23 мая 1534 года в Хауху приехал бывший секретарь Писарро Родриго де Масуэлас. Он приехал прямо из Испании и привез с собой подписанные дарственные документы и королевские указы, которые были изданы год назад, когда король не имел представления ни о размерах Перу, ни об успехе завоевательного похода. Эти указы обязывали Писарро обращаться с индейцами как со свободными людьми, имеющими перед королем Испании такие же даннические обязательства, как и его испанские подданные. Дань, которую они были обязаны платить королю, должна была поступать к энкомендеро только по районам, а не прямо королю. Более того, энкомендеро не могли определять размер податей, которые индейцы должны были платить лично ему. Прежде чем давать в награду земельные владения, Писарро должен был лично посетить те районы, о которых шла речь, изучить состав населения и все условия, а затем определить размер налога, который должен был быть умеренным и состоять только из местной продукции. Но на самом деле Писарро даже не предпринимал попыток таких инспекций. Он раздавал огромные земельные владения, основываясь на слухах и говоря себе, что отдает их «на хранение» вплоть до окончательного распределения, и обязывал тех, кто их получает, выполнять королевские предписания, касающиеся защиты индейцев.

27 июня конкистадоры, входящие в новый городской совет Хаухи, обратились к Писарро от имени своих сограждан с просьбой выделить еще земельные владения. Они доказывали, что это необходимо, чтобы обеспечить индейцам «защиту» от жестокого обращения со стороны других испанцев. Писарро чувствовал себя достаточно уверенно, чтобы пойти навстречу этой просьбе. Многие тысячи перуанских индейцев были отданы под покровительство членов победоносной испанской экспедиции. Хотя местные жители этого еще не знали, но они поменяли хозяев. С этого времени продукцию, которую они раньше доставляли в гражданские и храмовые склады инков, нужно было везти в дом испанского конкистадора, и большую часть года местным жителям придется заниматься работой на своего энкомендеро. Индейцев из городов Бомбон и Тарма Писарро подарил королевскому казначею Алонсо Рикельме, человеку, который защитил Хауху от армии Кискиса. В дарственной он написал: «Я вручаю этих индейцев вам, „…“ чтобы вы использовали их в своих усадьбах и на полях, в рудниках и на фермах. Для этого я облекаю вас свободой действий, правами и властью… При этом подразумевается, что вы обязаны обращать их в нашу святую католическую веру и воспитывать их в ней, и обращаться с ними всеми хорошо, как это предписывают указы, изданные для их же пользы».

К концу августа Писарро уехал из Хаухи на побережье. Он хотел увидеть храм Пачакамака и сделать еще одну попытку обнаружить сокровища, которые ускользнули от его брата Эрнандо восемнадцатью месяцами раньше. Слух о том, что индейцы подняли восстание, заставил его поспешить назад в горы, но тревога оказалась ложной. По пути назад в Хауху Писарро наблюдал за вереницами индейцев-носильщиков, с трудом поднимающихся вверх по долине Лунауана с грузами продуктов питания, выращенных на побережье, и изделиями, привезенными из Европы, для живущих в горах испанцев. Казалось нелогичным, что своей столицей испанцы сделали город, расположенный так далеко от моря. Писарро решил перенести свою столицу на побережье, где высота над уровнем моря и климат были более благоприятны для испанцев, на такое место, где он будет близок к морским путям сообщения. Губернатор обсудил этот вопрос на заседании 29 ноября. Испанцы, проживавшие в Хаухе, выбрали троих человек, чтобы они исследовали места возможного размещения столицы на побережье. Сам Писарро выехал в конце декабря и выбрал место в устье реки Римак. Новый город был основан 5 января 1535 года и получил название Сьюдад-де-лос-Рейес (Город королей). Улицы и площади в нем были размечены по плану, как это принято в Испании, и вскоре вырос испанский город. Только испанское название его не сохранилось. В конце XVI века город получил название на местном языке, которое в искаженном виде звучало как Лима.

