На следующий день в газетах были опубликованы сенсационные фото Ульрики Майнхоф, сделанные в следственном изоляторе тюрьмы «Оссендорф» и непонятно как попавшие в прессу. Судя по одутловатому, распухшему лицу Ульрики, было видно, что она нещадно избита. Власти поспешили с опровержением: по их сообщению, плачевный вид Майнхоф является результатом последнего года ее жизни, связанного с физическим и нервным истощением и приемом наркотиков. На момент ее задержания Ульрика Майнхоф весила 45 килограммов.

Окончательная идентификация личности Майнхоф потребовала ряда дополнительных мер. Прежде Ульрика ни разу не задерживалась полицией, у КРИПО не было ее отпечатков пальцев. Идентификацию проводили на основании данных ее старой медицинской карты. Там сохранились сведения о кесаревом сечении (после которого на животе должен был остаться шрам) и рентгеновский снимок черепа. На снимке была видна металлическая скобка — последствие нейрохирургической операции, сделанной ей в 1962 году. Несмотря на протесты и яростное сопротивление, Майнхоф связали руки, раздели и подвергли медосмотру, подтвердившему наличие шрама, затем под наркозом ей был сделан повторный рентгеновский снимок. Теперь полиция могла торжествовать победу: в ее руках действительно оказалась легендарная Ульрика Майнхоф.

Всех членов РАФ, как особо опасных заключенных, распределили по разным тюрьмам, определив им особые условия содержания. Ульрика Майнхоф оказалась в одиночной звуконепроницаемой камере тюрьмы Кельн-Оссендорф. Условия содержания были охарактеризованы заключенными как «изолирующая пытка». В правозащитной лексике появились и другие определения — «белая пытка», «мертвые коридоры», «мертвый тракт». На этаже содержался лишь один арестант. Остальные камеры, а также верхняя и нижняя на других этажах оставались свободны. Человек, попавший в «мертвый тракт», ощущал себя погребенным заживо. Первыми заключенными, испытавшими на себе тяжесть «изолирующей пытки», оказались Ульрика Майнхоф и Астрид Пролл. Ульрика так описала состояние многомесячного пребывания в «мертвом тракте»:

Впечатление, как будто комната едет. Ты просыпаешься, открываешь глаза и чувствуешь, как едут стены. Вечером, когда солнце светит под потолком, они внезапно останавливаются. С этим ощущением невозможно бороться, невозможно понять, от чего тебя все время трясет — от жары или от холода. Для того чтобы разговаривать нормальным голосом, приходится кричать. Все равно получается какое-то ворчание — создается впечатление, что ты глохнешь. Произнесение шипящих согласных становится непереносимым. Охранники, двор для прогулок — все это видишь словно через полиэтиленовый пакет. Головная боль, тошнота. Нельзя контролировать построение предложения, грамматику, синтаксис. Пишешь вторую строчку и уже не помнишь, что было в первой. Неистовая агрессивность, которой нет выхода. Это самое страшное. Ясное сознание того, что у тебя нет ни малейшего шанса на существование, ты теряешь возможность к общению, к разговору, к произнесению обычных слов — даже охраннику ты ничего толком не можешь сказать. Их посещения не оставляют после себя ничего. Через полчаса невозможно вспомнить, было ли это сегодня или неделю назад. Чувствуешь себя так, словно с тебя сняли кожу.

Адвокаты заключенных и особый Комитет против пыток неоднократно направляли жалобы и требовали изменить условия тюремного содержания заключенных. Однако Федеральная судебная палата отклонила все ходатайства, мотивировав это тем, что сами заключенные вынудили власти пойти на крайние меры.

17 января 1973 года все заключенные РАФ начали коллективную «сухую» голодовку, требуя отмены пыточной системы для Ульрики Майнхоф и Астрид Пролл, состояние которой было критическим. Многочисленные правозащитные организации провели по всей Западной Германии акции протеста, направленные против применения пыток. Власти были вынуждены отступить. 9 февраля 1973 гола Ульрика Майнхоф после восьмимесячного пребывания в «мертвом тракте» была переведена в одиночную камеру мужского отделения тюрьмы Кельн-Оссендорф.

