Разграбление Куско было неизбежным, так как захват города стал кульминацией агрессии, инспирированной жадностью. Но утрата художественных ценностей была трагедией. Впечатлительный молодой священник Кристобаль де Молина осуждал своих соотечественников. «Их единственной заботой было собрать золото и серебро, чтобы разбогатеть… Они не думали о том, что причиняют зло, ломая и разрушая. Ведь то, что уничтожалось, было совершеннее всего того, чем они обладали и чему радовались».

В городе Куско также находились огромные склады империи инков. Люди Писарро часто видели провинциальные склады во время передвижения по королевской дороге. Инки понимали важность продовольственного снабжения для своих армий-завоевательниц и содержали хранилища необходимых припасов вдоль своих дорог. Припасы складывались рядами и хранились в одинаковых прямоугольных сараях, часть которых можно увидеть и сейчас. Отличным примером может послужить глухая деревушка Тантамайо на правом берегу в верхнем течении реки Мараньон. Аккуратный ряд сараев, сделанных из плитняка, издалека выглядит как обоз, двигающийся по склону горы. Но большая часть содержимого провинциальных складов была израсходована армиями во время гражданской войны или использована Кискисом.

Испанцы никак не могли быть готовыми к тому, что гигантские склады в самом Куско окажутся доверху заполненными. Педро Санчо описал «склады, в которых были плащи, шерсть, оружие, металлы, ткани и другие товары, выращенные или произведенные в этой стране. В них есть большие щиты, небольшие круглые щиты, обтянутые кожей, кровельные балки, ножи и другие инструменты, сандалии и нагрудники для экипировки воинов. Все это имелось в таких непомерных количествах, что трудно себе представить, как индейцы вообще смогли собрать так много изделий, чтобы заплатить такую огромную дань». Молодого Педро Писарро особенно поразили крошечные перья, из которых инки делали одеяния, и по сей день украшающие многие музейные коллекции. «Когда мы вошли в Куско, в городе находилось большое число складов, заполненных очень тонкими тканями и другими, более грубыми тканями; и склады, в которых хранились скамейки и разные стулья, продукты питания или кока. В них хранились переливающиеся перья, одни из которых были похожи на чистое золото, а другие переливались золотым и зеленым цветом. Это были перья очень маленьких птичек, едва больше цикады, которых называли „пахарос коминес“ [колибри] из-за их крошечных размеров. Переливающиеся перья растут у этих птичек только на груди, и каждое перышко размером чуть больше ногтя. Огромное количество таких перышек были нанизаны на тонкую нить и искусно прикреплены к волокнам агавы так, что полученные образцы имели в длину более пяди. И все они хранились в кожаных сундуках. Из них делали одежду, которая состояла из ошеломляющего количества маленьких переливающихся перышек. Там было много других перьев самых разнообразных цветов, предназначенных для изготовления праздничной одежды для знатных инков и их женщин… А также там было много плащей, полностью покрытых золотыми и серебряными зернами бисера, и не было видно ни одной нитки, как будто бы это была очень густая кольчуга; и были склады обуви, подошвы которой были сделаны из сизаля, а верхняя часть — из качественной шерсти разных цветов».

Испанские завоеватели, ослепленные золотом Куско, не обратили никакого внимания на эти удивительные склады. Они позволили опустошить их «янаконам», союзникам из числа индейцев, которые присоединились к удачливым оккупантам.

Наступил 1534 год. Силы двух противоборствующих сторон — испанцев и китонских инков — растянулись вдоль линии Анд от Куско до Кито. Основная масса населения Перу не вставала ни на чью сторону, но кусковская ветвь королевской фамилии Инков стала непоколебимым союзником европейцев. В Перу испанцы оккупировали три города: Писарро удерживал Куско вместе со 150 лучшими бойцами; королевский казначей Алонсо Рикельме находился в Хаухе с 80 испанцами; а Себастьян де Беналькасар, который сопровождал золото из Кахамарки к побережью, был в Сан-Мигеле-де-Пьюра с небольшим отрядом.

