Хотя с начала войны северяне в районе Миссисипи наступали и взяли Новый Орлеан, южане добились успехов на Атлантическом побережье. Уже в июле 1861 года южная армия, разгромив северян, едва не взяла Вашингтон. На протяжении 1862 года столица страны не раз оказывалась под угрозой южных войск под командованием генерала Ли. Они не раз переходили реку Потомак, на берегу которой стоит столица США.

Явный успех Севера обозначился лишь после радикальных социальных и политических шагов 16-го президента США А. Линкольна (1861–1865). В мае 1862 года Линкольн провел в конгрессе закон о гомстеде, по которому каждый американец или иммигрант, желавший трудиться на земле, получал практически безвозмездно участок земли в 160 акров (64 га). Этот закон способствовал укреплению популярности правительства, что было особенно важно в дни войны и вызванных ею экономических трудностей.

22 сентября 1862 года Линкольн подписал прокламацию об освобождении всех рабов с 1 января 1863 года. Эта мера не замедлила сказаться на численности американской армии и ее боевом духе. С августа 1862 года президент Линкольн разрешил неграм служить в армии. К концу войны в составе сухопутной армии северян сражалось 186 тысяч негров (из них 134 тысячи были выходцами с Юга). Около 30 тысяч негров служили на военно-морских судах Севера. Около 250 тысяч негров служили в тыловых частях. Около полумиллиона негров сбежали от своих южных хозяев во время войны, что заметно сократило рабочую силу Юга, а следовательно, ослабило его экономический потенциал. Говоря о роли негров в гражданской войне, историк Джеймс Макферсон писал: «Без их помощи Север никогда бы не выиграл войну так быстро, а может быть, и вообще не выиграл ее».

Вероятно, для такой оценки есть основания. На Севере многие белые не были готовы проливать свою кровь за отмену рабства. На первых порах армия Севера набиралась добровольно, но затем власти были вынуждены ввести рекрутский набор по жребию. Как говорилось в «Истории XIX века» «метание жребия вызвало кое-где серьезные беспорядки, а в Нью-Йорке даже настоящие мятежи». В ходе мятежа в Нью-Йорке было убито и ранено около 1000 человек. «Те, на кого пал жребий, могли откупиться уплатой 300 долларов, но в 1864 году это право было уничтожено».

Марк Твен несколько по-иному описывал, как рекруты освобождали себя от воинской повинности. В его рассказе «Любопытное происшествие» комендант военного форта, в котором зимой 1862–1863 года собирали новобранцев, говорил: «Несмотря на всю нашу предусмотрительность, половина набранных за день рекрутов смывались от нас в первую же ночь. Рекрутам платили так щедро, что у новобранца, сунувшего часовому три-четыре сотни долларов, чтобы тот дал ему удрать, все еще оставалось на руках сумма, представляющая для бедного человека целое состояние».

В литературе, прославлявшей поведение южан в годы гражданской войны (например, в романе «Унесенные ветром» Маргарет Митчелл), утверждалось, что воины Юга самоотверженно защищали родной край. Однако многие солдаты Конфедерации не отвечали таким идеализированным представлениям. Поэтому президент Конфедерации Дэвис писал в сентябре 1864 года: «Две трети наших солдат отсутствуют и большинство из них без уважительных причин». Очевидно, что «неумолимый эгоизм» и «страсть к довольству (comfort)» многих американцев, о которых писал еще A.C. Пушкин, плохо сочетались с тяготами военной службы, тем более в условиях жестокой войны.

Летом 1863 года армия южан потерпела крупное поражение в сражении под Геттисбергом (штат Пенсильвания). Выступая в ноябре 1863 года на открытии кладбища павшим в этом сражении, Линкольн произнес речь, которую автор его биографии Карл Сандберг назвал «главным достижением всей его жизни». В конце своего выступления Линкольн заявил: «Мы должны здесь твердо решить, что не напрасно эти воины отдали свою жизнь; наша нация по воле бога должна возродить свободу, и пусть вечно живет правительство народа, из народа, для народа». Последние слова Линкольна стали в дальнейшем использоваться в США как определение демократического строя. При этом предполагалось, что строй, существующий в США, идеально соответствует формуле Линкольна.

Хотя и после победы под Геттисбергом сопротивление Юга продолжалось, силы Севера росли. За время войны Север призвал в армию 2,8 миллиона человек, а Юг — лишь 1,3 миллиона. Никогда до тех пор в рядах Вооруженных сил Америки не находилось столь много людей.

Война способствовала развитию боевой техники. Впервые были применены броненосные суда. На вооружение было взято нарезное оружие. Обе армии использовали электрический телеграф и железные дороги. Рост технической оснащенности армий также способствовал успехам северян, имевших более развитую промышленность.

Несмотря на успехи северян, поддержка Линкольна и его политики не была единодушной на Севере. В «Истории XIX века» говорилось, что на Севере «существовала довольно значительная группа демократов, носивших в обществе презрительную кличку «Copperheads» (медные лбы)… Они сочувствовали южанам, желали им победы и требовали восстановления мира путем уступок мятежникам». Хотя Авраам Линкольн был избран на второй срок 2 216 067 голосами, его противник, кандидат от демократической партии Д. Макклелан, выступавший за примирение с Югом, амнистию мятежников и сохранение рабства, получил 1 808 725 голосов на выборах 1864 года.

Помимо тех, кто выступал открыто против правительства Линкольна, в тылу северян действовали тайные сторонники южан. Члены подпольной организации «Рыцари Золотого Круга» совершали ночные налеты на военные объекты северян, поджигали жилые поселки.

На Юге же действовала тайная организация северян «Герои Америки», оказывавшая помощь Северной армии. Особенно активной были выступления негров в тылу южан. В штатах Кентукки, Миссисипи негры сжигали дома своих хозяев, общественные здания, хозяйственные постройки.

В этой обстановке легко распространялась шпиономания. Герой рассказа Марка Твена «Любопытное происшествие», говоря о временах гражданской войны, вспоминал: «На Севере тогда конца не было слухам о шпионах мятежников, — говорили, что они проникают всюду, чтобы взрывать наши форты, поджигать наши гостиницы, засылать в наши города отравленную одежду и прочее в том же роде». В обстановке всеобщей подозрительности правительство северян принимало меры, шедшие вразрез с конституционными нормами страны. Хотя А. Линкольн вошел в американскую историю как символ борьбы за демократию, его правительство разрешило, чтобы лиц, «подозреваемых в нелояльности и шпионаже, арестовывать и содержать в военных тюрьмах без суда в течение неопределенного времени». Десятки тысяч людей были арестованы и заключены в тюрьмы. Аналогичные меры и по схожим причинам предприняло и правительство Конфедерации.

Для таких действий были известные основания. Бойцы невидимого фронта продолжали наносить удары своим противникам даже после окончания войны, которая завершилась падением столицы южан Ричмонда и капитуляцией генерала Ли перед генералом Грантом под Аппоматоксом 9 апреля 1865 года. Через пять дней 14 апреля президент Линкольн был убит участником тайного заговора южан актером Бутсом. Новым 17-м президентом стал масон Эндрю Джонсон (15 апреля 1865 — 4 марта 1869).