Большинство комментаторов впоследствии чаще обычного пользовались сокращенной формой – просто «Священная канцелярия». Редкий случай, чтобы столь безобидное, даже как будто бы похвальное название приобретало столь зловещие ассоциации. В целях очищения от этих ассоциаций и придания еще более благовидного облика инквизиция была еще раз переименована в 1965 году, теперь в «Конгрегацию доктрины веры». Под этим названием она действует и сегодня, являясь прямым потомком и преемником первоначальной инквизиции, созданной в 1234 и реконструированной в 1542 году. Лойола и иезуиты были одним из главных факторов влияния при создании обновленной инквизиции, или Священной канцелярии. Не меньшее влияние оказал честолюбивый и фанатичный доминиканец Джованни Караффа. В период между 1515 и 1522 годами Караффа состоял папским нунцием в Испании, где его, как и Лойолу, поразила эффективность машины испанской инквизиции. По возвращении в Италию он стал лидером благочестивого кружка из высокопоставленных священнослужителей, одержимых идеей восстановления чистоты и моральных устоев Церкви. Одним из средств достижения этого для Караффы и одновременного привлечения к себе внимания была кампания против фрески Микеланджело с изображением Страшного суда в Сикстинской капелле. Когда фреска была открыта для обозрения публикой в 1541 году, Караффа и его кружок подняли шум. Они были возмущены откровенным фаллическим символизмом Микеланджело, изображенной им сценой, в которой одного мужчину тащат за гениталии, а другие целуются, и с гневом осудили произведение как непристойное. Их негодованию скоро вторили коллеги-единомышленники, и критика не умолкала в течение ближайших двадцати четырех лет.

В 1551 году, например, видный доминиканец писал, что Микеланджело «превосходно изображает обнаженные тела людей и их половые органы», и посетовал, что «совершенно неприлично повсеместно видеть всю эту наготу – на алтарях и в храмах Божьих». В конце концов Тридентский собор постановил, что на фреске надлежит сделать «исправления». В 1565 году для этой цели был специально нанят художник, который благопристойно облек все оскорбляющие взор выпуклости набедренными повязками и одеяниями. До сих пор сохранилась расписка, удостоверяющая в том, что он получил за свои старания «причитающуюся сумму в 60 скудо… в оплату работы, которую выполнил в 1565 году, прикрыв половые органы фигур в капелле папы Сикста». К тому времени сам Караффа был уже мертв. Но его нападки на фреску в 1541 году вызвали сочувственный интерес папы Павла III, который произвел Караффу и пятерых других членов его кружка в кардиналы. В конце концов в 1555 году Караффа и сам стал папой; он взял имя Павел IV и занимал Престол Святого Петра вплоть до своей смерти в 1559 году.

