Со времени правления султана Мехмеда янычары и другие подразделения регулярной армии стали основным орудием для защиты и расширения османских владений. Во главе их стоял султан, хотя активная роль наипервейшего из «воинов за веру» все более умерялась в силу его стремления построить централизованное бюрократическое государство. Будучи вдохновленным обращением Чандарли Халил-паши с янычарами в Эдирне, когда еще был жив его отец Мурад II, Мехмед приложил усилия, чтобы взять их под свой контроль, но так и не смог заставить полностью себе подчиняться. Взойдя на трон в 1451 году, он счел необходимым уступить их требованиям повышения жалования в ознаменование торжества, практика, очевидно, начатая Баязидом I. Проблемы возникли снова, когда янычары подняли мятеж в 1455 году в ходе зимнего похода на порт Энез в устье Марицы, принадлежавший генуэзцам, и еще раз во время безуспешной осады Белграда в следующем году. Наследникам Мехмеда не удалось удержать янычар под контролем, и плачевные последствия были очевидны во многих эпизодах османской истории.

В последние годы своей жизни султан Мехмед осуществил программу консолидации и централизации законодательства. Создателем ее был Караманлы Мехмед-паша, великий визирь с примерно 1476 года до смерти Мехмеда — точные даты назначения и смещения великих визирей Мехмеда спорны, — который сделал выдающуюся карьеру в правительстве империи. Как и Чандарли, он вышел из аристократического турецкого рода, происходившего от загадочного Мевланы Джалаль аль-Дина Руми, основателя дервишского ордена Мевлеви. Сохранилось два свода законов, относящихся ко времени правления Мехмеда: первый содержит санкции и правила, касающиеся обложения налогом подданных; второй говорит о разновидностях управления и соотношения между его отдельными частями. Отсылки в этих кодексах на «древний закон» или «древний обычай» дают понять, что в основном они были связаны с приведением в систему правил, которые уже существовали. Тем не менее ученые спорят, какие фрагменты сохранившихся версий этих сводов законов действительно относятся ко времени правления Мехмеда, а какие статьи внесены во времена последующих правлений в качестве корректировки. Мехмед был первым султаном, провозгласившим законы, применимые к жизни государства, такие как государственное управление — оно не принимались во внимание религиозными законами; и хотя ни один из его сводов не ссылается на ислам, хотя их эффективность напрямую зависела от воли султана, их положения не противоречат положениям религиозных законов. Описывая политику Мехмеда, оппозиционный продервишский летописец Ашикпашазаде, писавший между 1476 и 1502 годами, возлагает на Карамани Мехмеда ответственность за уменьшение благосостояния дервишей и эмиров пограничных племен с помощью программы возвращения государственных доходов под контроль правительства.

Еще одним изменением во время правления Мехмеда II было появление новой формы союзов, в которых обладатели высших правительственных постов были связаны с османской династией посредством браков — эта форма просуществовала до падения империи. Так же как и государства, с чьими правящими семьями османская династия ранее породнилась в расчете на абсолютную преданность в мире, где верность непостоянна, присоединялись к османским владениям, например, Византия, Сербия и Караман, так же происходило и с недостатком подходящих для женитьбы партнеров для султанов и членов их семей. После казни первого великого визира Чандарли Халил-паши пост, видимо, занял Заганос Мехмед-паша, наставник и наперсник Мехмеда с самого его детства, который был уверен, что Константинополь падет перед его господином. Он был потомком христиан, чья дочь была замужем за Мехмедом. После Заганоса Мехмед-паши великим визирем стал бывший сербский военнопленный Махмуд-паша Ангелович, который был женат на дочери султана. Получив назначение за доблесть, проявленную во время неудачной осады Белграда в 1456 году, он оставался на этом посту до 1468 года, когда пал жертвой интриг своего соперника Рум Мехмед-паши, видимо захваченного при взятии Константинополя. Одаренный военачальник, Махмуд-паша сопровождал султана Мехмеда во многих из его наиболее успешных кампаний. Писавший на рубеже веков летописец Мехмед Нешри сказал о нем, что султан будто отрекся от престола в пользу своего великого визиря. Оказывается, предлогом для смещения Махмуд-паши с поста великого визиря послужило то, что он избирательно проводил депортацию караманидского населения в Стамбул, после кампании 1468 года, позволяя богатым остаться. Похоже, что он был слишком расположен к непокорному караманидскому принцу Пир Ахмеду. В основном Рума Мехмеда помнят по нелицеприятным описаниям Ашикпашазаде, на чью семью неблагоприятным образом повлияло введение налога на имущество в Стамбуле, от которого султан Мехмед приказал освободить в период первой волны завоеваний, с целью оживить город. Подвергая сомнению мотивы Рум Мехмед-паши, Ашикпашазаде прибегает к обвинениям в связях с Византией. Некоторые из этих налогов были отменены при очередной смене политического курса, когда на трон взошел сын Мехмеда Баязид.

Махмуд-паша был восстановлен в должности великого визиря в 1472 году, но уже никогда не пользовался полным доверием султана. Сыграв сомнительную роль в походе 1473 года против Узун Хасана и его сил, он был смещен в пользу амбициозного соперника, другого талантливого военачальника Гедик Ахмед-паши, также выходца из византийской или византийско-сербской знати. Он был назначен верховным визирем на место Махмуд-паши, но близкие ко двору писатели возлагали вину за окончательный уход Мехмед-паши на его плохие отношения с сыном султана принцем Мустафой. Летописцы того времени не указывают никаких причин вражды между принцем и великим визирем, нет объяснения решению Мехмеда в 1474 году казнить человека, который на протяжении многихлет осуществлял планы его завоеваний. Принц Мустафа, как упоминалось выше, заболел и умер в 1474 году, спустя столетие будет высказано предположение, что Махмуд-паша отравил принца в отместку за осквернение последним его гарема. Документ того периода, обнаруженный через 500 лет после события, сообщает детали юридической тяжбы по поводу завещания Махмуд-паши, между его дочерьми от первого брака и его второй женой. Махмуд-паша, очевидно, развелся со своей второй женой по возвращении из похода против Узун Хасана в 1474 году, поскольку узнал, что она опозорила его, проведя ночь в доме матери принца Мустафы, когда принц находился там же: поскольку ее муж находился в отъезде, и она пошла в дом матери принца ночью, скандальной трактовки ее поведения было не избежать. Махмуд-паша был пострадавшей стороной, но заплатил жизнью за неспособность держать под контролем жену. Жизнь самого высокопоставленного государственного деятеля в империи зависела от случая, даже когда он был в милости у султана.

Предшественники султана Мехмеда заложили основы абсолютной монархии, управляет которой и защищает которую каста рабов, подчиненных только султану; грандиозные устремления Мехмеда и его амбициозные мечты придали этой идее дальнейшее развитие. Он видел себя законным наследником Византии и воином, осуществившим исламские предания о том, что несравненный Константинополь однажды станет мусульманским; а также наследником героев античного мира. Он немного знал греческий, и, должно быть, его интерес к античности был широко известен в политических кругах того времени. Об этом в свое время упомянул венецианец Николо Сагундино, уроженец острова Эвбея, в своем описании османов. Мехмед, писал Сагундино, восхищался спартанцами, афинянами, римлянами и карфагенянами, но выше всех ставил Александра Македонского и Юлия Цезаря. Византиец Критовул с острова Имброс написал во вступлении к хвалебной биографии султана, что деяния Мехмеда равны подвигам Александра: