Канцелярия ведала старыми и вновь основанными конными заводами, строительством и ремонтом их зданий и персоналом — «конюшенными чинами»: на местах в штате состояло около 500 человек: шталмейстеры, управители, «служители конюшенного чина» (конюхи, коновалы и т. п.), работники мельниц, кузниц, кожевенных мастерских, причт церквей, ученики школ при заводах. Ей же подчинялось население приписанных к заводам территорий — конюшенные чиновники определяли налоги и повинности крестьян и судили их.

Обозрев свое хозяйство, начальник отметил многочисленные жалобы на управителей и их «многие неисправности»: заводские руководители наживались за казенный счет, притесняли крестьян (в бегах насчитывалось 1850 душ), а в коннозаводском деле мало смыслили. По докладу Волынского в 1736 году руководящие обязанности на заводах были разделены: управители ведали приписными крестьянами, пашней и покосами, обеспечением лошадей фуражом, а за содержание и разведение лошадей отвечали вновь назначенные унтер-шталмейстеры. Артемий Петрович подготовил проект нового штата и добился его утверждения императрицей. По его инициативе была введена новая должность штал-директора, в обязанности которого входил систематический надзор за порядком на заводах. По причине «малолюдства» своего ведомства Волынский потребовал (и получил) новых служащих из гвардейских кавалерийских унтер-офицеров и придворных берейторов (так в число подчиненных шталмейстеров попали Иоганн Кишкель и Адам Людвиг, сыгравшие роль «доносителей» на следствии в 1740 году). Годных канцеляристов он выписывал из провинциальных учреждений Нижнего Новгорода, Пензы, Ярославля, Твери — туда летели сенатские указы с требованием названным лицам «быть у дел» в Конюшенной канцелярии.

Конфликтов стало больше — но злоупотребления уменьшились: управители и унтер-шталмейстеры взаимно контролировали друг друга. Провинившихся же начальник не щадил: в октябре 1737 года был уволен прапорщик Мещеринов «за продерзости и за пьянство» с лишением офицерского ранга, в 1739-м — штал-директор Лопухин за взятки с крестьян и по причине мешавшей исполнению служебных обязанностей подагры. По инициативе начальника Конюшенной канцелярии на заводах появились «лековые конюшни» (конские лазареты) и «водогрейные очаги» с котлами для мытья породистых питомцев. Он всячески отстаивал интересы своего ведомства: просил добавить дворцовых волостей, а мужиков освободить от взимания недоимок; докладывал об ущербе от московского пожара, случившегося в мае 1737 года, и требовал срочно справить мундиры «конюшенным служителям».

Подчиненные Волынского описывали и межевали отведенные земли и угодья, приобретали новых лошадей в России и за границей и распоряжались поставками заводных коней в армию и ко двору. Находившиеся в их ведении заводы имели специализацию: на Хорошевском держали упряжных лошадей; на Гавриловском, Богородском, Сидоровском имелись как верховые, так и упряжные и рабочие лошади; на Бронницком разводили верховых лошадей различных пород — «английской, испанской, персидской, турецкой, берберийской, арабской, черкасской, отчасти неаполитанской и русской».

В селе Пахрине находились завод и сводная конюшня, куда доставляли из других заводов молодых необъезженных жеребцов. На каждую лошадь составлялась родословная, а данные о ее приметах, росте и возрасте заносились в шнуровую книгу; на лопатке ставили клеймо с надписью «Его императорского величества Пахринская сводная конюшня». Их содержали «в особой чистоте, покое и довольстве»; трижды в неделю утром и вечером выводили на прогулку или проездку верхом. Служители конюшни обязаны были «поступать с лошадьми ласково, суровость и крику, а особливо побоев не употреблять».

В октябре 1739 года в конюшне находилось 317 лошадей и 12 верблюдов для перевозки кормов и речного песка для манежа. Лучших коней отбирали в производители на Скопинский, Хорошевский, Павшинский, Бронницкий и другие заводы, остальных сортировали по мастям и обучали: одних готовили для упряжки и хождения «в цугах», других — для верховой езды. Отсюда лошадей отправляли в Петербург — в придворные конюшни и Конную гвардию: в сентябре 1736 года в столицу отбыли 155 кобыл; в марте 1737-го — 120 жеребцов верховых и «в цуки». Оставшихся переводили на Остоженскую конюшню в Москве, где продавали с публичного торга «партикулярным людям».

