Хоть ордена и возникли в среде духовенства, отношения между ними не замедлили испортиться: тамплиеры и госпитальеры поспешили как можно скорее выйти из-под юрисдикции патриарха Иерусалимского и добиться подчинения исключительно папе, основывая свои претензии на том, что они являлись интернациональными организациями. Как представители двух сословий — рыцарей и клириков — и тот и другой орден злоупотреблял своим двойственным положением: в качестве сеньоров они владели землями, но как монахи претендовали на то, чтобы не отдавать десятину, предназначенную епископам. В свое время церковь первой начала даровать орденам имущество: вполне понятно раздражение духовенства, столкнувшегося с неблагодарностью рыцарей-монахов. Ведь под предлогом своей независимости от местного духовенства тамплиеры и госпитальеры принялись строить церкви, невзирая на деление по приходам, не спрашивая позволения у епископата, и проводить богослужение в отлученных от церкви городах, где находились их резиденции, причем не частным порядком и не без колокольного звона, что было им разрешено, а с 'помпой, принимая в орденских капеллах отлученных. В Иерусалиме исконная резиденция госпитальеров располагалась напротив церкви Ла Латин, неподалеку от Гроба Господня, но рыцари-монахи постепенно приобрели все дома, которые отделяли их от этого храма. Пренебрегая святостью места, они сдавили «почитаемую» церковь своими постройками и зданиями, возвышавшимися над ней. Патриарх Фульхерий, выведенный из терпения дурными поступками госпитальеров (звон колоколов во время проповедей, и даже, в 1155 г., вооруженное нападение на капитул Гроба Господня), в конце концов подал в Рим жалобу от лица прелатов Сирии. Святой престол вынес порицание бесчинствам двух орденов, но отказался подчинить их патриарху. Это неполное удовлетворение — конфликт вновь разгорелся в 1168 г. из-за Яффы, где госпитальеры пренебрегли наложенным на этот город интердиктом, построили церковь и возжелали присвоить десятину — пришлось не по вкусу прелатам и стало основным мотивом того, что они встали на сторону кардинала Октавиана (антипапы Виктора IV), обещавшего им поддержку, и до 1161 г. не признавали законным папой его противника Роланда Бандинелли (Александра III).

В отношении королевской власти ордена оставались послушными гораздо дольше. Правда, кажется, что тамплиеры неоднократно проявляли непокорство — ведь ряды ордена пополнялись за счет рыцарей Запада, что делало их выразителями «крестоносного духа», по выражению Р. Груссе, и противниками «разума пуленов», которым, как более привыкшим к местной обстановке, была свойственна осторожность; тамплиеры не соблюдали строгие каноны рассудительной тактики иерусалимлян, потому история их ордена часто представляет собой серию поражений, произошедших по вине самоуверенности и безумной отваги рыцарей, только что высадившихся в Сирии. Тамплиеры были также скупы, и их обвиняли в том, что они пытались помешать прочим франкам проникнуть в осажденный Аскалон через брешь, выставив в ней охрану, тогда как сорок орденских рыцарей вошли в город, чтобы захватить всю добычу (1153 г.). Будучи более уравновешенными, госпитальеры поддержали египетскую политику Амори I, но оказали на короля давление, вынудив его начать кампанию 1168 г., не дожидаясь подхода византийцев. Великий Магистр ордена Жильбер д'Ассальи (1163–1170 гг.), исторг у короля обещание уступить госпитальерам Бильбейс и всю соседнюю провинцию с годовым доходом свыше 100 000 безантов и 50 000 безантов ренты с десяти других городов, взамен участия 50 рыцарей и по меньшей мере 50 туркополов в походе. Стремясь овладеть этими благами, Жильбер набрал отовсюду наемников, растратил всю казну ордена и задолжал более 100 000 безантов. Провал завоевания Египта обернулся катастрофой для госпитальеров: Жильбер, пав духом, удалился жить в пещеру и назначение преемника на его место прошло с большими осложнениями; казна ордена была обременена долгами, и разоренные госпитальеры даже не смогли занять замки Аркас и Гибелакар (возле Триполи), которые Амори уступил им в 1169.

