Во время работы в Следственной комиссии будущий глава Третьего отделения детально знакомится с идеями Пестеля из его «Русской правды» о создании могущественной жандармской организации для защиты революционной диктатуры, некоторые использует в своих проектах. Суммируя опыт французской тайной полиции при Наполеоне, идеи, почерпнутые у Пестеля, и собственные размышления на этот счет, Бенкендорф в январе 1826 г. подает Николаю I проект устройства «высшей полиции». Подвергнув резкой критике органы безопасности, существовавшие при прежнем императоре, которые не сумели предотвратить «страшный заговор, подготовлявшийся... более десяти лет», он обосновывает необходимость организовать тайную полицию, которая бы «обнимала все пункты империи», «подчинялась системе строгой нейтрализации, чтобы ее боялись и уважали и чтобы уважение это было внушено нравственными качествами ее главного начальника». Главный начальник «должен был носить звание министра полиции и инспектора Корпуса жандармов в столице и в провинции» и «пользоваться мнением честных людей, которые пожелали бы предупредить правительство о каком-нибудь заговоре или сообщить ему какие-нибудь интересные новости». Все это «дало бы возможность заместить на эти места людей честных и способных, которые часто брезгуют ролью тайных шпионов, но, нося мундир, как чиновники правительства, считают долгом ревностно исполнять эту обязанность». 25 июля 1826 г. Николай I утверждает Бенкендорфа в должности главного начальника Третьего отделения собственной Его канцелярии, шефа жандармов и командующего Императорской главной квартирой.

Ко времени руководства Бенкендорфом политическим сыском Российской империи относится целый ряд различных, порой противоположных словесных портретов начальника Третьего отделения. Его личный адъютант А.Ф. Львов вспоминал: «...Я непременно вышел бы из службы, если бы не отличныя качества благородной души Бенкендорфа меня к нему не привязывали более и более. Он был храбр, умен, в обращении прост и прям; сделать зло с умыслом было для него невозможность, с подчиненными хорош, но вспыльчив, в делах совершенно несведущ... к производству дел совершенно неспособен, разсеян и легок на все... Государь любил его как друга». Адъютант старательно подмечал также слабые стороны своего шефа: «Я заметил, что Бенкендорф был совершенно чужд производству дел... Приказывал он всегда в полслова, потому что подробно и обстоятельно приказать не мог и не умел...» Государственный секретарь граф М.А. Корф отмечал: «Вместо героя прямоты и праводушия... он, в сущности, был более отрицательно-добрым человеком, под именем которого совершалось наряду со многим добром и немало самоуправства и зла. Без знания дела, без охоты к занятиям, отличавшийся особенно безпамятством и вечною разсеянностью, которая многократно давала повод к разным анекдотам... наконец, без меры преданный женщинам, он никогда не был ни деловым, ни дельным человеком и всегда являлся орудием лиц, его окружавших». Наконец представитель революционного лагеря А.И. Герцен, имевший все основания не замечать в своем противнике каких-либо положительных качеств, следующим образом отзывался о Бенкендорфе, которого видел в 1840 г.: «Наружность шефа жандармов не имела в себе ничего дурного; вид его был довольно общий остзейским дворянам... он имел обманчиво добрый взгляд, который часто принадлежит людям уклончивым и апатическим. Может, Бенкендорф и не сделал всего зла, которое мог сделать, будучи начальником этой страшной полиции, стоявшей вне закона и над законом, имевшей право мешаться во все, – я готов этому верить, особенно вспоминая пресное выражение его лица, – но и добра он не сделал, на это у него недоставало энергии, воли, сердца». Как видим, даже явные противники и недоброжелатели ставили в вину начальнику Третьего отделения не причиненное им кому-либо зло, а несовершенное добро.

Под руководством Бенкендорфа и непосредственными стараниями его ближайшего помощника Третье отделение развивает активную деятельность. Взяв на вооружение образную формулу фон Фока о том, что «общественное мнение для власти то же, что топографическая карта для начальствующего армией во время войны», шеф жандармов начинает эту карту тщательно составлять. Уже в «обзоре общественного мнения» на второй год своего существования Третье отделение дает довольно подробную картину отношения к правительству различных слоев общества.

В частности, констатирует Бенкендорф, чиновничество не внушает сколько-нибудь серьезных опасений, но «морально наиболее развращено». Он не закрывает глаза на отрицательные стороны жизни николаевской России и так характеризует бюрократию: «Хищения, подлоги, превратное толкование законов – вот их ремесло. К несчастью, они-то и правят, и не только отдельные, наиболее крупные из них, но, в сущности, все, так как им всем известны все тонкости бюрократической системы». От армии как от целого также не следовало ждать какой-либо опасности: «если и нельзя утверждать, что она всем довольна», то, во всяком случае, она «вполне спокойна и прекрасно настроена». Единственную непосредственную угрозу на фоне всеобщего спокойствия представляет из себя интеллигентская дворянская молодежь, причем здесь корень бед Бенкендорф видит в дурном воспитании: «Молодежь, то есть дворянчики от 17 до 25 лет, составляет в массе самую гангренозную часть империи. Среди этих сумасбродств мы видим зародыши якобинства, революционный и реформаторский дух, выливающийся в разные формы и чаще всего прикрывающийся маскою русского патриотизма... В этом развращенном слое общества мы снова находим идеи Рылеева, и только страх быть обнаруженными удерживает их от образования тайных обществ». Тем не менее страх удерживал далеко не всех. Так, в Москве Третье отделение раскрыло кружок братьев Критских, возбудило дело об антиправительственной деятельности студентов и преподавателей Нежинской «гимназии высших наук», пресекло попытку канцеляриста Д. Осинина во Владимире создать тайное общество, обнаружило в Оренбурге тайный кружок молодых офицеров и т.д.

Третье отделение стремилось установить тотальный (по тем временам) контроль за всеми недовольными элементами общества. Например, в 1828 г. Бенкендорф сообщал императору: «За все три года своего существования надзор отмечал на своих карточках всех лиц, в том или ином отношении выдвигавшихся из толпы. Так называемые либералы, приверженцы, а также и апостолы русской конституции в большинстве случаев занесены в списки надзора. За их действиями, суждениями и связями установлено тщательное наблюдение».

Пристальное внимание Третье отделение уделяет крестьянам (Бенкендорф писал: «Так как из этого сословия мы вербуем своих солдат, оно, пожалуй, заслуживает особого внимания со стороны правительства»). В обзоре говорилось: «Исследуя все стороны народной жизни, отделение обращало особенное внимание на те вопросы, которые имели преобладающее значение... Между этими вопросами в течение многих лет первенствующее место занимало положение крепостного населения. Третье отделение обстоятельно изучало его бытовые условия, внимательно следило за всеми ненормальными проявлениями крепостных отношений и пришло к убеждению в необходимости, даже неизбежности отмены крепостного состояния». То есть еще задолго до отмены крепостного права в 1861 г. на необходимости данного принципиального шага настаивали А.Х. Бенкендорф и его сотрудники. В отчете за 1839 г. Третье отделение снова напоминает власти, что степень недовольства низших слоев общества опасно повышается и «весь дух народа направлен к одной цели – к освобождению». В силу этого Бенкендорф и его единомышленники приходят к категоричному выводу: «Крепостное состояние есть пороховой погреб под государством».