Военно-морская база с самого начала налетов стала излюбленной целью для вражеских бомбардировщиков. Хотя в феврале разрушения стали уже очень серьезными, лишь немногие корабли получили прямые попадания в первые недели налетов II авиакорпуса. Лишь эсминец «Маори» был 11 февраля потоплен на стоянке у буя. Крейсер «Клеопатра», зашедший на Мальту по пути в Александрию, получил попадание 500-кг бомбой, которая, к счастью, не взорвалась. В марте была потоплена подводная лодка Р-39, и еще 2 лодки были повреждены. С этого времени лодки отлеживались на дне гавани с запасными экипажами.

В конце марта на базу обрушилась вся мощь воздушных атак противника. Все корабли, сохранившие способность передвигаться самостоятельно, были эвакуированы сразу после прибытия мартовского конвоя. На Мальте остались легкий крейсер «Пенелопа» и эсминцы «Кингстон» и «Галлант», имевшие различные повреждения. История ремонта «Пенелопы» выглядит фантастическим рассказом. Экипаж проявил исключительную отвагу и выносливость, отражая постоянные воздушные атаки, в ходе которых корабль получал все новые повреждения, по мере того, как ремонтировались старые раны. За это время его орудия выпустили 6500 снарядов калибра 102 мм. Только что установленные новые стволы пришли в полную негодность. Все это закончилось ночью 8 апреля, когда крейсер выскользнул из гавани и направился в Гибралтар. Его борта щетинились сотнями деревянных пробок, которые были забиты в мелкие пробоины. Крейсер сумел обмануть вражеские торпедоносцы и бомбардировщики и благополучно проскочил вдоль берега Туниса. Он прибыл в Гибралтар 10 апреля.

Для базы подводных лодок 1 апреля начались тяжелые деньки. В этот день подводная лодка «Пандора», успевшая выгрузить доставленные припасы, была потоплена 2 прямыми попаданиями бомб. Р-36 получила такие тяжелые повреждения, что ее решили не ремонтировать. Хотя лодка «Анбитен» отлеживалась на дне, она получила такие повреждения, что ее пришлось отослать в Гибралтар для ремонта. Было предложены вывести флотилию подводных лодок с Мальты, но ее командир капитан 1 ранга Симпсон заявил, что «это означает полное прекращение наступательных действий на коммуникациях Роммеля. Кроме того, 10-я флотилия подводных лодок остается единственным средством помешать крупным кораблям противника обстреливать Мальту. Так как это отступление подорвет дух гарнизона, следует приложить новые усилия».

4 апреля была потоплена греческая лодка «Глафкос», а польская «Сокол» была тяжело повреждена. После спешного ремонта на верфи под камуфляжными сетями, 13 апреля она была отправлена в Гибралтар для капитального ремонта. В ее легком корпусе насчитывалось более 200 пробоин! Лагерь отдыха подводников подвергался ежедневным бомбардировкам и обстрелам с воздуха. Обслуживать лодки в перерывах между походами стало почти невозможно. А 14 апреля пришла печальная новость — подводная лодка «Апхолдер» Ванклина была потоплена в 25-м боевом походе.

К 25 апреля суперинтендант мальтийских доков сообщил, что «не действует практически ни одна мастерская, кроме расположенных под землей. Все доки повреждены. Линии электропередачи и телефонная сеть почти полностью уничтожены». С 15 по 30 апреля противник провел не менее 115 налетов. Каждый день в среднем Мальту бомбили 170 бомбардировщиков. Англичане возлагали большие надежды на 46 «Спитфайров», которые должны были перелететь на Мальту 20 апреля с американского авианосца «Уосп». Но II авиакорпус засек их прилет с помощью радара и немедленно атаковал аэродромы. В течение 3 дней почти все «Спитфайры» были либо уничтожены, либо повреждены на земле, и количество исправных истребителей сократилось до 6.

