Однажды, уже в 1945-м, Королев сказал жене, Ксении Максимилиановне:

— Я подписал, потому что мне сказали: если не подпишу, вас с Наташкой погубят...

Пролетариям, осуществлявшим свою диктатуру в комнатах для допросов, всегда было легко иметь дело с интеллигентами: достаточно было лишь пригрозить, что уничтожишь семью. Можно было бы пригрозить и сразу, но сначала надо обязательно избить, поиздеваться, подвергнуть пыткам. Как вспоминал Арцеулов, когда он поймал следователя на невежественности обвинения, тот прямо сказал ему: «Но для нас главное раздавить вас как личность и доказать, что вы — враг народа».

25 сентября 1938 года представленный И. Шапиро список из 74 человек на первую категорию был утвержден И.В. Сталиным. Первая категория — это расстрел, за редкими исключениями. Подписи «За» поставили Сталин, Молотов, Каганович, Ворошилов. 27 сентября 1938 года из 74 человек из списка были приговорены к расстрелу не менее 59 человек, в тот же день были приговорены к высшей мере 18 человек из предыдущего списка.

Королева судили 27 сентября 1938 года. Председательствовал В.В. Ульрих. В обвинительном заключении было написано: «Виновным себя не признает и данные им показания на предварительном следствии отрицает... Как участников организации он назвал по указанию и предложению следователя — Лангемака и Глушко. Назвал их потому, что знал об их аресте, но он категорически отказался называть следователю лиц, которых тот ему еще предлагал, зная, что те не арестованы. Участником контрреволюционной организации он никогда не был и, конечно, не знал никаких участников этой организации».

За «участие в антисоветской террористической и диверсионно-вредительской троцкистской организации, действовавшей в научно-исследовательском институте № 3 Народного комиссариата оборонной промышленности» и за «срыв отработки и сдачи на вооружение Рабоче-Крестьянской Красной Армии новых образцов вооружения» Королева приговорили к десяти годам тюремного заключения.

Поскольку московские тюрьмы были переполнены, приговоренных сразу рассылали по пересыльным тюрьмам, где формировались этапы.

10 октября 1938 года Королев прибыл на Новочеркасскую пересылку, где провел около восьми месяцев. 1 июня 1939 года Королева отправили в путь к Тихому океану.

В дороге заключенные писали весточки о себе и, сложив вчетверо, бросали из окошка в надежде, что найдет путевой обходчик и передаст по адресу. Вероятность, конечно, этого равнялась почти нулю — но какая-то все же была.

Почти через два месяца на поезде, а затем на пароходе Королева доставили в Магадан. Через несколько дней повезли на грузовике до Берлеха, примерно в 550 километрах от Магадана, затем на прииск Мальдяк.

Естественно, в лагере заправляли не политзаключенные, а уголовники. Королев был просто обречен. «Контрика» обокрали, стащив у него верхнюю одежду. А на Колыме это означало верную смерть. Однако вдохновенные рассказы Королева о полетах к другим мирам привлекли внимание одного из «воров в законе», Василия. Василий снял с себя овчинный полушубок и отдал его Королеву, а лагерных «беспредельщиков» предупредил, что если кто-нибудь из них попробует снять с «Профессора» этот полушубок, то будет иметь дело лично с ним.

Спустя несколько лет Сергей Павлович скажет супруге:

— Если у меня когда-нибудь будет сын, я назову его Васильком...

Зимой Королев погиб бы, он сам говорил об этом. В ту зиму из пятисот заключенных лагеря Мальдяк зиму пережили не больше ста человек.

По рассказу матери Королева, Марии Николаевны, из Магадана Королев прислал ей письмо, в котором... восхищался отважными летчицами, установившими женский рекорд дальности полета на самолете. В письме Королев отдельно упоминал Гризодубову и посылал привет «дяде Мише». Мария Николаевна поняла, что Королев подсказывает ей, откуда можно ждать помощи и быстро разыскала адреса Гризодубовой и «дяди Миши» — Михаила Михайловича Громова.

Громов имел не пролетарские корни, и потому его положение в советской системе было довольно шатким — тем не менее, поставив себе цель быть лучше других и этим стать незаменимым, он добился известности и авторитета — и на основе этого смог отстоять перед Сталиным очень многих.

Помогла и Гризодубова, дочка одного из первых русских авиаторов. И она тоже использовала свой авторитет ради чужого блага.

Громов добился, чтобы Марию Николаевну принял Председатель Верховного суда. По воспоминаниям Марии Николаевны, внимательно выслушав ее, первый судья страны немедленно начертил на обложке «Дела»: «Пересмотреть!» Правда, это было скорее показное действие — вопрос о пересмотре дела уже поднял тот самый Ульрих, который Королева и осудил. Сменилось руководство, а хорошо подкованный в технике новый шеф, Берия, отлично знал ценность технических специалистов.

13 июня 1939 года Пленум Верховного суда отменил приговор Военной коллегии от 27 сентября 1938 года. 23 декабря 1939 года Королев убыл в распоряжение УВД Приморского крайисполкома.

Но Королев уже опоздал на пароход, что отбывал из Магадана во Владивосток. Хоть зек и прибыл раньше отплытия, состав корабля уже сформировали. Опоздание спасло ему жизнь, поскольку пароход затонул. В штормовом море корабль сбился с курса и сел на камни у Хоккайдо. В трюмы хлынула вода, но начальник конвоя запретил открывать люки, обрекая людей на гибель. Конвой и почти весь экипаж были спасены японцами, заключенные же захлебнулись в воде.

Хотя «Индигирка» должна была стать последним судном в навигации, Королева все же отправили во Владивосток на каком-то маленьком суденышке. От скверного питания началась цинга, от которой прибывший во Владивосток Королев лишился 14 зубов, опух и с трудом передвигался. К счастью, нашлась добрая душа — врач, которая послала в тюрьму два таза с сырой капустой и свеклой, лучшими средствами от цинги.

И вот Москва, Бутырская тюрьма...

Осенью 1938 года возобновились начатые Королевым еще в июле 1937 года испытания ракеты «212». Ведущим назначили Александра Николаевича Дедова — того самого, что поставил подпись под актом техэкспертизы. 8 декабря Костиков — тоже автор подписи — принял решение о допуске ракеты «212» к летным испытаниям. В январе и марте 1939 года ракета «212» дважды взлетала.

В полетах проверялся не только двигатель, но и новая автоматика стабилизации полета, которая себя показала неважно.

Что касается ракетоплана Королева, то его первые испытания начались лишь в феврале 1940 года.

Чуть позже проходило повторное следствие по делу Королева. Оно окончилось 28 мая 1940 года, а 10 июня ОСО при народном комиссаре внутренних дел (под личным председательством Л.П. Берии) вынесло новый приговор: как «вредитель в области военной техники» Королев получил 8 лет заключения. Казалось бы, разница с прежним приговором небольшая, но на самом деле она была принципиальной — уделом «контрика» могли быть только расстрел или медленная смерть в лагере — а вот «вредитель» мог быть направлен в «шарашку».

13 сентября 1940 года Королев был переведен в систему 4-го спецотдела НКВД и направлен в тюремное конструкторское бюро ЦКБ-29. Туполев был когда-то руководителем дипломной работы Королева и, возможно, потому вспомнил о нем — хотя специалист по ракетной технике и не был особо нужен для работы над фронтовым бомбардировщиком.