К лету восстание охватило Мерсию и Нортумбрию. Эрлы Эдвин и Моркар покинули Вильгельма и примкнули к валлийцам, однако когда король построил замок в Уорике и доверил его Анри де Бомону, эрлы снова покорились и получили прощение. Более важным событием для Вильгельма оказалось бегство в Шотландию Эдгара Этелинга с матерью и двумя сестрами. Их принял король Малькольм III, впоследствии женившийся на Маргарите — возможно, в 1069 г. После захвата Йорка нортумбрийцами Вильгельм выступил против них в поход. Он укрепил Ноттингем, доверив крепость Гильому Певерелю, а затем вторгся в Йорк, где также построил замок. Этельвин, епископ Даремский, решил сдаться и, став посредником между Вильгельмом и шотландским королем, сумел предотвратить вооруженное вмешательство последнего. В это же время или чуть позже Вильгельм пожаловал графство Дарем фламандскому рыцарю Роберту де Комину и повернул на юг, по пути заложив крепости в Линкольне, Хантингдоне и Кембридже. Между тем сыновья Гарольда, нашедшие приют в Ирландии, напали на Бристоль и Сомерсет. Однако в Англии их посчитали просто пиратами, и местным отрядам удалось их отбить. Из-за событий этого года некоторые нормандцы пали духом. По словам Ордерика Виталия, жены нормандских воинов, которые остались дома, побоявшись отправиться с ними в Англию, требовали возвращения своих мужей. Впрочем, ситуация была такова, что равным образом не устраивала ни английских, ни нормандских женщин. Вильгельм предлагал недовольным солдатам богатые поместья, обещая, что они получат земли еще лучше после покорения всей Англии, а его верные соратники взывали к их чести. Несмотря на это, очень многие дезертировали из армии, в том числе, по некоторым данным, и Гуго де Гранмениль, сражавшийся при Гастингсе, а затем управлявший областью Винчестера. Таким образом, Вильгельму пришлось набрать еще наемных солдат, пообещав им еще более крупное вознаграждение.

1069 год начался с того, что в Дареме вместе со своими людьми был убит Роберт де Комин, а в Йорке — кастелян Роберт Фиц-Ричард. Затем из Шотландии явился Эдгар Этелинг — собрав под своим знаменем предводителей нортумбрийцев и встретив теплый прием в Йорке, он напал на королевские замки. Гильом Мале, местный военачальник, оказался в большой опасности, однако еще до Пасхи Вильгельм снова заставил Эдгара уйти, разорил город и оставил его на своего заместителя, преданного Гильома Фиц-Осборна. Летом в Северный Девон вторглись — на этот раз, вероятно, с более крупным флотом — сыновья Гарольда, однако их разбил граф Бриан. Беспокойство нормандцам причинил также ряд локальных мятежей на западе. Жители Дорсета и Сомерсета напали на замок Роберта Мортенского в Монтакуте, однако их усмирил Жоффруа, епископ Кутанский. Честерцы и валлийцы атаковали Шрусбери — поддержку им оказали жители городов графства Шропшир и Эдрик Дикий. Эксетер, оборонять который вновь осталось только его население, подвергся нападению мятежников из Девона и Корнуолла. Для подавления этих восстаний король отправил своих военачальников — Вильгельма Фиц-Осборна с севера и графа Бриана с юго-запада. Они обнаружили, что враг сжег Шрусбери дотла и уже покинул его, но у Эксетера им удалось нанести противнику серьезный удар.

Осенью в ситуацию вмешался новый претендент на престол — датский конунг Свейн Эстридсен. Сын сестры Кнута и дальний родственник покойного короля Гарольда и королевы Эдит, вдовы Эдуарда, он заявлял, что Эдуард завещал трон именно ему. Действуя не так быстро, как Вильгельм, он подготовил к этому времени для похода войско, в которое входили отряды из Польши, Фризии, Саксонии и даже Левтиции (возможно, Лаузица), приплывшие, как утверждали, на кораблях числом до трехсот, и которым командовали его брат Осборн — принц, изгнанный из Англии в 1049 г., — и двое его сыновей. Кроме того, армию сопровождали епископы. Эта экспедиция, вероятно, не отличалась таким размахом, как кампания Вильгельма три года назад, но, безусловно, была вполне сравнима с ней по масштабам. Опустошая прибрежные земли, захватчики проплыли вдоль побережья от Дувра до Хамбера, где к ним присоединился Эдгар и другие представители английской знати. Объединенные войска овладели крепостями в Йорке и уничтожили или захватили в плен воинов гарнизона (среди которых был и Гильом Мале), а город вновь был предан огню. Во время боев погиб старый архиепископ Эльдред. Та Англия, которую он знал, была превращена в руины. Когда Вильгельм в очередной раз выступил на север, датчане отошли к берегам Хамбера, а предводители англичан опять отступили. В отличие от захватчиков, явившихся сюда в 1066 г., — Харальда Сурового, Тостига, а потом и Вильгельма, — Осборн и Эдгар боялись решающей битвы. Правитель часто может позволить себе избегать генеральных сражений, претендент же должен делать это крайне редко. Эта нерешительность, а возможно, и трусость союзников делала честь военной репутации Вильгельма и означала, что, если он не совершит ошибку, победа достанется именно ему.