В таких условиях деятельность подводных лодок почти прекратилась. Однако решающим фактором в прекращении базирования подводных лодок на Мальте стало иное. Остров просто не мог обеспечить им истребительное прикрытие во время выхода в море. Тральщики не справлялись с минными постановками противника. Плотность минных полей на выходе из Гранд Харбора ежедневно увеличивалась. Только с 23 по 27 апреля германская 3-я флотилия торпедных катеров поставила не меньше 123 мин и минных защитников. Чтобы не оказаться запертым в порту, 26 апреля Симпсон был вынужден согласиться с предложением адмирала Каннингхэма. К 10 мая остром покинула последняя подводная лодка. Они вернулись на Мальту только через 3 месяца. Правильность этого решения подтвердила гибель 27 апреля на только что поставленном заграждении подводной лодки «Эрдж». Эта лодка под командованием лейтенанта Э.П. Томпкинсона завоевала славу, уступающую только лаврам «Апхолдера».

Поэтому можно понять, почему фельдмаршал Кессельринг пришел к ошибочному заключению, что к этому времени Мальта была полностью нейтрализована, и ливийские маршруты стали совершенно безопасными. На его мнение, несомненно, повлияло готовящееся Роммелем наступление с целью захвата Тобрука и требование поддержать это наступление с воздуха. Кроме того, от Кессельринга требовали отправить некоторые части 2-го воздушного флота на Восточный фронт в Россию. Он уже объявил, что готовится перебросить туда 2 группы бомбардировщиков Ju-88 и 2 группы истребителей Me-109. Кессельринг полагал, что сумеет заменить их итальянскими бомбардировщиками и истребителями и поддержан, такую интенсивность налетов на Мальту, которая не позволит острову оправиться.

Его итальянские соратники такой уверенности не испытывали. Хотя результаты крупного воздушного наступления были хорошими, они заявили, что эти результаты не оправдывают ожиданий Кессельринга. Если судить по сообщениям 2-го воздушного флота о силе зенитного огня и количестве действующих прожекторов, ПВО Мальты не была нейтрализована. Более того, хотя блокада острова была довольно эффективной, она так и не стала абсолютной. Вдобавок выяснилось, что невозможно помешать переброске на остров новых самолетов. В заключении итальянцы высказали мнение, что нейтрализация Мальты была только частичной и временной, поэтому необходимо продолжать и усиливать блокаду, чтобы не дать острову оправиться и возобновить активные операции.

Оказалось, что итальянцы видят ситуацию гораздо более верно, чем Кессельринг. 9 мая на остров прибыла большая группа истребителей — 60 «Спитфайров», которые взлетели с авианосцев «Уосп» и «Игл». На этот раз наземный персонал хорошо подготовился к прибытию самолетов. Хотя они прилетели в разгар воздушного налета, «Спитфайры» были заправлены так быстро, что через 35 минут они уже вступили и бой. На следующий день, когда Кессельринг сообщил в Берлин, что «нейтрализации Мальты завершена», впервые за много месяцев противника встретили превосходящие силы британских истребителей. Провалились все попытки германских летчиков потопить быстроходный минный заградитель «Уэлшмен», который прибыл с зенитками «Бофорс», запасными частями для самолетов и боеприпасами. В ходе боя немцы потеряли 12 самолетов, англичане — 3 «Спитфайра».

Трансформация положения была внезапной и драматической. Военный дневник Мальты отмечает, что «противник понес такие потери, что дневные налеты резко прекратились». Это было некоторым преувеличением, так как касалось только налетов на верфь. Дневные налеты на другие районы острова пока еще продолжались. Тем не менее, эта запись отражает явное облегчение и крепнущую надежду. В мае немцы и итальянцы потеряли в боях над островом 40 самолетов, тогда как англичане — лишь 25. Более важным было то, что англичане потеряли на земле всего 6 самолетов — по сравнению с 30 самолетами в апреле.