АВФ в мае участвовала в эвакуации войск Крымфронта, а в июне начала минные постановки. До 3 августа было выставлено 23 якорные и 59 донных мин в активных заграждениях у северного побережья Керченского полуострова, 507 якорных и 178 донных – в оборонительных. Оборонительные заграждения, выставленные в июне-июле, потерь противнику не нанесли, так как в руки немцев попала карта с постановками. Активные заграждения оказались почти безрезультатны в силу малого числа выставленных мин и ненадежности тонких минрепов речных мин Р-1. Одна из мин МИРАБ легко повредила паром «Зибеля». 15 якорных и три донные мины выставили ВВС ЧФ, на них погиб один катер. Кроме того, при эвакуации портов были выставлены донные мины (14 в порту и во входном канале Ейска, пять у Приморско-Ахтарской). В Ейске был достигнут неплохой результат. Помимо прямых потерь (на МИРАБах погибли БДБ, «Зибель» и катер) почти на месяц позже началось использование порта для снабжения немецких войск на Кавказе. Даже Гитлер с беспокойством отметил на совещании 26 августа наличие минной опасности на Азовском море.

Береговая артиллерия флотилии до 20-х чисел июля вела огонь через залив по Таганрогу и безуспешно обстреливала прибрежные конвои, а затем участвовала в обороне баз от наступающего противника. Отдельный Донской отряд флотилии участвовал в обороне низовьев Дона и прикрывал отход войск. Его активные действия отмечены в немецких документах.

Противник в преддверии своего наступления на Кавказ активно наращивал силы на Азовском море за счет самоходных паромов армии и люфтваффе, а также саперных катеров. Но до захвата Ейска в августе пополнение простаивало в портах, за исключением т. н. флотилии Лепера (саперные моторные катера, буксировавшие деревянные баржи по трассе Мариуполь – Таганрог). Манштейн хотел высадить хорватской флотилией десант у Ак-Моная с целью захвата штабов Крымфронта в рамках майского наступления, но из-за малого числа катеров в строю и их плохого технического состояния отказался от этого плана. Слабость хорватской флотилии побудила немцев начать переброску катеров и немецких моряков из Германии. В роли береговой артиллерии сначала выступали зенитки и полевая артиллерия, но затем для Геническа была выделена одна из батарей формирующегося 601-го морского дивизиона.

В конце июля противник форсировал Дон и начал стремительно продвигаться на юг. 1 августа флотилия получила приказ начать вывод судов из Азовского моря через Керченский пролив в Новороссийск. Тихоходные суда должны были проходить по узкому фарватеру под дулами немецких батарей на Еникальском полуострове. Противник сосредоточил на Керченском полуострове около десяти дивизионов береговой артиллерии РГК, флот развернул на берегу пролива свои первые батареи. Кроме того, огонь по судам вела зенитная и полевая артиллерия. Поскольку южнее основной фарватер пролива был загражден минами, после прорыва мимо батарей приходилось огибать косу Тузла с востока и выходить через Тузлинскую промоину, характерную малыми и меняющимися в зависимости от силы и направления ветра глубинами. Суда делились на группы с учетом скорости хода и отрядами, в сопровождении катеров, отправлялись с расчетом пройти самый опасный участок в темное время. Катера эскорта не только прикрывали отряды, но и подбадривали тех капитанов торговых и рыболовных судов, которые не решались войти в пролив. Проход обеспечивался ударами ВВС ЧФ по батареям и прожекторам, непрерывными полетами МБР-2 на малой высоте, чтобы заглушить шумы моторов судов. Береговая артиллерия в это же время вела контрбатарейную борьбу. В светлое время крупные отряды по возможности прикрывались истребителями. Всего с 3 по 23 августа было отправлено 162 гражданских судна и 55 кораблей и катеров АВФ, из них прошли в Черное море 101 и 43 соответственно, а остальные погибли. Было уничтожено экипажами в портах Азовского моря из-за неисправностей или большой осадки 14 кораблей и катеров АВФ, 56 судов, отнесенных в отчете АВФ к категории «большие», 325 малых самоходных и 106 несамоходных, а также 2574 мелких гребных плавсредств. Наибольшие потери при прорыве вызвали посадки ночью на мель с последующим расстрелом на рассвете авиацией и артиллерией. Также существенный ущерб нанесла авиация в светлое время. Принятые меры помогли минимизировать потери от артиллерии. Учитывая безвыходность ситуации и сложность задачи, спасение большого числа плавсредств стало несомненным успехом. Кроме того, в ночь на 30 августа из Азовского моря с боем прорвался монитор «Железняков».

