Культу крокодила присущи интересные особенности. Видимо, он был изначальным верованием всего Египта, кроме, может быть, Файюма, куда культ мог прийти из Дельты, поскольку Себек, файюмский бог-крокодил, звался сыном дельтской богини Нейт. В исторические времена Себек был верховным божеством Файюма, исключавшим всех других местных богов. В Верхнем Египте крокодила отождествляли с первобытным богом Сетом, и, когда культ Сета вызвал вражду со стороны поклоняющихся Осирису, крокодил как бог многих областей Египта приобрел дурную репутацию. Это животное само по себе достаточно опасно, чтобы вызывать почтительный страх. Умение лежать притаившись, неотличимым от бревна, выброшенного на берег реки, а затем молниеносно нападать, невероятная сила и крепкая шкура превращают его в коварного и грозного врага. Он одинаково хорошо чувствует себя как в воде, так и на берегу, преодолевает большие расстояния в обеих стихиях и в свирепости не имеет равных среди других хищников. Нет спасения тому, кто попал ему в пасть, будь то человек или зверь. Неудивительно, что, испытывая страх перед ним, племена, населявшие долину Нила в древности, пытались умилостивить его, как и многие другие первобытные люди, видимо полагая, что, став тотемом, животное перестанет пожирать их. До появления на Ниле паровых катеров река кишела крокодилами, которые взимали тяжкую дань с людей и животных. Участок реки между Сильсилем и Ком-Омбо был излюбленным местом этих тварей, и Фэрхолт говорит об «изобилии крокодилов, которыми здесь кишит река, так что можно увидеть, как они целыми выводками всех возрастов и размеров греются на солнечных песочных островках в середине реки». В Сильсиле до сих пор, как и в давние времена, протягивают цепь между двумя скалами, находящимися по обе стороны реки, говорят, что благодаря этой цепи задерживают крокодилов, не давая им пройти узкий пролив.

В мифе о Хоре Эдфу союзники Сета превратились в крокодилов, чтобы скрыться от ярости крылатого диска. В основе этой легенды лежат древние племенные войны, в результате которых местных крокодилопоклонников (Сет) победили племена соколопоклонников (Хор) Эдфу. Современный Ком-Омбо, хотя и был центром крокодилопоклонства в римские времена, это все же не Омб Ювенала. Город, о котором рассказывал Ювенал, находился у современной Накады, которая соседствует с Дендерой на севере и с древнейших времен была центром культа Сета.

Храм Ком-Омбо необычен – он двойной; восточная половина посвящена Себеку, западная Хору, и каждая сторона является как бы отражением противоположной, причем обе эти половины ничем не разделены. Большая часть храма лежит в руинах, но и по тому, что осталось, можно оценить красоту архитектуры Птолемеев. Здание стоит на невысоком холме, глядящем на реку, где Нил поворачивает с юга на запад. Сбоку на храм наступает песок, с другого его подмывает вода, обе стихии вместе оставили от сооружения, когда-то бывшего размером с дендерский храм, не более чем «великолепный торс». Фэрхолт замечает, что «течение здесь очень быстрое и сильно бьет о восточный берег». Поэтому сейчас храм стоит у края воды, хотя строился на некотором расстоянии от нее; русло Нила явно несколько изменилось, и река залила равнинный участок ниже здания.

Во многих местах со стороны берега до сих пор сохранилась кирпичная ограда. Ее прерывают каменные ворота, на восточной стороне которых находятся картуши Хатшепсут и Тутмоса III, сообщая, что большой храм стоял на этом месте уже во времена XVIII династии.

Так как входной пилон практически исчез, снесенный рекой, посетитель попадает прямо во внешний двор (А). Двор сильно разрушен; от крытой колоннады с трех сторон остались только фрагменты. Когда-то в середине двора стоял алтарь, теперь на его место указывает квадратное основание с гранитными желобами для стока крови жертвенных животных. От двора начинается внешняя галерея (В), окружающая часть храма, предназначавшуюся для совершения таинств.