Так как датчане прятались среди притоков Хамбера, король не мог до них добраться. Однако в ответ он стал систематически опустошать окрестности, мешая им запастись провизией и лишая мужества английских союзников. Он вошел в Линдсей, а затем направился в Йорк, поручив своему брату Роберту Мортенскому и Роберту, графу д'Э, приблизиться к врагу и наблюдать за ним. На переправе через реку Эйр у городка Понтефракт мятежники задержали короля на три недели, но, в конце концов, ему удалось добраться до Йорка. Он решил остаться и уничтожить северных повстанцев раз и навсегда. Сначала Вильгельм приказал доставить из Винчестера на Рождество королевские регалии, а после праздника начал зимнюю кампанию в крайне тяжелой местности и в наиболее суровых погодных условиях. В январе 1070 г. Вильгельм прошел на север до реки Тис, разоряя окрестные земли, и принудил покориться эрлов Вальтофа и Госпатрика — двух наиболее влиятельных английских предводителей. Затем он сделал марш-бросок еще дальше на север, к городу Хексем на реке Тайн, и снова вернулся в Йорк. Не собираясь останавливаться на достигнутом, он решил напасть на честерцев и валлийцев. В разгар зимы Вильгельм перешел через Пеннинские горы. Часто приходилось идти пешком, и многие наемники из Бретани, Анжу и Мэна взбунтовались, жалуясь, что король требует от них невозможного, и дезертировали. Однако Вильгельм все же достиг Честера, где построил крепость, и опустошил Мерсию. В случае победы он пообещал своим воинам отдых после таких трудов и дал им понять, что вознаграждение можно получить только в результате тяжелой работы. Прибыв перед Пасхой в Солсбери, Вильгельм выплатил своим верным солдатам жалованье и поблагодарил их, а мятежников и дезертиров приказал покарать, заключив их под стражу на сорок дней. Теперь король считал, что благодаря своим усилиям он подорвал сопротивление в Англии. Нортумбрия была разорена и страдала от неизбежного голода и чумы. Прибывшие на кораблях датчане были обескуражены, а английские повстанцы совершенно упали духом. В 1070 г. нормандцам подчинился Эдрик Дикий. Есть письменные свидетельства, что в феврале Вильгельм разграбил все английские монастыри. По всей видимости, собрать налоги и ренты было трудно, а военные расходы короля оказались немалыми.

Несомненно, перелом в борьбе уже произошел, но война отнюдь не закончилась. Весной 1070 г. конунг Свейн, присоединившись к своему флоту на Хамбере, решил вторгнуться в Восточную Англию. До сих пор здесь все было спокойно, но на Пасху Вильгельм сместил архиепископа Стиганда и епископа Этельмера, которые, возможно, были самыми крупными землевладельцами в данной области. Датчане вновь встретили радушный прием местного населения, и Свейн отрядил армию под командованием своего брата в Или. В этом городе находились сокровища аббатства Питерборо, которые, не желая, чтобы они достались какому-нибудь нормандскому аббату, вывез оттуда местный тэн Гервард Бдительный. Вероятно, к этому времени Свейн вслед за своим братом убедился в том, что Вильгельм слишком упрочил свое положение, чтобы его можно было вытеснить из страны, поэтому единственной целью конунга стал грабеж. Вильгельм предложил ему беспрепятственно отправиться домой вместе с сокровищами Питерборо, однако после отплытия флот Свейна попал в сильный осенний шторм — корабли были разбросаны, а значительная часть добычи потеряна.