатки 7-й бригады морской пехоты. Ремонт «Безупречного» завершен не был, но обстановка требовала срочных действий.

В ночь на 7 ноября транспорт «Грузия» (капитан С.А. Дефансо) с оборудованием Морского завода и рабочими с семьями (более 2 тыс. человек) на борту вышел из главной базы и взял курс на Туапсе. Начальником эшелона являлся С.И. Шрайбер, будущий начальник Туапсинского филиала Морского завода. Как ни странно, корабль следовал в сопровождении всего одного морского охотника.

Одновременно с ним, в сопровождении тральщика, ушел пароход «Черноморец», имея на борту эвакуируемых и оборудование Севморзавода. Перед наступлением сумерек в районе маяка Кадош пароход подвергся нападению четырех немецких торпедоносцев, а пятый напал на тральщик, открывший огонь. Самолеты атаковали пароход с обоих бортов, выпустив 8 торпед. Однако капитан С.А. Перлов искусным маневрированием уклонился от удара.

Этой же ночью Севастополь покинул печально известный транспорт «Армения», имевший на борту медперсонал ЧФ и большое количество эвакуируемых. Для эскорта этого корабля, на борту которого находилось около 4 тыс. человек, больших кораблей не нашлось, и его сопровождал только один морской охотник СКА-041 (командир лейтенант И.И. Чулков). Увы, результат не замедлил сказаться. 7.11.1941 г. в 11.25 корабль был потоплен торпедоносцами противника.

Были и откровенно досадные потери. Тральщик (буксир) «Хенкин» эвакуировал военное имущество из Ялты. При этом, несмотря на неоднократные запросы, на борт не было доставлено моторное масло. 7.11.1941 г. тральщик «Хенкин» в районе Симеиза, имея на буксире баржу с 12 автомашинами и поврежденную шхуну с грузом, потерял ход и управление. Заклинило двигатель. В 16.00 тральщик был выброшен на берег в районе Фороса.

7 ноября 1941 г. стало переломным моментом. В ночь на 7 ноября вице-адмиралу Г.И. Левченко была отправлена директива Ставки ВГК № 1882:

«С целью оковывания сил противника в Крыму и недопуска его на Кавказ через Таманский полуостров Ставка Верховного главнокомандования приказывает:

1. Главной задачей ЧФ считать активную оборону Севастополя и Керченского полуострова всеми силами.

2. Севастополь не сдавать ни в коем случае и оборонять его всеми силами.

3. Все три старых крейсера и старые миноносцы держать в Севастополе. Из этого состава сформировать маневренный отряд для действий в Феодосийском заливе по поддержке войск, занимающих Ак-Монайские позиции.

4. Отряду Азовской флотилии поддерживать войска Ак-Монайской позиции с севера.

5. Линкор, новые крейсера базировать в Новороссийск, используя для операций против берега, занятого противником, и усиления отрядов старых кораблей. Базирование эсминцев – по вашему усмотрению.

6. Части зенитной артиллерии из оставленных районов использовать для усиления ПВО Новороссийска.

7. Организовать и обеспечить перевозку в Севастополь и Керчь войск, отходящих в Ялту, Алушту и Судак.

8. Истребители, штурмовики и часть самолетов МБР оставить в Севастополе и Керчи, остальную авиацию использовать с аэродромов СКВО (Северо-Кавказского военного округа. – М.М.) для ночных ударов по аэродромам, базам и войскам противника в Крыму.

9. Эвакуировать из Севастополя и Керчи на Кавказ все ценное, но ненужное для обороны.

10. Руководство обороной Севастополя возложить на командующего ЧФ тов. Октябрьского с подчинением вам (Левченко). Зам. командующего ЧФ иметь в Туапсе – начальника штаба ЧФ.

11. Вам (Левченко) находиться в Керчи.