Подъем революционно-демократического движения в России в царствование Александра II привел к резкому расширению масштабов слежки. Современный исследователь пишет:

«Круг лиц, за которыми Третье отделение вело наблюдение, был очень велик и не поддается даже приблизительному подсчету. Студенты и профессора, литераторы и учителя, крестьяне и рабочие, мелкие чиновники и министры, губернаторы и высшие сановники – все, кто смел думать «не по шаблону Третьего отделения», находились под его надзором и наблюдением. Даже члены императорской фамилии – великие князья и сам наследник престола – не избежали внимания со стороны этого учреждения. Родной брат императора великий князь Константин Николаевич предупреждал своего адъютанта: «Будь, пожалуйста, осторожен: мы живем в Венеции – у стен, у каждого стула и стола уши, везде предатели и доносчики!» В делопроизводстве Третьего отделения сохранилось множество агентурных донесений о том, как проводили время наследник и другие члены царской семьи. Длительное время состоял под наблюдением военный министр Д.А. Милютин, курьер которого, как выяснилось впоследствии, был «по совместительству» тайным агентом Третьего отделения. По словам государственного секретаря Е.А. Перетца, шеф жандармов постоянно докладывал государю «о частной жизни министров и других высокопоставленных лиц». Как отмечали современники, эта сторона деятельности Третьего отделения была доведена «до совершенства».

Помимо секретных агентов, осуществлявших так называемое «внутреннее наблюдение», в распоряжении Третьего отделения имелись агенты «наружного наблюдения», получившие впоследствии название филеров. Число первых так и осталось неизвестным, однако один только член организации «Народная воля» Н.В. Клеточников сумел за 1879–1881 гг. выявить 385 таких агентов. Содержание этой многочисленной, но в массе своей малоэффективной агентуры довольно дорого обходилось казне. Так, из выделенных Третьему отделению в 1877 г. 307 454 рублей затраты на личный состав равнялись 30,5% (93 648 рублей); 8,7% (26 929 рублей) расходовалось на различные хозяйственные нужды, в том числе и на питание политических заключенных; львиная доля бюджета шла на борьбу с революционным движением и содержание внутренней и внешней агентуры – 60,8% всех средств (186 877 рублей).

Отслеживая практически все важнейшие стороны жизни государства и общества, Третье отделение было завалено информацией, частью совершенно ненужной, и при малочисленном штате служащих проблема сохранения документов, в том числе особой секретности, всегда была из острейших. Бумажный поток рос как снежный ком. В первый год работы Третьего отделения в одной только первой экспедиции было заведено 120 новых дел, зарегистрировано 198 входящих бумаг и 170 исходящих. В 1848 г. эти показатели соответственно составили 564, 4524 и 2818. Еще через два года в архиве Третьего отделения скопилось уже около 30 тысяч дел, число которых продолжало неудержимо увеличиваться – в одном только 1869 г. было заведено 2040 новых дел.

Длительное время архивом заведовал только один человек; условия хранения секретной документации оставляли желать много лучшего. Так, в январе 1849 г. из архива Третьего отделения пропало сразу 18 докладов его шефа с собственноручными резолюциями императора. Вырезки из них вместе с анонимной запиской были потом присланы по почте Николаю I. Служебное расследование установило, что повинен в этом был губернский секретарь А.П. Петров, сверхштатный сотрудник Третьего отделения, с корыстной целью выкравший секретные бумаги «для передачи частным лицам».

Но особенно значительный ущерб нанес внедренный в штат этого органа безопасности уже упомянутый народоволец Н.В. Клеточников. В начале 1879 г. он поступил на службу в секретную часть третьей экспедиции. Обладая каллиграфическим почерком и феноменальной памятью, Клеточников не только образцово исполнял порученные обязанности, но и с готовностью брался переписывать секретные бумаги за своих ленивых сослуживцев, а полученную информацию на протяжении двух лет систематически передавал своей организации. Благодаря ему «Народная воля» в эти годы стала неуловимой для политического сыска. Имея возможность оценивать ситуацию изнутри, Клеточников отмечал низкую эффективность работы агентуры Третьего отделения в последний период его деятельности. Он писал:

«Итак, я очутился в III отделении, среди шпионов. Вы не можете себе представить, что это за люди! Они готовы за деньги отца родного продать, выдумать на человека какую угодно небылицу, лишь бы написать донос и получить награду. Меня просто поразило громадное число ложных доносов. Я возьму громадный процент, если скажу, что из ста доносов один оказывается верным. А между тем почти все эти доносы влекли за собой аресты, а потом и ссылку».

Возможно, Н. Клеточников сознательно сгустил краски, но факт остается фактом – вплоть до самой ликвидации Третьего отделения его руководство так и не смогло разоблачить агента в своем учреждении, хотя по публикациям в демократической прессе имен некоторых секретных агентов и знало о его существовании.

Неудовлетворенные половинчатостью проводимых правительством реформ, народовольцы выносят начавшему их царю Александру II смертный приговор и, начиная с выстрела Каракозова 4 апреля 1866 г., неоднократно пытаются привести его в исполнение. К политике регулярного террора Третье отделение оказалось совершенно неготовым и так и не смогло его пресечь. Дело дошло до того, что в 1878 г. революционеры убили самого шефа Корпуса жандармов Н.В. Мезенцева. После покушения Каракозова тогдашний начальник Третьего отделения П.А. Шувалов представил императору доклад, в котором предлагал учредить особую «охранительную команду» для защиты от покушений августейшей особы в составе начальника, двух его помощников, 6 секретных агентов и 80 стражников (их численность была сокращена до 40). Идея встретила понимание Александра II, и 2 мая 1866 г. он утвердил проект. Но ни отряд личных телохранителей императора, ни Третье отделение, оказавшееся неспособным защитить даже собственного начальника, не смогли предотвратить новых попыток цареубийства. Все это закономерно породило глубочайшее недовольство Александра II деятельностью органа госбезопасности. Последней каплей, переполнившей чашу царского терпения, явился взрыв в Зимнем дворце, произведенный в феврале 1880 г. революционером-рабочим С.Н. Халтуриным.

По образному выражению одного из исследователей, динамит, предназначавшийся для императора, «взорвал» само Третье отделение. Окончательно удостоверившись в его недееспособности, Александр II в том же месяце создает Верховную распорядительную комиссию во главе с графом М.Т. Лорис-Меликовым, облеченным диктаторскими полномочиями. 3 марта 1880 г. последовал царский указ, временно отдававший под контроль «диктатора сердца» (так поначалу в обществе окрестили Лорис-Меликова за его взгляды и некоторые практические дела, имевшие явно либеральный оттенок) Третье отделение, до этого подчинявшееся лично императору. Ориентировавшийся в своей деятельности на либеральную часть общества, в глазах которого Третье отделение выступало оплотом крайней реакции и произвола, Лорис-Меликов в июле того же года предложил царю свой план административных реформ, предусматривавший одновременную ликвидацию этого учреждения вместе с Верховной распорядительной комиссией. План был одобрен Александром II, и 6 августа 1880 г. появился на свет соответствующий императорский указ. Третье отделение было упразднено, а его дела переданы Особому департаменту Министерства внутренних дел. С ликвидацией этого ведомства, просуществовавшего под одним и тем же названием целых 54 года (больше, чем какой-либо иной аналогичный орган), заканчивается целая эпоха в истории политического сыска в России.