В 1308 году, вслед за «официальным» упразднением ордена тамплиеров Папой Климентом, прецептория в Балантрадохе была отдана рыцарям Св. Иоанна. Эта передача собственности в действительности произошла потому, что эта часть страны находилась в тот момент под контролем англичан. Рыцари Св. Иоанна существенно перестроили церковь, придав ей более традиционную прямоугольную форму, а прочие здания прецептории постепенно пришли в запустение. Однако в остальном жизнь продолжалась совершенно так же, как при тамплиерах.

Тот факт, что два шотландских рыцаря, брат Уолтер де Клифтон и Уильям де Миддлетон, допрашивались епископом Сент-Эндрюским и папским капелланом Джоном Соларио в церкви Холи-Кросс в Эдинбурге по поводу так называемых проступков тамплиеров, не оказал никакого влияния на дальнейшее расформирование ордена. Этот допрос не выявил никаких фактов криминального или еретического характера. Во всей остальной Шотландии роспуск ордена также не повлек за собой особых последствий. Англия и Шотландия находились в состоянии войны, Роберт Брюс был отлучен от Церкви, и в конечном итоге значительное число тамплиеров бежало в Шотландию, чтобы избежать преследований. Эти рыцари прибывали с шотландских границ, из Англии, а многие с континента (на кораблях ордена). В настоящее время считается признанным тот факт, что значительная группа рыцарей тамплиеров приняла участие в битве при Бэннокберне на стороне Роберта Брюса и сыграла важную роль в победе шотландского войска.

Принц Чарльз Стюарт был избран Великим Магистром ордена в 1745 году и занимал этот пост до своей смерти в 1788 году, несмотря на то что он и большая часть тамплиеров бежали во Францию после битвы при Куллодене в 1745 году. Именно в этот период начали устанавливаться более тесные связи с масонами, существовавшие уже с конца XV века.

Джонстон Стивен, касаясь вопроса о тамплиерах в «Кокпен Базар Бук» (1897), пишет: «В одном из сочинений де Квинси есть детальный разбор гипотез, которые выдвигались различными авторами относительно ритуалов и обычаев тамплиеров. Некоторые из этих авторов пытались доказать, что обряды современного масонства являются или продолжением ритуалов тамплиеров, или, по крайней мере, содержат их следы». Тот же автор утверждает, что в конце XIX века все еще были в ходу документы, в которых в качестве владельцев земли упоминались тамплиеры.

После Акта Реформации 1535 года (во время правления Генриха VIII) рыцари Св. Иоанна потеряли контроль над Балантрадохом. Помещение церкви было расширено с тем, чтобы сделать его более «пригодным» для протестантской службы, а к западной части была пристроена галерея. В 1618 году Балантрадох был переименован в приход Темпл и объединен с древним Кларкингским приходом и часовней Мортвейт (также известной под названием Муирфут, или Морфет). Церковью затем продолжали пользоваться до XVIII века, когда неподалеку от нее была построена новая.

Преподобный Джеймс Голди в конце XVIII века писал об уменьшении числа прихожан в этом приходе. Между 1723 и 1733 годами в среднем в год происходило 31,5 крещений, 6,5 венчаний, и 33,5 похорон. Между 1784 и 1794 годами за год в среднем проводилось 15,5 крещений, 1,5 венчаний и 16 похорон. Сокращение прироста населения бросается в глаза. Местные жители в то время были по-прежнему главным образом заняты «сельскохозяйственными работами и разведением скота».

Эта церковь в плане представляет из себя простой прямоугольник: 55 футов в длину и 17 футов 9 дюймов в ширину. Большая часть современной постройки датируется периодом после 1312 года, когда рыцари Св. Иоанна получили во владение Балантрадох по указу Папы Климента V (вслед за расформированием ордена тамплиеров). Церковь стоит на месте старой церкви тамплиеров, и, без сомнения, какие-то части современной постройки сохранились еще с XIII века.

После Реформации (1535) рыцари-госпитальеры также утратили право собственности на эту церковь, и она была переделана для целей протестантского богослужения. С западной стороны здание было удлинено на 17 футов, вместе с галереей вдоль западной стены, войти в которую можно было через люк. Тогда же была пристроена не вполне подходящая по стилю колокольня с восточной стороны и пробиты две боковые двери.

В первоначальном здании осталось пять окон. Исполненное в прекрасном стиле восточное окно задает тон всей этой стороне церкви. В северной и южной стенах имеются окна с ажурными переплетами, хотя западное окно в северной стене было заложено, следы чего можно увидеть с внутренней стороны здания. Кроме того, есть два узких стрельчатых окна на северной и южной стенах ближе к западной стороне первоначального здания. Над всеми этими окнами устроены козырьки, заканчивающиеся резными розами.

В северной стене, рядом с увенчанной трилистником дверью ризницы, имеется небольшой придел со сводчатым потолком, теперь заброшенный, который, как предполагают, был могильным склепом. Почти что напротив, на южной стене, находятся остатки сводчатой беседки – два места для сидения с аркой в виде трилистника над каждым из них. Здесь можно увидеть умывальницу, теперь находящуюся в плохом состоянии. Она представляет из себя чашу со стоком, в которой в течение службы в назначенное время омывались руки.

Более старая часть церкви имеет несколько изящных опор, подчеркивающих красоту здания. Они сосредоточены на восточной и южной сторонах церкви. Похожие опоры находились ранее на обеих, северной и южной, стенах, но теперь остались только две опоры на южной. Вполне возможно, что тесаный камень, которым были облицованы недостающие опоры, был использован для строительства западной части церкви.

Фронтонные стороны церкви также представляют интерес. На более старой восточной стороне была пристроена колокольня, и на камне имеются следы от веревки колокола. Справа, под тем местом, где находился колокол, на камне высечена надпись, предположительно состоящая из следующих заглавных латинских букв:

VAE SAC IMI. H.M

Некоторые историки считают, что эта надпись сохранилась от более раннего римского строения, находившегося на этом месте. Однако кажется более логичным, что она датируется более поздним периодом (возможно, после 1312 года, когда сюда пришли рыцари-госпитальеры). В «Иллюстрированном гиде по архитектуре Мидлотиана» (1995) эта надпись интерпретируется так:

Vienne Sacrum Militibus Johannis Hierosolymitani Melitensibus

Это переводится следующим образом: «От Священного Венского Совета Рыцарям Св. Иоанна Иерусалима и Мальты».

Позднее, в 2001 году, был предложен другой перевод, автором которого был исследователь Джеф Нисбет, считающий, что эта надпись связана с верой тамплиеров в священный род, происходящий от Иисуса и Марии Магдалины, и, возможно, с путешествием Генри Сен-Клера в Америку.

Под камнем с надписью находится истертое от непогоды круглое и выпуклое украшение из песчаника, значение которого трудно угадать. Более «новый» фронтон в западной части здания увенчан тамплиерским крестом, предположительно взятым со старой церкви и возвращенным на пристроенную часть.

В восточном конце северной стены есть два любопытных предмета. Под окном там находится обветшавшая могила конца XIV века, а рядом с ней в той же стене, но несколько выше находится специальный выступающий карниз (указывающий на то, что в этом месте, вероятно, стоял какой-то монумент или гробница).