Передний двор (С) (илл. XLIII, 2) имеет неправильную форму из-за того, что под углом к нему установлен второй пилон. На западной стороне находится храм Рождения, что говорит о том, что передний двор не был частью собственно храма, так как в эпоху Птолемеев храм рождения обычно не зависит от храма, у которого он построен. Как показывает его название, он посвящен божественной Матери и младенцу. В тех местах, где поклонялись божественной триаде, храм рождения предназначен для особого служения второму и третьему членам триады. Через вход в западной части пилона проходит дорога для процессий в храм рождения (D), который состоит из двора, двух вестибюлей и святая святых. Вестибюли и святая святых окружены колоннадами. Капители колонн на западе переднего двора не похожи одна на другую, тем не менее у зрителя не возникает впечатление асимметрии (илл. XLIV, 1). Весь интерьер здания, стены, колонны и ажурные простенки покрыты рельефами и надписями периода Птолемеев и римлян. В святая святых на рельефах изображен сокол, стоящий в зарослях папируса, под ним сидящая фигура божественной Матери с новорожденным сыном на руках. На восточной стороне переднего двора находится колоннада, за которой множество комнат, предназначавшихся, скорее всего, для жрецов или, возможно, для гостей, на которых жрецы и жаловались царю. Возможно, хотя бы в одной из этих комнат изготавливались благовония, так как у входа на стене описан точный способ их изготовления.

На севере переднего двора находится второй пилон, к которому можно подняться по лестнице, так как храм стоит на несколько более высоком уровне, чем передний двор. Пилон украшен в обычном тяжеловесном стиле поздних Птолемеев; поблекшие рисунки христиан у входа интереснее этих скульптур. Перед пилоном с восточной стороны находится скала, которую камнерезы обработали и покрыли текстами, сообщающими о дарованных храму землях.

Внутренний двор (Е) самого храма необычно узок, это задумано намеренно, для того чтобы получить возможность сделать навесом пространство между крытыми колоннадами. Отверстия, к которым навес привязывали веревками, еще можно разглядеть на каменном карнизе; в жестокий зной нубийского лета это было необходимо. На восточной стороне не стесан естественный скальный выступ, и пол вокруг него вымощен. Вейгалл обращает на это внимание и предполагает, что скала считалась священной, поэтому ее не стали убирать. Подобное почитание скалы, на которой построен храм, можно встретить в мечети Омара в Иерусалиме, стоящей на месте храма Яхве. Камень выступает из пола, но мусульманская традиция не позволяет его выровнять, так как считает его святым, ибо на этом самом камне Авраам должен был принести в жертву сына Исаака (мусульмане зовут его Измаилом), а Мухаммед совершил путешествие на небо, будучи восхищен прямо с этого места. На стенах внутреннего двора изображены рельефы на религиозные темы, на них фараоны династии Птолемеев совершают ритуальные действия перед различными божествами. Здесь мы находим следы встречи различных религий, поскольку ранние христиане использовали двор в качестве церкви и, куда ни глянь, на стенах вырезаны кресты типичной коптской формы. Греческая надпись знаменует обращение языческого храма в христианскую церковь: «Сие благое дело сделал возлюбленный Господом епископ-настоятель Теодор. Крест победил и будет побеждать, во веки веков». Современные христиане последовали примеру своих предшественников и продолжили обезображивать храм: в 1841 году в нем на одной из дверей поместили большую надпись от лица папы Григория XVI.

Вестибюль (5) и передняя комната (7) ведут из внутреннего двора в святая святых (10). По обеим сторонам передней и святая святых находятся помещения, куда свет попадает только из тускло освещенных комнат, в которые они открываются. Там царит почти абсолютная темнота, но стены так же богато и искусно украшены скульптурными рельефами, как и хорошо освещенные части храма. На восточной стороне двери устроены таким образом, что жрец мог пройти в святое место, не проходя через переднюю. Здесь также есть выход на лестницу, ведущую на крышу святая святых (илл. XLVI).

В святая святых, в отличие от большинства святилищ, два окна, свободно пропускающие свет. Скульптурные изображения определенно говорят о верховном положении Исиды в храме, ибо на главной стене – той, что напротив двери, – изображена только она. Тем не менее не осталось ни одной ее статуи, так как все они, скорее всего, погибли в результате идолоборческого рвения христиан.

На крыше в каждом углу находятся утопленные в стену молельни, которые покрыты рельефами на религиозные сюжеты. Самая главная из четырех молелен расположена в юго-западном углу, где на одной стене изображены смерть и воскресение Осириса. Особенно интересен необычный эпизод собирания расчлененного тела Осириса. По легенде, убийца Осириса Сет разорвал его тело на куски и разбросал по всему Египту. Исида отправилась на поиски, нашла все его части и смогла, собрав тело мужа, вдохнуть в него жизнь. В данном случае над телом Осириса трудятся две богини, уже успевшие сложить ноги и нижнюю часть тела. На другой сцене бог в образе мумифицированного сокола, лежащего на похоронных дрогах, и на третьей лежит мертвый Осирис, а жрец поливает его водой, отчего из его тела вырастают цветы и другие растения. Это иллюстрация к гимну Осирису, где говорится, что он дает начало всему: «стеблям и листьям, тростнику, ячменю, пшенице и фруктовым деревьям».

С внешней стороны стены храма покрыты рельефами, изображающими императора Тиберия, приносящего человеческие и другие жертвы и стоящего в присутствии главных богов Филэ и сонма малых божеств. Как это характерно для всего храма, представлены только египетские боги, нет ни одного нубийского божества. Мандулису из Талмиса поставлена маленькая молельня у восточной колоннады, но в самом храме ему не поклонялись.

Остатки ограды (F) окаймляют восточную сторону храма. На западе она разрушена, единственное, что осталось с той стороны, – это ворота Адриана (G), каменный портал, через который попадали в вестибюль на храмовую территорию. Так как врата выходят на остров Бигэ, рельефы в основном повествуют об Осирисе. На главной сцене царь с ящиком на плечах, а Тот и Исида подходят к зданию с двумя дверями. За ними Нил с крокодилом, который несет Осириса на своей спине и плывет к груде камней, вероятно означающих остров Бигэ, где находилось особое место поклонения Осирису, известное под именем Абатон. Другая скульптура изображает фигуру нильского бога в пещере, окруженной змеей; это «тайная пещера», из которой, как считалось, вытекает река. Жрецы Филэ и Бигэ явно претендовали на то, что их острова являются источником великой реки, что умножало святость этого места.

Хотя на острове существовало значительное число малых храмов и святилищ, достойны упоминания только четыре. Это киоск, храм Хатор, храм Нектанеба и храм Арснуфис (Ири-хес-нефер).

Киоск, также известный как Фараоново Ложе, – небольшое открытое святилище, которое так и не было достроено. Четырнадцать колонн, соединенных простенками, окружают прямоугольное пространство без пола и потолка. Над лиственными капителями каждой колонны поднимается настолько высокая абака, что капитель кажется неким наростом на колонне; гладкий архитрав с выкружкой усугубляет странное впечатление и придает храму такой вид, будто крышу у него по неумению подняли на пол-этажа выше.