В этот период вместе с Сергеем Васильевым при покровительстве лауреата Нобелевской премии Василия Леонтьева создал международный центр социально-экономических исследований «Леонтьевский центр», в который вошли несколько научных учреждений и исследовательских коллективов Петербурга. Чубайс становится его первым президентом. При формировании «правительства реформ» в ноябре 1991 года Чубайс был назначен Председателем Государственного Комитета Российской Федерации по управлению государственным имуществом – министром России.

На этом посту руководил разработкой Государственной программы приватизации и других нормативных актов по приватизации предприятий, осуществлял подготовку и внедрение системы именных приватизационных чеков (ваучеров), курировал деятельность подчиненных ему местных комитетов по управлению имуществом, являясь одним из важнейших министров экономического блока в правительстве.

2 июня 1992 года Чубайс Указом Президента России Ельцина назначен заместителем председателя правительства России. За 1992 год ведомством Чубайса была разработана программа приватизации и осуществлена ее техническая подготовка. Население страны получило приватизационные чеки («ваучеры» – сам Чубайс последнего термина не употребляет и утверждает, что его придумали журналисты).

Увлекается водным туризмом.

Женат вторым браком (жена Мария Вишневская – экономист). Имеет сына и дочь от первого брака. Старший брат Анатолия, Игорь Чубайс, был в 1987–1990 годах одним из самых заметных московских деятелей, Игорь Чубайс всегда был радикалом (исключен из КПСС «за деятельность, направленную на раскол партии»). Он стал «отцом-основателем» Демократической платформы в КПСС, а затем – после недолгого пребывания в Республиканской партии – входил одно время в бюро Политсовета Народной партии России, которую возглавляет Тельман Гдлян (в настоящее время от активной политической деятельности отошел).

Чубайс выступал противником коллективной собственности и безвозмездной передачи трудовым коллективам контрольного пакета акций предприятий в процессе их приватизации. Основными методами приватизации госсобственности, по программе Чубайса, стали акционирование предприятий, аукционные продажи их за ваучеры и в меньшей степени за деньги при предоставлении существенных льгот работникам предприятий. Чубайса резко критиковали не только противники приватизации, но и сторонники программы обвальной безвозмездной приватизации и программы продажи предприятий крупным инвесторам. По ходу осуществления программы в нее вносились некоторые коррективы. Так, по сравнению с первоначальным планом, была увеличена доля госимущества, предназначенная к продаже за ваучеры, были расширены возможные льготы работникам предприятий.

После того, как в декабре 1992 года Гайдар вынужден был оставить пост главы правительства, Чубайс сохранил свой пост в правительстве Черномырдина. При этом Гайдар сам настаивал на том, чтобы Чубайс не подавал в отставку, мотивируя это необходимостью проведения подготовленной им приватизации.

Действовавшая программа приватизации резко критиковалась Верховным Советом (ВС) России, разрабатывавшим альтернативные варианты. ВС неоднократно пытался изменить программу Чубайса, признавал деятельность Госкомимущества неудовлетворительной. Она во многих случаях вызывала неодобрение не только оппозиции, но и некоторых министров. Периодически распространялись слухи о скорой отставке Чубайса, однако каждый раз они оказывались ложными. В большинстве конфликтов он получал поддержку президента Ельцина.

В июле 1992 года Чубайс был одним из инициаторов и участников Форума демократических сил, на котором было создано объединение сторонников реформ «Демократический Выбор».

В июне 1993 года принял участие в создании предвыборного Блока реформистских сил «Выбор России». В октябре участвовал в учредительной конференции одноименного Движения и вошел в список кандидатов в депутаты Государственной Думы от избирательного объединения «Выбор России».

В начале марта 1994 года в «Леонтьевском центре» (ЛЦ) по требованию американских «партнеров» была подготовлена справка на главу Госкомимущества Сергея Беляева. Беляев интересен американцам на предмет выяснения степени его политической близости Чубайсу и возможных скрытых компромиссов с Лужковым. В документе отмечено, что Беляев не является членом «команды» Чубайса, так как эта «команда» состоит преимущественно из бывших научных работников, ориентировавшихся на Шаталина и входивших в «Леонтьев-скую группу».