5 августа от фронта был получен приказ эвакуировать базы Ейск и Приморско-Ахтарская, уничтожив портовые сооружения. Выигрывая время, флотилия до 9 и 11 августа соответственно обороняла эти базы силами морской пехоты и пограничников при поддержке береговой артиллерии и кораблей. В обоих случаях базы были оставлены организованно после эвакуации большей части имущества и основательного разрушения портов. 9 августа была сформирована Темрюкская база (о ее обороне см. ниже).

На Кубани активно действовал Отдельный кубанский отряд. В течение второй половины августа с отходом армии с этого рубежа катера отряда были взорваны личным составом.

В целом до августа Азовская флотилия, не имея равного противника на море, не сталкиваясь с минной опасностью и не испытывая большого давления люфтваффе, обеспечивала благоприятный оперативный режим в юго-восточной части моря. Ее существование гарантировало советскую сторону от возможной переправы крупных сил противника через Керченский пролив и удара в тыл Северо-Кавказскому фронту. Она также вынудила немцев усилить охрану побережья, участвовала по мере сил в поддержке флангов армий. С большой пользой действовали речные отряды на Дону и Кубани. Из поставленных задач лишь действия на коммуникациях противника оказались слабым местом. После усиления активности люфтваффе в августе флотилия понесла тяжелые потери, а с падением баз покинула Азовское море.

Морские силы противника вплоть до сентября не предпринимали ничего существенного на Азовском море, кроме перевозок вдоль северного берега. Попытка армии использовать свои наспех сколоченные здесь ВМС для высадки десанта на Керченский полуостров не удалась.

1 августа фронт проходил на широте Астрахани, а через три недели – уже по Главному Кавказскому хребту вдоль Черноморского побережья Кавказа. Угроза возникла сразу для всех оставшихся баз ЧФ от Темрюка до Поти, что создало большие проблемы. Советскому командованию не всегда удавалось правильно определить наиболее угрожаемое направление и сосредоточить на нем необходимые силы. Немецкий флот в силу своей слабости принял ограниченное участие в наступлении на Кавказ: вместе с саперами высадил десант на азовский берег Таманского полуострова, проводил набеговые действия торпедных катеров на наши коммуникации, начал установку береговых батарей от входа в Керченский пролив до Новороссийска.

Для более удобного восприятия оборона Таманского полуострова, Новороссийска и Туапсе описана последовательно. Но нужно иметь в виду, что многие из этих событий происходили одновременно.

Оборона Таманского полуострова и операция «Блюхер II»

9 августа после отхода Азовской флотилии в Темрюк была сформирована Темрюкская ВМБ. На следующий день Ставка приняла решение возложить оборону Таманского полуострова на береговые части флота, а войска 47-й армии вывести для обороны Новороссийска. Решением Военного совета Северо-Кавказского фронта С. Г. Горшков возглавил объединение АВФ, Керченской и Новороссийской баз. Требовалось оборонять полуостров до последней возможности, но не допуская окружения частей. После отвода армейских частей на Тамани остались пять батальонов морской пехоты, подвижный артдивизион, береговая артиллерия и ряд мелких подразделений. Эти небольшие силы должны были держать фронт на востоке (десятки километров) и оборонять побережье (почти 200 км).