Основу собрания Русского музея составили произведения русской школы из Эрмитажа, Академии художеств, пригородных царских дворцов, оно пополнялось за счет приобретений и пожертвований; после революции его, фонды значительно увеличились за счет национализированных ценностей и частных собраний.

В настоящее время в собрании Русского музея насчитывается более 320 тыс. единиц хранения, представляющих отечественное искусство с XI века до наших дней. В его состав входят коллекции русской и советской живописи, богатейшие в России коллекции скульптуры и графики, произведения декоративно-прикладного и народного искусства.

Идея организации государственного музея национального искусства высказывалась и обсуждалась в образованной среде русского общества с середины XIX века. Уже в конце 1880-х годов перед российским обществом встал вопрос о необходимости создания музея русского национального искусства, как того требует «современное процветание русского искусства и высокое положение, занимаемое Россиею в образованном мире». Об этом же говорили и писали художественный критик В. Стасов, директор Императорского Эрмитажа А. Васильчиков, писатель И. Гончаров и многие другие.

В 1889 году вопрос об основании в Петербурге публичного музея национального искусства был, казалось, решен окончательно. Легенда связывает это решение Александра III с картиной И. Репина «Николай Мирликийский избавляет от смерти трех невинно осужденных», приобретенной императором с 17-й выставки Товарищества передвижников (1889). Тогда же, по свидетельству одного из современников, государем и была высказана мысль – основать всенародный музей, в котором сосредоточивались бы все лучшие произведения искусства.

В августе 1897 года был утвержден штат музея. У истоков музея стояли люди хорошо образованные, зачастую окончившие не одно высшее учебное заведение – ученые, искусствоведы, историки, этнографы, археологи, архитекторы: Д.И. Толстой (назначенный в 1901 году на должность Товарища Управляющего Русским Музеем), А.Н. Бенуа, П.А. Брюллов, П.И. Нерадовский, Н.П. Сычев, П.И. Столпянский, М.П. Боткин, А.А. Миллер, Н.Н. Пунин и многие другие. Образовательный ценз сотрудника Русского музея был очень высок, поэтому кандидатура каждого вновь поступающего на работу серьезно обсуждалась – это был своего рода конкурс. В одной из объяснительных записок к проекту Положения о музее сказано: «…при организации Музея нужно иметь в виду непременное требование, чтобы служба в таком чудном учреждении почиталась величайшей честью, и чтобы к ней стремились именно из-за чести быть причастным к музею».

Конечно, работа крупнейших искусствоведов и музейных деятелей, реставраторов и архитекторов способствовала прославлению Русского музея. Тем не менее существовал институт простых служащих. Для исполнения разного рода служебных обязанностей в Русском Музее Императора Александра III имелся штат вольнонаемных служителей, которые находились в распоряжении заведующего зданиями музея (он же – секретарь Августейшего Управляющего музеем). В состав служителей музея в феврале 1898 года входили вахтеры, галерейные служители, часовые, швейцары, церковный сторож, а также рабочие разных специальностей (столяр, слесарь, кочегар, маляр, печник, садовник и т. п.). Все они были подчинены определенной иерархии, имели свои обязанности, сформулированные в «Правилах служащих музея» (1897), и специально разработанную форму.

7 (19) марта 1898 года состоялось торжественное открытие «Русского Музея Императора Александра III» для посетителей.

В день открытия музея экспозиция его была представлена в 37 залах (21 зал – на первом этаже и 16 – на втором). Первые посетители могли познакомиться с «Музеем христианских древностей», занимавшим 4 зала, с «Плащаницей» В. Васнецова, произведениями русской живописи и скульптуры, а также с коллекциями частных собирателей, переданными в дар вновь учрежденному музею (коллекция акварелей княгини М. Тенишевой и коллекция живописи и гравюр князя В. Лобанова-Ростовского).

Собрание музея, основой которого служили предметы и произведения, переданные из императорских дворцов, из Эрмитажа и Академии художеств, в этот период насчитывало 1880 произведений. Согласно первоначальной структуре музей имел три отдела:

• отдел, «посвященный специально памяти Императора Александра III»,

• этнографический и художественно-промышленный отдел,

• художественный отдел.

Причем приоритетная роль художественного отдела оговаривалась особо: «…до составления этнографических и исторических коллекций подлежит немедленному устройству художественный отдел музея, долженствующий обнимать собрание картин и статуй лучших русских художников».

Памятный отдел являлся мемориальным и должен был занять важное место в структуре музея. Однако строительство помещения для Памятного отдела затянулось, и в связи с последующими историко-политическими событиями в стране он так и не был открыт. Сформированный вместо него историко-бытовой отдел в 1934 году был частично передан Эрмитажу и лег в основу отдела русской культуры этого музея.

Этнографический отдел просуществовал в составе Русского музея до 1934 года, когда он был выделен в самостоятельный Государственный музей этнографии народов СССР.

Таким образом, название «Русский музей» изначально и традиционно закрепилось, по существу, лишь за художественным отделом, размещенным в Михайловском дворце. С течением времени художественный отдел, постепенно разветвляясь, превратился в сложный музейный организм, насчитывающий в настоящее время около 50 отделов, секторов, подразделений и служб.

В древнерусском отделе экспонируются выдающиеся памятники иконописи, в том числе работы Андрея Рублева, Дионисия, Симона Ушакова, деревянная скульптура, резьба по камню и кости, вышивка, ювелирные изделия. Особенно богата коллекция искусства XVIII – 1-й половины XIX в., включающая работы первых светских художников Петровского времени Ивана Никитина, Андрея Матвеева, Ивана Вишнякова; замечательные портреты кисти Федора Рокотова, Дмитрия Левицкого, Владимира Боровиковского, Ореста Кипренского, полотна Алексея Венецианова, Карла Брюллова, Александра Иванова, Павла Федотова, скульптуры Федора Шубина, Михаила Козловского, Ивана Мартоса. Творчество мастеров XIX века представлено работами «передвижников», произведениями Ильи Репина, Василия Сурикова. Среди произведений художников, конца XIX – начала XX века – работы Исаака Левитана, Валентина Серова, Михаила Врубеля, Константина Коровина, Михаила Нестерова, художников Серебряного века и русского авангарда – мастеров «Мира искусства», «Голубой розы», «Бубнового валета», Василия Кандинского, Казимира Малевича, Марка Шагала, Павла Филонова. В отделе советского искусства – произведения Аркадия Рылова, Кузьмы Петрова-Водкина, Николая Крымова, Александра Матвеева, Анны Голубкиной, Веры Мухиной, Сергея Коненкова, Петра Кончаловского, Сергея Герасимова, Александра Дейнеки, Аркадия Пластова и многих других.

Обширен раздел музея, посвященный так называемому «советскому искусству» и творчеству художников, работавших в первую половину XX века. В отделе можно познакомиться с работами живописцев В.М. Орешникова, Е.Е. Моисеенко, скульпторов В.И. Мухиной, М.К. Аникушина, графиков В.А. Фаворского, Е.А. Кибрика и других.