И все же Майнц по-прежнему остался для французов камнем преткновения. Главнокомандующий Рейнско-Мозельской армией генерал Пишегрю, установивший к тому времени тайные связи с французскими роялистами, саботировал все усилия по активизации совместных действий двух армий. Австрийцы умело воспользовались предоставленной им паузой, перегруппировали силы и 11 октября перешли в контрнаступление, вынудив Самбро-Маасскую армию начать поспешное отступление на север, а затем - на левый берег Рейна.

Уходя от неприятеля, войска Клебера должны были перейти на левый берег по понтонному мосту в Нойвиде, однако досадная случайность едва их не погубила. Командовавший арьергардом генерал Марсо проявил излишнюю поспешность, приказав саперам спалить стоявшие у правого берега лодки, чтобы те не достались противнику. Горящие лодки понесло течением к понтонному мосту, который они в результате и сожгли. Путь через реку оказался отрезан. Марсо в отчаянии от содеянного попытался застрелиться, но Клебер остановил своего порывистого друга и хладнокровно приказал ему готовить войска к обороне. Затем эльзасец вызвал командира понтонеров и спросил, сколько времени нужно для постройки нового моста. - «Двадцать четыре часа», - ответил тот, на что Клебер заявил: «Даю вам тридцать, но за результат ответите головой». Французские войска развернулись в боевой порядок. Однако австрийцы, зная, что имеют дело с Клебером, так и не решились их атаковать на протяжении всех 30 часов. Следующей же ночью французские части спокойно переправились на левый берег по новому мосту.

После вынужденного ухода войск Журдана с правого берега австрийцы бросили все свои силы против Рейнско-Мозельской армии, поставив ее на грань краха из-за злонамеренного бездействия Пишегрю. 12 ноября Клебер получил распоряжение правительства временно возглавить Рейнско-Мозельскую армию, пока Пишегрю съездит в столицу за новыми инструкциями. Клебер отказался, сославшись на болезнь и на то, что «подобное бремя превышает его силы». Правда, когда Журдан в начале 1796 г. отправился в Париж, Клебер вполне успешно подменял его на посту главнокомандующего Самбро-Маасской армией в течение нескольких недель.

В кампанию 1796 г. Клеберу опять доверили командовать левым крылом Самбро-Маасской армии, которому отводилась решающая роль в предстоящем летнем наступлении. Отчасти план действий повторял тот, что был реализован предыдущей осенью, за исключением первой фазы: теперь Клеберу уже не надо было форсировать Рейн, поскольку его войска и так стояли в Дюссельдорфе. В остальном же ему предстояло действовать по ранее отработанной схеме: идти на юг, очищая правобережье Рейна от неприятеля, чтобы дать возможность переправиться через реку главным силам Журдана. Наступление началось 1 июня 1796 г. Клебер во главе двух подчиненных ему дивизий успешно выдвинулся на юг и 4 июня в сражении у Альтенкирхена нанес поражение австрийской армии Нижнего Рейна, вынудив ее отступить с большими потерями. Это позволило беспрепятственно форсировать реку и остальным частям Самбро- Маасской армии.

Однако после нескольких дней успешного наступления французов вглубь вражеской территории ситуация резко переменилась. Командовавший австрийской армией Верхнего Рейна эрцгерцог Карл воспользовался тем, что Рейнско-Мозельская армия генерала Ж. В. Моро задержалась с наступлением, бросил все свои силы против Журдана. Обладая полуторным численным преимуществом, Карл 15 июня нанес ему поражение у Вецлара и отбросил основные силы Самбро-Маасской армии на левый берег Рейна.

Клебер остался на правом берегу один против многократно превосходивших его сил неприятеля. Он ускоренным маршем повел свои части обратно к Дюссельдорфу, но 19 июня был атакован австрийцами у Кирхгайма. Французы успешно отбили атаку неприятеля, попытались контратаковать, но, натолкнувшись на упорное сопротивление, не стали ввязываться в продолжительный бой и отошли со значительными потерями. В дальнейшем обе стороны приписали победу себе: французы - потому что отразили первоначальную вражескую атаку, австрийцы - потому что в итоге поле боя осталось за ними.

