Если прибавить к этому списку приорства (например, в Хевроне) и мелкие монастыри, о которых не сохранилось воспоминаний, а также женские обители (Св. Анны, Ла Латин и монастырь в Вифании, основанный королевой Мелизиндой для ее сестры Иветты), то мы легко сможем понять восторг, аббата Эккехарда при виде того, как быстро после окончания крестового похода (1110–1115 гг.) в этой земле чудесным образом выросли «церковные строения, епископства, монастыри, городские стены и замки, в портах, рынках и сельской местности забурлила жизнь». Особым могуществом в Иерусалимском королевстве пользовалось духовенство. Имущество церкви было велико, ибо в дар от короля и франкских сеньоров ей достались владения, ранее принадлежавшие греческому клиру. Однако королевская власть все же установила ограничения для этих дарений. В «Книге короля» запрещалось дарить церкви замок и, если продавался фьеф, то ни церковь, ни религиозный орден не могли их купить. В том же случае, когда «благородная дама» уходила в монастырь и уже после этого получала фьеф по наследству, ей разрешали покинуть обитель на время, чтобы принять фьеф и вверить его «самому близкому родственнику, какого она имела в миру». Распоряжаться ей позволяли только тем имуществом, что не относилось к феодальной иерархии, которое она могла продать короне, чтобы выручка от продажи досталась монастырю; не допускали также, чтобы держания горожан были отданы церкви.

Но от Филиппа Новарского мы знаем, что на деле все обстояло гораздо менее строго, чем на словах. Тем не менее королевская власть следила, чтобы из-за дарений по благочестивым мотивам — или из-за более или менее замаскированных продаж (ведь иногда требовалось много денег, чтобы заплатить выкуп) — не слишком пострадала военная повинность короне; во Франции мы видим, как короли также боролись против умножения «имущества мертвой руки», в результате чего владелец не менялся, но при переходе имущества по наследству оно не облагалось налогом в пользу короны.

У духовенства был свой собственный суд, «курия церкви», где рассматривали преступления, совершенные клириками, дела о ереси и колдовстве (по ассизе Амори — I или II? — ересь каралась конфискацией имущества), процессы, связанные с завещаниями и браками, прелюбодеяния или содомия. Однако церковная курия стояла в стороне от «кровавой расправы»: священника, обреченного на смерть на костре за прелюбодеяние или содомию, после вынесения приговора передавали королевской курии — «светской длани», которой принадлежало право судить клирика, повинного в убийстве или измене, а также в клятвопреступлении (что во Франции было привилегией церковных трибуналов). Юрисдикции епископа подлежали и врачи: «ни один иноземный врач, прибыл ли он из-за моря или от язычников, не должен врачевать прежде, чем будет испытан другими врачами, лучшими в этой земле, и в присутствии местного епископа». После этого экзамена епископ лично вручал новому медику патент, позволявший ему работать по профессии.

На начальном этапе колонизации церкви с трудом удавалось заставлять баронов выплачивать десятину, то ли потому, что не в обычае было взимать этот побор на Востоке, то ли потому, что на Западе сеньоры уже привыкли присваивать себе десятинные сборы. В 1101 г. Танкред обещал монахам Мон-Фавора вернуть им несколько десятин — право, которое до этого момента временно сохранялось за рыцарями. Эти десятины взимались с земельных хозяйств, пастбищ, а также и с добычи (так называемая десятина «рыцарства», которую клирикам было сложней всего собирать). Король же отказался от узурпации десятин только на Наблусском соборе в 1120 г..

По отношению к королевской власти церковь пользовалась силой, которую не стоит недооценивать: король обладал всей полнотой власти только тогда, когда принимал помазание, как это продемонстрировало поведение каноников Гроба Господня перед лицом Генриха Шампанского. Патриарх являлся «духовным сеньором королевства» и претендовал на сюзеренитет над ним. Однако прерогативы клира вовсе не стесняли Иерусалимских королей, которые, как кажется, находились в великолепных отношениях со своим духовенством, за исключением непродолжительных конфликтов с Даимбертом Пизанским и Этьеном Шартрским. Мы не считаем, подобно Додю (для него главными виновниками гибели латинского королевства были клирики), что «церковь злоупотребила привилегированным положением, каковое сумела занять в Иерусалимском королевстве…» — но ведь именно им это королевство было обязано своим возникновением.

Прежде всего, государь имел право контроля за выборами епископа, начиная с самого патриарха: фактически он лично назначал его из представленных ему канониками Гроба Господня кандидатов. В 1194 г. во время избрания патриарха каноники утвердили в этом сане Эймара Монаха, не узнав мнение Генриха Шампанского, под предлогом, что он не является всего лишь «сеньором королевства» и не прошел коронацию. Придя в ярость, Генрих приказал схватить каноников и пригрозил утопить их за то, что «они намеревались ущемить власть, каковую Иерусалимские короли имели в избрании патриарха». Гильом Тирский в рассказе о своем избрании на кафедру Тира, вакантную уже на протяжении семи месяцев (8 июня 1175 г.) отметил, «что в конце концов все клирики и сам король пришли к согласию, что есть в обычае церкви, и архиепископом сделали архидьякона Гильома». Выборы его предшественника Петра Барселонского (1148–1174 г.) стали предметом конфликта между королем и канониками: архиепископ Фульхерий был возведен в патриаршье достоинство, и король с королевой-матерью Мелизиндой посетил Тир с новым патриархом и суффрагантами Тира (1146 г.). Король поддерживал кандидатуру своего канцлера Рауля, «клирика Господня, прекрасно образованного, но нрава уж слишком мирского (secular)». Фульхерий предпочел архидьякона Тира Иоанна Пизанского и, опасаясь, как бы «король не применил силу», воззвал к Риму. Все же король передал Раулю права регалии в Тире, которыми тот и владел около двух лет. Римская курия сместила Рауля, который все же был прощен своим соотечественником, папой Адрианом IV, англичанином по национальности, и получил епископство Вифлеемское, но чтобы не вступать в конфликт с королем, назначила архиепископом Петра Барселонского, а не Иоанна Пизанского, ставшего кардиналом.

Иерусалимский король, за то время, как кафедра епископа пустовала, являлся хозяином регалии епископства, то есть распоряжался по своему усмотрению его имуществом и доходами, и вел себя так же, как и короли Франции. Он требовал от прелатов и аббатств поставлять в его войска отряды из сержантов: патриарх был обязан присылать 500 бойцов, столько же церковь Гроба Господня, архиепископы Тира, Назарета и Цезареи по 150 каждый, епископы Тивериады и Севастии — 100, епископы Вифлеема и Лидды 200, епископы Сент-Авраама и Сидона — 50, Иосафатское и Сионское аббатства — 150, Мон-Фавор — 100, Оливьер, Тампль и Латин — 50. Таким образом, духовенство занимало свою нишу в феодальной системе, однако положение некоторых епископов в ней было особым: как и во Франции, церковные земли зависели напрямую от короля и в какой-то степени составляли продолжение королевского домена даже внутри бароний. Некоторые из этих земель были настоящими сеньориями, например Назарет (этим городом, как и в случае с Вифлеемом, владел местный прелат), который был обязан поставлять на королевскую службу шесть рыцарей, находился под управлением архиепископского маршала — позднее бальи — и включал в себя, в XIII в., 19 поместий.