Для западногерманских властей, так же как и для средств массовой информации, Ульрика Майнхоф была одной из ключевых фигур организации. Но это было не совсем так, хоть Ульрика, безусловно, входила в ядро РАФ, состоявшее из 10–12 членов. Она была признанным и авторитетным идеологом левого движения; на идеях которого создавалась РАФ. Хорошее философское образование и глубина мысли позволяли ей быть на высоте проблемы, которой было озабочено общество: как изменить жизнь в интересах социальной справедливости. Молодое поколение страны, лишь недавно избавившейся от фашизма, мучительно искало ответ на трудные вопросы. Идеи Ульрики пользовались популярностью, они же создавали пропагандистскую привлекательность для РАФ. Но это не значит, что Майнхоф разделяла практические действия РАФ. Она не была уверена в выборе методов борьбы и оспаривала целесообразность проведения многих операций. Лидером (в глазах общества) ее сделал случай — участие в освобождении Андреаса Баадера. Этот эпизод — первый и вполне рядовой в масштабе последовавших затем акций РАФ — дал и название организации «Банда Баадер — Майнхоф» (сами рафовцы никогда не признавали этого названия). Свою роль сыграло и желание журналистов придать ситуации пикантность в духе гангстерских фильмов, сделать Баадера и Майнхоф любовниками.

Подлинная расстановка сил в организации стала понятна в ходе следствия к 1975 году. Подлинными лидерами организации были Андреас Баадер и Гудрун Энсслин. Эта пара — близкие между собой физически и духовно — стояла во главе движения, была его создателями, мотором и непререкаемым авторитетом. Они же из тюрьмы призвали арестованных членов РАФ к проведению голодовки в защиту Майнхоф и Пролл.

5 февраля 1974 года Гудрун Энсслин была переведена из Эссена в кельнскую тюрьму Кельн-Оссендорф, в которой уже второй год содержалась в заключении Ульрика Майнхоф. Женщины оказались в соседних камерах (обычных, а не звукоизолированных) и могли свободно перестукиваться друг с другом, а по ночам даже перекрикиваться. Общение оказалось для Ульрики спасением от помутнения рассудка, признаки которого уже стали проявляться в конце 1973 года. Во время Рождества Ульрика Майнхоф окончательно попрощалась со своими дочерьми-близняшками отказавшись от дальнейших контактов с ними. Ренат Римек в свое время заменившая Ульрике Майнхоф умершую мать, теперь взяла на себя заботу и о ее дочерях.

В апреле 1974 года в тюрьме Штутгарта Штаммхайм был сдан в эксплуатацию особый блок, ставший предметом гордости западногерманских тюремщиков. Рядом со стеной тюрьмы, внешне напоминавшей неприступный бастион было возведено новое здание суда, соединенное с главным корпусом Штаммхайма подземным переходом. Федеральные власти затратили на строительство миллионы марок налогоплателыциков. Новый тюремно-судебный комплекс имел повышенную степень надежности и предназначался для проведения наиболее крупного (после Нюренбергского) судебного процесса в истории ФРГ — суда над членами террористической организации «Фракция Красной армии» Впоследствии тюрьма Штаммхайм использовалась для содержания особо опасных государственных преступников.

Первыми обитателями нового тюремного блока стали Ульрика Майнхоф и Гудрун Энсслин. Поначалу условия содержания были очень либеральными и не шли ни в какое сравнение с тюрьмами Эссена (откуда была переведена Энсслин) и Кельна. Узницам разрешалось совершать совместные прогулки во внутреннем тюремном дворе. Около четырех часов в сутки они проводили вместе в одной камере, имел возможность свободно общаться без посторонних. Причины подобного либерализма стали понятны через несколько лет. Стало известно, что власти, игнорируя конституцию и вытекающие из нее правовые нормы, без санкции Федерального суда установили скрытые видеокамеры и подслушивающие устройства. Таким образом прокуратура рассчитывала получить дополнительную информацию об организации РАФ, роли и личной ответственности отдельных ее членов.