Затем пути Бонапарта и Мену на какое-то время разошлись. Герой вандемьера отправился командовать Итальянской армией, во главе которой завоевал славу и популярность. Мену же остался в Париже обивать пороги чиновников в поисках нового назначения. Когда увенчанный лаврами Бонапарт вернулся во Францию, чтобы в начале 1798 г. приступить к подготовке Египетской экспедиции, Мену все еще находился в положении докучливого, но безуспешного просителя. Предложенная ему Бонапартом должность командующего одной из пяти дивизий будущей Восточной армии стала для Мену настоящим подарком судьбы. Правда, рядом со своими коллегами он смотрелся весьма бледно: Жан-Батист Клебер, Луи Шарль Антуан Дезе, Луи Андре Бон и Жан-Луи-Эбенезе Рейнье хотя и были младше его по возрасту и по времени производства в чин дивизионного генерала, имели за плечами большой боевой опыт и уже не раз добивались громких побед. Главным же, если не единственным, достоинством Мену была преданность Бонапарту, что, видимо, и побудило последнего взять его с собой.

Удивительно, но и в Египте Мену не удалось толком повоевать. В первом же бою - при штурме Александрии - ему со стены на голову сбросили камень. Получив легкую контузию, Мену был оставлен Бонапартом поправлять здоровье на посту командующего военным округом Розетты. Завоевание Египта прошло без его участия.

В Розетте Мену неплохо прижился. Обстановка в этом богатом торговом порте, расположенном при впадении в Средиземное море западного рукава Нила, была довольно спокойной. Англичане и турки практически не тревожили с моря город и его окрестности, в отличие от того, что происходило в Александрии или Дамьетте. Имея массу свободного времени, Мену с энтузиазмом изучал экономические ресурсы региона, излагая результаты своих исследований в мемуарах, предназначенных для главнокомандующего. Горячий сторонник превращения Египта во французскую колонию, Мену прекрасно находил общий язык с местными шейхами и выказывал подчеркнутое уважение к исламу и связанным с ним обычаям. 20 октября 1798 г. Бонапарт расширил зону его ответственности, включив в нее Александрию и провинцию Бухайра, расположенную южнее Розетты. Тем не менее и после этого Мену продолжал держать свою штаб-квартиру в обжитой им Розетте.

Отправляясь в Сирийскую экспедицию, Бонапарт вызвал Мену в Каир, чтобы назначить комендантом столицы, а фактически - своим временным заместителем. Однако появление под Александрией английских военных кораблей дало Мену уважительный предлог остаться в Розетте. Пришлось Бонапарту поручить командование в Каире генералу Шарлю Франсуа Жозефу Дюга, сначала временно - пока не прибудет Мену, а затем и постоянно, поскольку Мену так и не прибыл.

Вскоре выяснилось, что задержали его в Розетте дела не только служебные, но и личные. Пришли вести, что генерал Мену женился на египтянке Ситти Зубейде, дочери владельца городских бань. Свою избранницу он описал таким образом в послании от 23 марта 1799 г. коменданту Александрии генералу Огюсту Фредерику Луи Мармону: «Она высокая, сильная и в целом правильно сложена. У нее очень красивые глаза распространенного в этой стране оттенка; волосы длинные и черные, как смоль; она хороша». И по отцу, и по матери Зубейда была потомком Пророка, и, чтобы брак стал возможным, жениху пришлось торжественно отречься от христианства и принять ислам. При обращении он выбрал себе новое имя Абдулла, и впредь стал подписываться «Абдулла-Жак Мену». Как правоверный мусульманин, он отныне регулярно посещал мечеть.