Китонские войска были разделены на две армии. Под контролем полководца Руминьяви находился сам город Кито и территория, занимаемая современным Эквадором. Полководец Кискис был в 1300 милях южнее Куско, в горах «кунти-суйю» (то есть в южной части империи), вместе с армией, выигравшей войну против Уаскара. Его люди потерпели поражение от испанцев у Вилькасуамана, на Вилькаконге, на подступах к Куско и у Капи, но ни одно из сражений не было решающим. Вероятно, численность армии Кискиса составляла около 20 тысяч человек: на смену погибшим и дезертировавшим из его войска пришли подразделения, бывшие под началом Чалкучимы. Но Кискис потерял инициативу. Теперь именно он, а не Писарро, был отрезан от своего опорного пункта. Его воины требовали возвращения на родину, в Кито. Они вынудили сопротивляющегося полководца прекратить свой завоевательный поход и предпринять долгий переход через Анды на родину. Огромная, неповоротливая армия Кискиса продвигалась в сопровождении стад лам, толпы носильщиков и женщин — тех самых обслуживающих армию людей, которые побывали в плену у сбитых с толку испанцев, — и она должна была пересечь в сезон дождей гористую страну с враждебно настроенным населением, в которой были разрушены мосты, а склады — пусты.

Разведчики Манко вскоре донесли, что китонцы отправились на север вниз по левому берегу реки Апуримак, чтобы выйти на королевскую дорогу. Такой маневр представлял явную угрозу людям Рикельме в Хаухе. Это был самый слабый и самый уязвимый отряд испанцев. Победа над этими испанцами могла иметь далеко идущие последствия. Она означала бы уничтожение четвертой части чужеземцев, находившихся в то время в Перу, и оставила бы Писарро в Куско в полной изоляции от своих соотечественников в Сан-Мигеле. Это дало бы возможность Кискису получить назад часть выкупа Атауальпы, который еще не был отправлен в Испанию. Но прежде всего, это продемонстрировало бы, что испанцы не такие уж и непобедимые, и возродило бы боевой дух в армии инков.

Писарро правильно оценил опасность. «Он сильно терзался оттого, что оставил огромное богатство в Хаухе под охраной крошечного гарнизона». Он решил послать Диего де Альмагро и Эрнандо де Сото с отрядом из 50 испанцев на север. Их должно было сопровождать индейское войско численностью около 20 тысяч воинов под командованием Манко и одного из его братьев. Но это смешанное войско, которое должно было выступить из Куско в последний день 1533 года, на самом деле покинуло город только в конце января. Испанцы с неохотой прекращали свое мародерство в городе, а Манко наслаждался празднествами по поводу своей коронации. Также представлялось разумным шагом подождать, пока не кончится пик сезона дождей, так как «каждый день шел сильный дождь». Когда наконец войско выступило в поход, оно продвигалось очень медленно. От дождей вышли из берегов реки, а Кискис обрубил немногие остававшиеся мосты. Река Пампас, протекавшая под Вилькасуаманом, представляла собой непреодолимое препятствие. В течение двадцати дней люди Манко работали как муравьи, чтобы восстановить подвесной мост. Знатоки своего дела, строители мостов испытывали огромные трудности из-за течения, которое все время сносило их канаты, но на испанских наблюдателей их мастерство произвело большое впечатление. Сам Манко вернулся в Куско с посланием, которое было получено от Рикельме в Хаухе. Возможно, Писарро пригласил Инку вернуться, чувствуя, что было бы неразумно рисковать его лояльностью в предстоящем бою с его братьями из Кито. Таким образом, спасательный отряд проследовал дальше без Манко, не сумев переправиться через Пампас и достичь Вилькасуамана раньше марта, но к этому времени сражение за Хауху решило все.