Как бы то ни было, после трех недель кампании Самбро-Маасская армия вновь очутилась на исходных позициях. И только когда двинувшаяся, наконец, на восток Рейнско-Мозельская армия оттянула на себя войска эрцгерцога Карла, Журдан вновь смог форсировать Рейн. На левом крыле его армии дивизии Клебера выступили 28 июня 1796 г. из Дюссельдорфа и уже 16 июля заняли Франкфурт- на-Майне.

31 июля Журдан из-за болезни опять временно передал свои полномочия Клеберу. Под командованием последнего Самбро-Маасская армия 4 августа заняла стратегически важный город Бамберг, а 7 августа нанесла поражение австрийцам при Форххайме. После этих побед Клебер вернул выздоровевшему Журдану бразды правления и, считая, что положение армии вполне устойчиво, сам взял краткий отпуск для поправки здоровья.

После возвращения он, однако, обнаружил, что в его отсутствие ситуация радикально изменилась в худшую сторону. Воспользовавшись нежеланием Моро и Журдана координировать свои действия, эрцгерцог Карл сосредоточил против Самбро-Маасской армии основные австрийские силы, значительно превосходившие ее по численности. Узнав об этом, Журдан начал отступать. Клебер, возмущенный тем, что армия столь легко уступает противнику стратегическую инициативу, подверг решения главнокомандующего острой критике. Отношения между прежними друзьями быстро ухудшались. Конфликт зашел так далеко, что в конце августа Клебер подал в отставку. В его отсутствие Журдан 3 сентября 1796 г. потерпел тяжелое поражение от эрцгерцога Карла под Вюрцбургом, после чего Самбро-Маасская армия безостановочно покатилась на запад и остановилась только на левом берегу Рейна. Следом пришлось отступить и Рейнско-Мозельской армии.

Из-за неудач в кампании 1796 г. Директория Французской республики сняла Журдана с поста главнокомандующего, заменив его генералом П. Р. Бёрнонвилем. Тому предстояло полностью реорганизовать армию, утратившую боеспособность, и он обратился к Директории с просьбой вернуть Клебера. На соответствующее предложение Клебер согласился, получив пост командующего центром и правым крылом Самбро-Маасской армии. Впрочем, вскоре Директория изменила свое решение: Бёрнонвилю поручили возглавить Северную армию, а новым главнокомандующим Самбро- Маасской армией назначили Клебера. Тот, по своему обыкновению, отказался. Правда, ему из-за нездоровья Бёрнонвиля всё же пришлось в течение января 1797 г. единолично руководить всей Самбро- Маасской армией. Предприняв за этот срок необходимые меры по ее восстановлению, он передал армию вполне боеспособной новому главнокомандующему - Моро и, наконец, ушел в отставку, как он полагал, теперь уже бесповоротно. В письме Моро от 13 января 1797 г. Клебер сообщал:

«Я покидаю армию 20 января: ни мое здоровье, ни та горечь, что переполняет мою душу, не позволяют мне служить моей родине на военном поприще, и меня очень огорчило бы, если бы Директория предприняла какой-либо демарш, пытаясь меня удержать. Мои лошади и снаряжение уже проданы, и я испытываю абсолютную потребность в отдыхе».

Разумеется, причиной столь неожиданной отставки и добровольного ухода с вершин славы в глухую безвестность частной жизни не могло быть одно лишь состояние здоровья. Ссылки на таковое считались у старших офицеров и генералов революционной армии вполне уважительным предлогом для отхода от дел, когда что-либо по службе шло не так, но редко бывали истинной причиной ухода из армии. Когда дела шли хорошо, на здоровье обычно никто не жаловался. Так, генерал Луи-Лазар Гош, вскоре сменивший Моро во главе Самбро-Маасской армии, к тому моменту был уже неизлечимо болен туберкулезом, но так и не покинул поста главнокомандующего до самой смерти. Впрочем, Клебер, как можно видеть из его письма Моро, и не сводил причины своего ухода исключительно к болезни, а упоминал также о «горечи, переполняющей душу». Чем она была вызвана? Возможно, отчасти это объясняет его письмо Бёрнонвилю от 28 сентября 1796 г.: