Протестант Нельсон не доверял католическому кардиналу. Он предложил Руффо разорвать соглашение, но кардинал отказался это сделать. Другой союзник Великобритании в Неаполе, Ахмет, который действовал от имени Турции и России, поддержал позицию Руффо. Он призвал Нельсона уважать подписанный договор, поскольку он «полезный, необходимый и честный... ввиду того, что смертоубийственная гражданская и национальная война была окончена вместе с этим договором без дальнейшего кровопролития, и он способствовал вытеснению вражеской армии из королевства». Договор формально введен в действие, и «честь общества будет ужасным образом поругана, если он будет нарушен».

Только после этого адмирал уступил и нашел другой объект внимания: граф Караччиоло, переметнувшийся к французам и после поражения республиканцев скрывавшийся от роялистского террора. Его выдали и арестовали. Нельсон приказал отдать графа под суд, составленный из неаполитанских офицеров.

Суд, состоявшийся утром 30 июня, быстро приговорил Караччиоло к смертной казни через повешение большинством голосов. Нельсон немедленно привел приговор в исполнение. Он отверг все апелляции и просьбу графа заменить повешение расстрелом. Караччиоло не имел защитника во время суда, и к нему не приходил священник для последней исповеди.

Сэр Уильям Хэмилтон написал:

«Караччиоло и двенадцать наиболее мерзких бунтовщиков должны были в этот день предстать перед лордом Нельсоном... Что за зрелище мы увидели в это утро! Караччиоло, с длинной бородой, бледный, полумертвый и никогда не поднимающий глаз, был притащен на борт судна, где он теперь находился вместе... с другими подлыми предателями... Лорд Нельсон приказал казнить его в пять часов пополудни, повесив на фок-мачте... "Минервы" [неаполитанского фрегата]».

Тело повешенного Караччиоло было выброшено в море, и это шокировало многих жителей Неаполя. Караччиоло был другом и коллегой Нельсона. Он совершенно справедливо обвинял короля Фердинанда в позорном бегстве и ограблении Неаполя, а английского адмирала — в бессмысленном сожжении недостроенных неаполитанских судов, которые можно было взять на буксир.

Нельсон защищал политических банкротов. Он открыто вмешивался в дела другого государства и вершил суд, не будучи судьей. Адмирал, не являясь политиком и не зная иностранных языков, получал сведения о ситуации в Италии большей частью со слов Хэмилтонов.

Теперь Нельсон решил покончить с последним оплотом французов в Неаполе — фортом, в котором засели республиканцы. При этом он попустительствовал разгулу террора против якобинцев, многие из которых подверглись различным видам казней. На улицах города совершались зверства — тела убитых толпой людей сжигались, и убийцы вкушали человеческую плоть. Женщин, обвиненных в симпатиях к якобинцам, подвергали жутким, отвратительным унижениям.

Король и королева жаждали реванша. Руффо и его друзья хорошо понимали, какие опасности таит в себе возвращение монаршей четы в Неаполь. Фердинанд, Мария-Каролина и Хэмилтоны считали, что якобинцы должны быть беспощадно истреблены.

25 июня королева писала Эмме Хэмилтон о том, что она даст адмиралу самые широкие полномочия в борьбе против «каналий-мятежников». Она настойчиво рекомендовала милорду Нельсону относиться к Неаполю как к взбунтовавшемуся ирландскому городу: «Не нужно заботиться о количестве (наказанных), уменьшение числа злодеев (в Неаполе) на несколько тысяч сделает Францию более слабой, а мы почувствуем себя лучше».

Республиканцев заверили в том, что им сохранят жизнь и доставят в Тулон. Защитники форта поверили обещанию, но жестоко за это поплатились. Девяносто девять человек были казнены, причем некоторые четвертованы и сожжены. Нельсон мог предотвратить трагедию, но не стал вмешиваться.

«На улицах вновь установился порядок: лаццарони [чернь] больше не жонглировали головами жертв, казненных для потехи адмирала Нельсона и леди Хэмилтон», — написал Шатобриан.

В Неаполь прибыл король Фердинанд. Однако ему было тяжело свыкнуться с мыслью, что у него есть враги в городе, и он вскоре вернулся на Сицилию, где мог и дальше тешить себя иллюзией собственной популярности.

Первая годовщина победы в Нильской баталии была отмечена со всей возможной пышностью, о чем Нельсон написал Фанни:

«Большое судно было оборудовано, как римская галера. К веслам были прикреплены лампы, в центре воздвигнута ростральная колонна с моим именем, а на корме помещены ангелы, поддерживающие картину с моим изображением. Более двух тысяч разноцветных светильников были закреплены вокруг судна, нарядный оркестр состоял из лучших музыкантов и певцов. Музыкальное произведение большей частью восхваляло меня, описывая их бедствия, но приходит Нельсон, непобедимый Нельсон, и мы снова в безопасности, мы снова счастливы».

Нельсон принял титул герцога Бронте от короля Фердинанда и получил имение на вулканических склонах горы Этна.

Ост-Индская компания подарила ему 10 000 фунтов стерлингов в знак признания его заслуг «на Ниле». Эту сумму он разделил с отцом, братьями и сестрами.

После победы при Абукире он стал проявлять высокомерие к коллегам и даже выказывать непослушание. Он трижды игнорировал прямые приказы нового главнокомандующего Средиземноморским флагом Великобритании лорда Кейта, адмирала Эльфинстоуна, направить корабли для защиты Менорки. В итоге он выслал четыре недостаточно вооруженных судна.

В письме Спенсеру, первому лорду Адмиралтейства, он саркастически намекал на неудачу лорда Кейта, который не смог помешать уходу объединенного франко-испанского флота из Гибралтарского пролива в Кадис.

В ответном письме Адмиралтейство поздравило его с успехом — спасением Неаполя, но укоряло за непослушание лорду Кейту. Нельсон реагировал в той же надменной манере:

«Хотел бы я оказаться в ситуации лорда Кейта... Я бы разбил все приказы как кусок стекла: в том случае весь французский флот мог быть уничтожен... Хотя я с сожалением говорю это, но я не верю, что какой-либо морской офицер знает дела Средиземноморья, в том числе сухопутные, лучше меня».

Это самовыдвижение имело достаточно предсказуемый успех: в отсутствие лорда Кейта, покинувшего Средиземное море, адмирал Нельсон был назначен на его место.

В то же время он был обвинен в ряде злоупотреблений. Во-первых, в том, что наживался на закупках вина и нива для своего флота. «Я отвергаю любые инсинуации против меня и моей чести, — ответил флотоводец. — Нельсон настолько выше скандальных или низких поступков, насколько небеса выше земли».

Однако критики поднимали голову. Нельсона обвинили в том, что тысячи арестованных в Неаполе повстанцев содержатся в ужасных условиях.

В сентябре адмирал направил Томаса Троубриджа в порт Чивита-Веккия, расположенный вблизи Рима, и вскоре французы, захватившие «Вечный город», капитулировали. Однажды Нельсон заявил, что способен взять Рим силами флота, и Троубридж доказал это на деле. Адмирал действовал решительно и опередил русских, совершенно не учитывая при этом интересы партнеров по коалиции.