В документе делается вывод: С. Беляев – это политический карьерист, который не имеет никакой четкой позиции, но использует политическую конъюнктуру для построения чиновничьей карьеры и обогащения. Никакой преданности Чубайсу он не испытывает и, при соответствующих обстоятельствах, будет поддерживать либо Лужкова, либо кого-нибудь еще.

В декабре 1994 г. одна из сотрудниц «Леонтьевского центра» рассказала, что он возник в 1993 году на основе т. н. «Леонтьевской группы», у истоков которой стояли Шейнис. Лейтес и московский экономист профессор Белкин, лично поддерживающий контакт с Леонтьевым и способствовавший его приезду в СССР. В 1987 г. костяк группы составляли такие экономисты, как Дмитрий Васильев (позже зам. Чубайса в Госкомимуществе), Сергей Васильев, Алексей Кудрин, Анатолий Чубайс, Маневич, Нестеров. В 1990 г. к группе примкнули экономисты-женщины: Ирина Карелина и Елена Белова. В тот период фамилия Д. Васильева всплывала в разговорах с Шейнисом, который упоминал о деловых связях Д.Васильева в Швейцарии и о том, что Д. Васильев «лично курирует» Чубайса». В Настоящее время Д. Васильев является официальным главой «Леонтьев-ского центра», но в основном работает в Москве и за границей, а в Санкт-Петербурге бывает наездами. Поддерживая постоянный контакт с Чубайсом. Дм. Васильев порекомендовал ему перетащить А. Кудрина в Москву. Во исполнение этой рекомендации Кудрин месяц находился в Москве, где Чубайс подыскивал ему должность. Финансирование «Леонтьевского центра» идет из двух источников: первый – американская неправительственная организация US AID, что собеседница расшифровала как «Американский институт демократии». Второй источник финансирования – валютная субаренда помещений Центра.

Из источников, близких к правительственным кругам РФ, стало известно, что идея создания структуры по разработке и подготовке для Правительства РФ предложений по осуществлению экономических реформ принадлежит Гайдару Е.Т., когда последний был заместителем Председателя Правительства РФ. Непосредственно при его участии и заинтересованности был создан Центр экономических реформ при Правительстве РФ, сокращенно ЦЭР (распоряжение Правительства РФ № 115р от 9 декабря 1991 г.) Возглавил Центр Илларионов Андрей Николаевич (ныне директор Института экономики и анализа).

В это время первым вице-премьером становится Чубайс А.Б. Руководителем Центра назначается Павленко Сергей Юрьевич, и постановлением Правительства РФ № 1276 от 21 ноября 1994 г. создается Комиссия Правительства РФ по экономической реформе, которую возглавил Чубайс А.Б., заместителем становится Васильев С.А., он же является куратором Центра. Сразу же начинается работа по структурной реорганизации Центра и придании ему статуса Центра при Правительстве РФ, что усилиями Чубайса А.Б., Павленко С.Ю. и Васильева С.А. удается осуществить с выходом постановления Правительства РФ № 593 от 26 июня 1995 г. В настоящее время Центр базируется в 10-м подъезде на Старой площади, а также имеет кабинет № 2-18 в Доме правительства РФ. После выхода постановления № 593 с помощью своего отдела кадров Центр стал активно комплектоваться. На работу оформляются бывшие сотрудники МВД и ГРУ. Центр является полностью самостоятельной структурой, имеет самостоятельный баланс, текущие счета, печать. Источники отмечали, что уже сейчас сотрудники Центра активно занимаются коммерческой деятельностью, а также работают на депутатский корпус, оказывая помощь в подготовке к избирательной кампании. Права Центра достаточно широки. Согласно положению, он может запрашивать и получать информацию от федеральных органов исполнительной власти, предприятий, организаций и учреждений, участвовать в работе федеральных органов исполнительной власти, – выполнять информационно-аналитические работы. Естественно, что в информационный массив Центра попадали и будут попадать материалы секретного характера. Работа же по системе получения, учета, хранения и реализации секретных сведений не налажена. Большинство сотрудников не имеют допуска, позволяющего работать с секретными документами.