Поддержанный Лойолой и доминиканским кардиналом, архиепископом Бургоса, Караффа, снискав расположение папы Павла III, стал настаивать на учреждении постоянного трибунала инквизиции по модели инквизиционного трибунала в Испании. Потому-то в 1542 году была создана Священная канцелярия. Караффа был назначен первым инквизитором-генералом реконструированного института. Папа зарезервировал за собой право помилования. Не считая этого, новой папской инквизиции, или Священной канцелярии, была дана практически неограниченная власть, включая право делегировать полномочия другим священнослужителям и в случае необходимости прибегать к помощи светских властей. Сразу же после получения своего назначения Караффа завладел солидным каменным домом в Риме и оборудовал его тюремными камерами. Затем он издал четыре процессуальных правила, которых должны были придерживаться все инквизиторы. Им надлежало «наказывать даже по подозрению». Им надлежало «не щадить великих». Им надлежало быть суровыми со всяким, кто «прикрывается властью». И им надлежало «никому не давать пощады, тем паче кальвинистам». По поводу этих предписаний в частных разговорах Караффа особо подчеркивал необходимость наносить удары по людям на высоких постах, «ибо… от их наказания зависит спасение подчиненных им классов». Разумеется, ему не было надобности говорить, что подобное наступление на влиятельных особ эффективно нейтрализовывало любых его потенциальных соперников или претендентов на власть. Затем последовали чистки, ставшие прообразом тех чисток, которые проводились уже в наше время Гитлером, Сталиным и другими более мелкими тиранами того же пошиба. По словам одного историка, вся Италия «была парализована». Глава ордена капуцинов бежал в Женеву. Другие видные деятели, как светские, так и церковные, искали убежища в других местах. В 1546 году был распущен весь университет в Модене. Однако Караффу по-прежнему раздражала готовность папы миловать и то, в какой степени это подрывало способность Священной канцелярии проводить свой террор. Только став папой в 1555 году, Караффа наконец получил столь долгожданную лицензию на полную свободу действий. Чтобы сполна ею воспользоваться, он передал свои инквизиторские полномочия своей правой руке – доминиканцу Микеле Гислиери. В 1557 году Гислиери был назначен кардиналом, а год спустя – великим инквизитором. Впоследствии, в 1566 году, Гислиери тоже в свою очередь станет папой под именем Пия V. Едва Караффа взошел на Престол Святого Петра, как началось самое настоящее царство террора. В 1556 году в Анконе были сожжены двенадцать обращенных евреев, – видимо, их обращение сочли недостаточно полным. В 1557 году в тюрьму был заключен кардинал. В том же году немалое число венецианцев было обвинено в ереси, их доставили в Рим и отправили на костер. Когда Караффа умер в 1559 году, он пользовался такой ненавистью у жителей Рима, что городской люд взял приступом помещения Священной канцелярии, разрушил здания, разграбил и сжег все записи. Невзирая на это, однако, Священная канцелярия продолжила свою деятельность. В 1562 году в жестокой бойне в Южной Италии лишились жизни примерно 2 тысячи вальденсов. В 1567 году был обезглавлен видный флорентийский гуманист. В 1570 году в Сиене был казнен с помощью гаротты профессор риторики. В 1573 году Священная канцелярия взялась «изучать» картину Веронезе «Пир в доме Левия», и для допроса на трибунал был вызван сам Веронезе. Он избежал наказания, но получил предписание изменить картину за свой собственный счет.

Между тем Церковь претерпела значительную трансформацию. Уже в 1523 году быстрое распространение протестантизма сделало полностью очевидной необходимость в реформе. Высказывалось предложение, что такую реформу лучше всего провести на общем церковном соборе. Поначалу папа и курия были напуганы таким предложением, боясь, что любой собор может объявить себя выше папы. Действительно, стоило перспективе собора получить огласку, как резко упали в цене продававшиеся духовные должности в Риме. В конце концов, однако, в 1545 году папа Павел III все-таки созвал Тридентский собор. Тридентский собор был одним из важнейших соборов в истории Церкви, сыгравшим эпохальную роль в определении Церкви и папства в том виде, в каком они дошли до нас. Отмеченный длительными перерывами, собор растянулся в общем итоге на восемнадцать лет и продолжался с 1545 по 1563 год. Он пережил и папу Павла III и Караффу в его ипостаси папы Павла IV.

Собор открылся попыткой – не имевшей, правда, поддержки в самых влиятельных кругах – найти компромисс и примирение с протестантизмом. Впрочем, быстро стало понятно, что любая подобная попытка обречена. Посему собравшиеся священнослужители обратились к тому, как бороться с протестантизмом, и, дабы делать это наилучшим образом, к тому, как приспособить Церковь к этой борьбе. Собор провозгласил, например, «равный авторитет Священного Писания и предания». Другими словами, постановлялось, что Церковь, как воплощение предания, обладала авторитетом, равным авторитету самого Писания. Это, естественно, было по сути своей несовместимо с протестантизмом, который признавал только авторитет Библии. Размежевание с протестантизмом было еще более отчетливо обозначено другими решениями собора – например, формулировкой доктрины первородного греха и отказ признать правомерность утверждения Лютера об оправдании верой. Одновременно Тридентский собор взялся прояснить позицию папского престола в отношении епископов и церковных соборов. Так, к примеру, некоторые реформаторы поначалу пытались «утвердить примат собора даже по отношению к папе и тем самым провозгласить свой верховный авторитет». В конечном счете, однако, именно папский престол оказался верховным авторитетом, осуществляющим контроль над епископами, равно как и над церковными соборами. Тысячелетием раньше Церковь была преимущественно децентрализованной, а папа был всего лишь епископом Рима, как говорилось – «первым среди равных». В последующие столетия его власть постепенно все больше расширялась, но как таковая она не признавалась официально. После Тридентского собора Церковь стала аналогом абсолютной монархии – с папой в роли правителя. С этого момента иезуиты, Священная канцелярия и все остальные институты римско-католической церкви в меньшей степени заботились о предполагаемой «чистоте» веры, чем о сохранении устоев папства и Церкви.