Некоторые испанцы не откликнулись на призыв Писарро остаться на жительство в Перу. Они предпочли уехать домой, в Испанию, вместе со своей долей сокровищ из Кахамарки, Куско и Хаухи. Писарро чувствовал себя достаточно уверенно, чтобы позволить им уехать. Группа испанцев, в которую входил хронист Хуан Руис де Арсе, покинула Хауху в середине июля. Во главе отряда был королевский казначей Антонио Наварро, который захватил с собой блестяще написанное подробное повествование Педро Санчо и отчет городского совета Хаухи. К этому моменту Мигель де Эстете и Диего де Трухильо уже закончили вести свои записки. Из всех очевидцев, которые оставили такие прекрасные письменные свидетельства о первых годах конкисты, один Педро Санчо продолжил свое повествование после этого времени, но он написал его почти сорок лет спустя. В результате этого в истории конкисты есть существенный пробел. Первые сенсационные рассказы о завоевательном походе немедленно стали бестселлерами по всей Европе. Письмо Гаспара де Эспинозы из Панамы, написанное 15 июля 1533 года, было быстро опубликовано в Нюрнберге и Венеции. Прозорливый печатник из Севильи Бартоломе Перес опубликовал записки Кристобаля де Мены в апреле 1534 года, а записки Сереса — в июле. Венецианские картографы немедленно воспроизвели карты Перу, и к октябрю записки де Мены уже имели хождение на итальянском языке.

Возвращавшихся завоевателей встречали как героев, как и подобало встречать богатых молодых людей, которые только что завоевали неизведанный мир. Император Карл V собирался воевать с маврами в Тунисе и занял не менее чем 80 тысяч дукатов у этих конкистадоров. Некоторые из них направились в Мадрид, чтобы поцеловать руку императрице. Хуан Руис де Арсе на всю жизнь запомнил прием, который им оказали придворные дамы. «В Мадриде нас было 12 конкистадоров, и мы потратили огромное количество денег, так как король отсутствовал и при дворе не было рыцарей. Каждый день у нас было столько вечеринок, что некоторые остались без денег. Проводились и рыцарские турниры, и шумные сборища, и игры; и все были расточительны, что было и неудивительно». Руис де Арсе был одним из благоразумных конкистадоров, который из своей доли сокровищ инков оставил себе достаточно средств, чтобы вести жизнь, полную роскоши, в окружении лошадей и слуг.

Франсиско Писарро и его союзник Инка Манко контролировали центральную часть империи инков, район, приблизительно соответствующий территории современного Перу. Южная часть империи, современные Чили и Боливия, еще не была оккупирована испанцами. Но ее население лояльно относилось к Манко, а особенно к его брату Паулью, чье влияние было очень велико в этой части империи, носящей название «кольясуйю», или «кольяо». Единственным регионом, который все еще находился в состоянии боевой готовности, была провинция Кито, где сейчас располагается современный Эквадор и Южная Колумбия. Кискис вел своих людей сюда, а около 5 тысяч воинов, бывших в подчинении Атауальпы в Кахамарке, уже вернулись в Кито, после того как Писарро отправил их всех по домам на следующее утро после пленения Великого Инки. Эта армия вернулась к полководцу Руминьяви, который утвердился в качестве военного правителя этой провинции.

Незадолго до своей смерти Атауальпа послал в Кито своего брата Киллискачу, чтобы он привез его малолетних сыновей, но Руминьяви отказался отпустить мальчиков. После того как Атауальпа был казнен и похоронен по христианскому обычаю, армия индейцев спустилась с гор в Кахамарку, чтобы уничтожить город. Это было душераздирающее проявление бесполезной мести. Индейцы извлекли тело похороненного Инки и перевезли его в Кито для перезахоронения. Возможно, это была армия Руминьяви, пытавшаяся прийти на помощь Атауальпе, или это мог быть местный отряд под командованием Сопе-Сопауа, еще одного военачальника северной армии. Когда похоронный кортеж достиг места назначения, Руминьяви устроил грандиозную церемонию, сопровождавшуюся попойкой — до сих пор в Андах это является неотъемлемой чертой любых поминок, — на которой он до бесчувствия напоил Киллискачу и сопровождавших его инков и убил их. Вероятно, Киллискачу прочили на пост Великого Инки или регента при сыновьях Атауальпы. Повластвовав в течение девяти месяцев, Руминьяви отказался подчиниться более высокой власти. Или, возможно, он убил Киллискачу с досады на то, что они Атауальпа потерпели поражение, и за их сотрудничество с испанскими захватчиками. Такой человек не годился для того, чтобы возглавить сопротивление. Чтобы выставить напоказ свое пренебрежение к посланникам Атауальпы, Руминьяви осквернил тело Киллискачи. «Он вынул из тела все кости, оставив кожу нетронутой, и сделал из нее барабан. Плечи образовали одну поверхность барабана, а живот — другую; его голова, ступни и кисти рук были забальзамированы, и он весь был сохранен в целости, как казненный преступник, которому придали форму литавры». Таким образом, Руминьяви остался независимым военным правителем в северной части империи инков.