Здесь были построены девять новых конюшен на 480 стойл, житницы, амбары, кузница, водогрейки, сенные сараи. На берегу реки Пахры выросла слободка для служителей из шести казарм и четырех светлиц. Рядом с церковью были возведены дворы смотрителя (с шестью комнатами) и коновальный, а близ жилой слободки — дом управителя и приказная изба. В штате конюшни числилось 136 человек: стадные и стряпчие конюхи, нарядчики, пять коновальных учеников под командой унтер-шталмейстера шведа Христофора Сенка.

В Бронницах строился конюшенный двор, кирпич для которого делали местные крестьяне. В 1735 году началась перестройка хорошевских конюшен — старые были холодными и не приспособленными для содержания лошадей европейских пород. Там же стала действовать школа для детей, собранных из конюшенных волостей «для обучения в школе латинского языка читать и писать, дабы оне могли знать на латинском языке имена трав и прочих медикаментов, принадлежащих для пользования лошадей». Уже в первый год набор составил 80 человек; для преподавания латинского и немецкого языков нанимались по контракту учителя из иностранцев.

Под управлением Волынского конское поголовье не увеличилось: в 1732 году на заводах состояло 3718 лошадей (из которых 287 оказались «не сысканы»), а к 1 января 1740-го — 3482. С другой стороны, оно существенно обновилось. За несколько лет для подведомственных одиннадцати заводов было куплено 584 жеребца — испанских, арабских, персидских, английских, неаполитанских, датских, немецких, «черкесских» и «кубанских»; еще столько же поступило из царских конюшен, гвардейских полков, личных заводов Анны Иоанновны в Прибалтике и конфискованного имущества опальных. Лошади с заводов выбывали в Конную гвардию, к «охоте птичьей и псовой», в подарок дипломатам; в 1739 году шесть скакунов поступили к Бирону. 1699 лошадей «повалилось» от болезней.

По поводу устройства новых заводов Волынский в 1734 году доложил, что его подчиненными «сыскано и описано в разных губерниях и провинциях 104 места, на которых по довольству земель, по разсуждениям штаб и обер-офицеров, в репортах, присланных в комиссию, назначено, что можно на тех местах содержать в заводах до 36 190 лошадей». Были составлены подробные описи каждого пункта с указанием, сколько в нем годной под распашку земли и лугов.

Артемий Петрович понимал, что сразу вести строительство в полном масштабе едва ли возможно, и предупреждал, что «заводить оные заводы до 36 000 лошадей, мнится, и нужды нет». Он поставил кабинет-министрам целый ряд вопросов: сколько предстоит создавать заводов; какое количество жеребцов и кобыл надлежит содержать и каких пород — немецких или «иных каких»; возможно ли уменьшением налогов облегчить существование «обывателей», которые «приписаны будут к тем лошадиным заводам»?

В марте 1735 года в Кабинете состоялось «рассуждение» о конных заводах с участием А.Б. Куракина, И.Ю. Трубецкого, П.П. Шафирова, М.Г. Головкина, А.Л. Нарышкина, Н.Ф. Головина и А.И. Ушакова. Они ознакомились с докладами Волынского и определили отвести 57 новых мест, для которых «быть в заводах жеребцам немецким до 840 жеребцов, а кобылам русским — украинским, татарским и башкирским, числом оных до 7000 кобыл»; для их содержания предполагалось использовать 74 638 приписных душ. 57 заводов должны были обойтись казне в 313 854 рубля с учетом постройки зданий, распашки и засева полей, в том числе за лошадей предполагалось заплатить 189 тысяч рублей. Кроме того, надо было набрать штат управителей, конюхов, кузнецов, коновалов, учетчиков, канцеляристов, на который предполагалось тратить 37 365 рублей в год.