Стесненные средствами, молодожены нашли себе скромную дешевую квартиру в полуподвальном этаже на одной из улиц возле Зубовского бульвара. В 1889 году родился их первый сын Николай. Ключевский отнесся к свадьбе своей любимой ученицы очень сердечно, распространив свою благосклонность и на Милюкова. Это была лучшая пора их отношений.

Зато Виноградов, а с ним и его семья, узнав о женитьбе Милюкова не от него самого, были страшно обижены. Виноградов сохранил свои добрые отношения с Милюковым, но семья его не пожелала принять Анну Сергеевну, и Милюков, естественно, тоже перестал бывать у Виноградовых.

В 1886 году Милюков приступил к писанию диссертации. Темой ее он выбрал «Государственное хозяйство России и реформа Петра Великого». Работу он решил обосновать преимущественно на архивном материале. Основной мыслью Милюкова был тезис, что европеизация России была не продуктом заимствования, а неизбежным результатом внутренней эволюции, одинаковой в России и Европе, но запоздавшей в России по историческим условиям. Личность Петра при этом отодвигалась на второй план. Милюков сознавал, что писание и оформление диссертации займет несколько лет, но не убоялся этого.

«Мне пришлось работать, – вспоминает он, – не только над материалом петровского времени, но и над данными предыдущего времени, начиная с XVI века, в московских архивах. Чтобы овладеть собственно петровскими материалами, пришлось расширить занятия на Петербург, где ожидали меня богатейшие данные в толстейших томах Петровского кабинета. Я провел в этой работе два летних сезона подряд, не выходя из состояния постоянного напряжения и восторга по поводу почти ежедневных важных открытий, которые складывались как-то сами собой в общую, поистине грандиозную картину».

Высказывая мысль, что европеизация России была неизбежным результатом внутренней эволюции, Милюков шел по стопам Соловьева.

В 1898 году Милюков суммировал свои взгляды на Петра и его реформы в Энциклопедическом словаре Брокгауза и Ефрона (полутом 46). Там он пишет: «Вопрос, в какой степени Петр лично участвовал в реформах последнего периода, остается еще спорным».

Это – замаскированное отступление от взглядов Милюкова в его диссертации. Он не мог не откликнуться на новые материалы, содержащиеся в только что вышедшей книге Н. П. Павлова-Сильванского «Проекты реформ в записках современников Петра Великого» (1897).

Эти записки представлены были Петру, добровольно или по его вызову, многими русскими и иностранцами. В их проектах предлагались меры для улучшения положения дел в государстве. Петр сам читал многие из этих записок, особенно по вопросу об увеличении государственных доходов и о разработке природных богатств России, а также доклады о торговой политике и административной реформе. Таким образом, личная роль и во многих случаях инициатива Петра в подготовке реформ не подлежит сомнению.

Ключевский не сочувствовал тому, что Милюков взялся писать диссертацию, требующую так много времени.

Сам Ключевский для своей магистерской диссертации получил от Соловьева тему о древнерусских житиях святых как историческом источнике (см. главу XVIII) – работу кропотливую, но не требовавшую много времени. Только для докторской диссертации Ключевский выбрал обширную тему («Боярская дума Древней Руси»).

Ключевский поэтому посоветовал Милюкову отложить тему о Петровской реформе для докторской диссертации, а для магистерской разработать грамоты какого-нибудь из северных монастырей. Милюков решительно отказался от этого совета. «От своего труда, – пишет он в своих воспоминаниях, – я не мог оторваться. Магистр, доктор – не все ли равно, когда я получу ту или другую ученую степень. И я продолжал работу, не послушавшись мнения Ключевского».

Так произошла первая размолвка между учителем и учеником.

Когда диссертация Милюкова была закончена, С. Ф. Платонов оказал ему большую услугу, устроив ее печатание отдельными главами в журнале Министерства народного просвещения (1890–1892).

Отдельные оттиски этих глав были сверстаны в книгу, и в таком виде диссертация была представлена Милюковым на историко-филологический факультет Московского университета.

По рекомендации Платонова же Академия наук поручила Милюкову написать отзыв о книге А. С. Лаппо-Данилевского «Организация прямого обложения в Московском государстве со времени Смуты до эпохи преобразований» (1890). Вместо короткого отзыва Милюков написал целое исследование «Спорные вопросы финансовой истории Московского государства».

При обсуждении диссертации Милюкова на факультете Виноградов и Герье предложили дать Милюкову сразу докторскую степень (минуя магистерскую). Но, как рассказал Милюкову Виноградов, Ключевский на это не согласился.

Защита диссертации состоялась 17 мая 1892 года. Факультет присудил Милюкову магистерскую степень.

«Я тут же дал себе слово, – пишет Милюков в своих воспоминаниях, – которое сдержал, – никогда не писать и не защищать диссертации на доктора». Когда Платонов, узнав об исходе московского диспута, предложил Милюкову представить в петербургский историко-филологический факультет его «Спорные вопросы» в качестве докторской диссертации, Милюков отказался.

В 1893 году Милюков получил за свою диссертацию премию имени С. М. Соловьева в размере достаточном для поездки с женой за границу. Милюковы провели лето на бретонском берегу недалеко от Бреста. При отъезде оттуда, осенью, Милюков утром в гостинице разговорился с французом, который оказался масоном и предложил Милюкову вступить в масонскую ложу. Милюков отклонил предложение. «Мне неоднократно впоследствии, – вспоминает он, – предлагали вступить в масонскую ложу. Я думаю, что эта настойчивость была одним из мотивов моего упорного отказа. Такая сила коллектива мне казалась несовместимой с сохранением индивидуальной свободы».

В Париже Милюков прежде всего сделал визит П. Л. Лаврову. Лавров говорил с Милюковым не о политике, а о науке – очевидно, в связи с той большой работой, которую он готовил. В Париже же Милюков встретил петербуржца Ивана Михайловича Гревса, писавшего в это время свою диссертацию по истории римского землевладения. Гревс познакомил Милюкова с М. П. Драгомановым, который Милюкову чрезвычайно понравился. У них оказалось много общего во взглядах. В частности, оба отрицательно относились к славянофильству.

Еще до заграничной поездки к Милюкову обращались устроители педагогических курсов в Москве с предложением прочесть курс лекций по истории русской культуры. Милюков согласился. По возвращении из-за границы Милюков решил из курса лекций составить книгу на эту тему. Так возникли его известные «Очерки по истории русской культуры».

Вместе с тем Милюков принял деятельное участие в просветительной деятельности, организованной по образцу английской University Extention. Сюда входило издание «Библиотеки домашнего чтения» и устройство публичных лекций в Москве и в провинции. Первым, избранным для пробы, был Нижний Новгород. И. И. Иванов прочел там серию лекций по русской литературе. Следующим лектором был Милюков, объявивший курс в шесть лекций на тему об «общественных движениях в России».

Лекции происходили в обширной зале Дворянского собрания. На них в публике присутствовали вице-губернатор (губернатора не было в городе) и архиерей. В своем курсе лекций Милюков старался показать, как слабые ростки общественного движения эпохи Екатерины