Что касается тамплиеров, то Амори I не смог стерпеть их неповиновения: в 1166 г. двенадцать тамплиеров, сдавших крепость в Трансиордании мусульманам, были по его приказу найдены и незамедлительно повешены. Гораздо сложным оказалось дело 1173 г.: ассасины (исмаилиты) из Джебель Нозайри, за владениями которых наблюдали тамплиеры из Шастель Бланк и с которых взимали ежегодную дань, предложили королю заключить союз с франками против мусульман (поговаривали даже, что они собирались принять крещение) и попросили у Амори избавить их от выплаты 2000 безанов, которые были на них наложены орденом. Король заключил с ассасинами договор и предоставил их посольству пропуск на обратный путь; но, когда послы пересекали территорию тамплиеров, на них напал отряд под командованием тамплиера Готье дю Мениля и всех перебил. В ярости Амори и его бароны решили наказать повинного в оскорблении королевского величества. Но великий магистр Эд де Сент-Аман имел наглость воспротивиться их приказу; он сам наложил покаяние на Готье, которое счел достаточным до тех пор, пока папа римский, на суд которого было вынесено дело, не выскажет свое мнение. Эд запретил королю и баронам касаться братьев и их имущества. Амори же, узнав, что Готье вместе с Великим Магистром находится в доме ордена в Сидоне, приказал схватить виновного в присутствии Эда и заключить его в королевскую тюрьму в Тире.

Этого урока было недостаточно, чтобы умерить гордыню рыцарей-тамплиеров — Амори даже приписывают намерение потребовать роспуска ордена. После смерти этого короля его сын Балдуин IV попросил у Саладина перемирие. Тамплиеры заявили королю, что собираются построить замок на мусульманской границе, у Брода Иакова. Балдуин возразил, что во время перемирия это запрещено. Рыцари ответили, что отстроят и укрепят замок своими силами, без короля. Это решение граничило с дерзостью, так как король обладал правами на все замки королевства и мог даже снести любое укрепление, которое «обременяло» его землю. Однако Балдуин, видя, что тамплиеров особо не беспокоит его мнение, согласился содействовать постройке и защитить строителей от сарацинов, заставляя самих рыцарей придерживаться перемирия. Гильом Тирский обвинял Великого Магистра Эда де Сент-Амана, попавшего в плен к мусульманам в 1179 г., в том, что тот «был скверным человеком, гордым и дерзким, дышащим злобой, не боявшимся ни Бога, ни человека». Его преемник на посту Великого Магистра, Жирар де Ридфор, мелкий фламандский рыцарь, который за несколько лет вознесся до самых вершин ордена (1186 г.), повел себя еще более надменно, и его роль в государственном перевороте Ги де Лузиньяна (в отличие от лояльного поведения Великого Магистра госпитальеров) и в финальном распаде заставили орден сыграть роковую роль для королевства.

Тамплиеры и госпитальеры оставались единственными рыцарскими орденами в первый период Иерусалимского королевства: Тевтонский орден к тому времени еще был простым госпиталем, зависевшем от Госпиталя Св. Иоанна, предназначенным для немецких пилигримов, с одним приором и немецкими «сержантами». В орден Св. Лазаря поступало сравнительно ограниченное число людей, и ему было суждено существовать в небольших размерах. Тем не менее, как и в Антиохии в 1180 г., Иерусалимские короли попытались перенести на Святую Землю испанский орден Монжуа: в 1176–1177 гг. Вильгельм Монферратский и его жена Сибилла уступили графу Родриго и его ордену четыре башни Аскалона, среди которых главной была Башня Девственниц. Но этот орден не получил широкого распространения.