Тем временем французская армия очистила от неприятеля Палестину и осадила Акру. Полагая, что Сирия, в которую тогда входили эти области, у него уже в руках, Бонапарт вызвал Мену, чтобы назначить губернатором новой провинции. На сей раз Мену все же успел выехать к месту новой службы, правда, весьма неспешно. Он сообщил дивану Розетты о своем отъезде только 10 мая - в тот самый день, когда французские войска под Акрой в последний раз пошли на штурм крепости, после неудачи которого Бонапарт принял решение возвращаться в Египет. И вот, когда отступающие французские части пересекали египетскую границу, им и повстречался генерал Мену, неторопливо ехавший управлять Сирией. Правда, и теперь опоздание сошло ему с рук. Бонапарт ограничился тем, что временно сослал его на «край света» - отправил с инспекцией в захваченный в самом начале Сирийской экспедиции приграничный форт Эль-Ариш.

Впрочем, 25 июля 1799 г., когда Бонапарт разгромил при Абукире высадившуюся с кораблей турецкую армию Саида Мустафы, паши Румелии, Мену уже снова находился в Розетте. Срочно вызвав его оттуда, Бонапарт доверил ему победно завершить кампанию, взяв всё еще удерживаемый турками форт Абукир. Задача была не из сложных. Все необходимые распоряжения об осадных работах сделал предшественник Мену на этом месте генерал, Жан Ланн, до того как получил ранение, вынудившее главнокомандующего заменить его. К тому же руководить осадой генералу Мену помогал молодой, но уже опытный командир Луи-Николя Даву. 2 августа форт Абукир пал. На боевом счету Мену появилась первая победа. Очевидно, Бонапарт поручил ему это совершенно беспроигрышное дело для того, чтобы хоть немного поднять в армии крайне низкий авторитет своего приверженца.

Разумеется, этого всё равно было недостаточно для того, чтобы Мену тогда мог претендовать на что-либо большее, нежели на командование округом. Однако для выполнения той задачи, которую перед ним ставил патрон, иного и не требовалось. Своей преданностью Бонапарту генерал Мену заслужил право стать его доверенным лицом, своего рода душеприказчиком, при передаче руководства армией преемнику, поскольку Бонапарт «не успел» (а точнее, не захотел) провести эту процедуру непосредственно, из рук в руки. По выполнении же этой задачи на Мену, судя по его дальнейшему поведению, похоже, возлагалась функция «ока» Бонапарта в Египте, ибо он имел право напрямую, через голову нового главнокомандующего, сообщать предыдущему обо всем, что происходит в Восточной армии.

Вероятно, именно такие задачи на будущее Бонапарт и поставил своему подчиненному вечером 22 августа 1799 г. во время их беседы на берегу Средиземного моря. Там же он вручил Мену объемистый пакет документов, который тот должен был передать новому главнокомандующему через 48 часов после отъезда нынешнего. Самому же Мену Бонапарт поручил впредь командовать сразу тремя военными округами - Розеттой, Александрией и провинцией Бухайра.

Тем временем стемнело, и в импровизированном лагере началось активное движение. Подойдя к кромке моря, люди напряженно ждали, когда появятся шлюпки с двух французских фрегатов, еще засветло бросивших якоря на рейде. Ночь выдалась безлунной. А потому с берега пришлось подавать световые сигналы, поджигая пороховые запалы. Эжен Мерлен, служивший в Египте адъютантом Бонапарта и сопровождавший его в том путешествии, много лет спустя вспоминал:

«Прибыли шлюпки, и все, без различия званий и рангов, кинулись к ним по колено в воде, спеша погрузиться, так велико было нетерпение и так страшно было отстать от остальных. Все старались первыми попасть на погрузку и отталкивали друг друга без церемоний и стеснения. В результате между офицерами штаба вспыхнуло несколько ссор, которые были тут же забыты, когда мы прибыли на фрегаты».

В этом исходе, моментами напоминавшем паническое бегство, помимо самого главнокомандующего участвовали генералы Антуан Франсуа Андреосси, Иоахим Мюрат, Ланн, Мармон, начальник штаба армии генерал Бертье, адъютанты командующего, две сотни гидов, а также ряд гражданских лиц, которых Бонапарт счел необходимым забрать с собою. Мало в каком сражении армия несла такие потери в командном составе, как в результате этой поспешной эвакуации.