В гипостильный зал (С) с десятью колоннами с внешнего двора ведут четыре двери (илл. XL, 1, XLI). Четыре колонны на востоке посвящены Себеку, четыре на западе Хору, а две в середине поровну обоим богам. Капители являются прекрасными образцами лиственных капителей эпохи Птолемеев. Кроме того, они интересны тем, что орнамент на них не завершен; сам этот факт указывает на то, что художники этого позднего времени следовали обычаю своих далеких предков: они устанавливали необработанный камень в нужное место и там уже покрывали его резьбой. Этот метод известен еще со времен пирамиды Джосера, где найдены незаконченные капители. Подобное можно увидеть и в скальных гробницах Тель-эль-Амарны и на Филэ. Потолок зала украшен летящими коршунами, которые защищают раскрытыми крыльями царя – основателя храма, архитравы покрыты орнаментом, изображающим звезды. Сцены на стенах носят исключительно религиозный характер и изображают Эвергета II и царицу Клеопатру во время приношения даров богам. От этого зала начинается внутренняя галерея (D), окружающая второй гипостильный зал (Е), три передние комнаты (F, G, Н) и две святая святых (I). Внутренний гипостильный зал ниже, чем внешний; в нем тоже десять колонн с лиственными капителями, а стены покрыты рельефами. Во всем храме скульптуры и надписи покрыты яркими красками, что говорит о том, что художники эпохи Птолемеев, подобно своим предшественникам эпохи фараонов, считали цвет одним из главных средств декорирования. Внутренний гипостильный зал сильно разрушен, крыши больше нет, а внешние стены рухнули. От былого великолепия трех передних комнат и двух святилищ осталось немногим более фундамента.

Внешняя галерея украшена обычными сценами приношений, единственная интересная особенность – это изображение нескольких хирургических инструментов, что наводит на мысль, что когда-то храм был центром врачевания. Внутренняя галерея имеет особое значение, в северном ее конце находятся шесть комнат, являвшихся, возможно, малыми святилищами, которые предполагалось украсить расписанной скульптурой, что так и не было завершено, так что рельефы находятся здесь на разных стадиях проработки. Особенно интересна центральная камера, расположенная на оси здания, в ее полу проделан обычно закрытый камнем лаз, ведущий в разделяющий два святилища подземный коридор под стеной. Коридор через отверстие в потолке соединен с другим коридором в толще той же стены, а отверстие в потолке второго коридора ведет в третий коридор, находящийся на еще более высоком уровне; другими словами, в одной стене есть коридоры трех уровней, один над другим, совершенно скрытые от посторонних глаз и тайный вход в которые могли знать только жрецы. Эти факты указывают, что коридоры использовались для того, чтобы поразить невежественных крестьян, приходивших поклониться в храм, и заставить их поверить в чудесные голоса и видения. Жрец мог войти в комнату позади святилища и затем неожиданно появиться над третьей передней комнатой, как бы пройдя сквозь толщу крыши и стен; еще он мог говорить в одном из святилищ, оставаясь невидимым, и таким образом пророчествовать от имени бога. Это простое объяснение тайны, окружавшей богов Ком-Омбо, скорее всего, имеет отношение к так называемым чудесам в священных местах многих религий.

На террасе, через которую когда-то входили в большой храм, в юго-западном ее углу, стоит небольшой храм Рождения. Он настолько разрушен, что от стен и орнамента практически ничего не осталось. По остаткам видно, что основателем храма был Эвергет II. Так как большой храм посвящен сразу двум равноправным богам, их супруги тоже считались равными, так что божествами храма Рождения могли быть Хатор и Хонс-Хор, которого связывали с Себеком, или же они могли быть Доброй Сестрой и Господином Обеих Земель – супругой и сыном Хора. К сожалению, неизвестно, кому посвящен храм Рождения, хотя это могло бы пролить свет на связь двух богов в храме и открыть причину такого двойного культа.