О беспорядках в академии доложили самому императору. Тот сразу же отдал приказ наказать зачинщиков и принять все меры для того, чтобы предупредить уличные беспорядки.

Арестовали семерых студентов. Их товарищи стали проводить сходки, требуя освободить задержанных. Эти собрания немедленно разгоняли жандармы.

Особое внимание к делу привлекало то, что Медико-хирургическая академия подчинялась военному ведомству. Д. И. Милютин, военный министр, напрямую курировавший академию, решил замять дело, не поднимая особого шума. В итоге все арестованные студенты были отпущены.

Шел 1875 год. Катя Зенькова, о браке с которой мечтал Николай Кибальчич, окончила епархиальное училище. Это было женское учебное заведение, выпускницы которого могли работать домашними и сельскими учительницами. Но жениться на Кате хотел не только Кибальчич, но и племянник местного викарного епископа Костя. Викарий Серапион лично побеседовал о желании своего племянника с отцом девушки. Тот не смог открыто отказаться и в ответ на предложение ответил, что пока Катя еще очень молода, но к обсуждению вопроса о браке можно вернуться через год. На самом же деле Катин отец уже дал согласие на ее брак с Николаем Кибальчичем.

Это было не единственное препятствие к браку Кати и Николая. Еще одной причиной, усложнявшей возможность обвенчаться, было то, что они являлись дальними родственниками. В таких случаях требовалось разрешение викария. Было очевидно, что викарий Серапион, к которому надлежало обратиться, не даст разрешения на брак Кати Зеньковой с кем-либо, помимо своего племянника. Отец Кибальчича вместе с отцом девушки решили, что после отказа викария и архиерея они подадут прошение в Синод. Муж сестры Николая Кибальчича был там присяжным поверенным и наверняка мог помочь получить разрешение на брак дальних родственников. Но было еще кое-что: Катин отец был крестным отцом Кибальчича, что было намного более серьезным препятствием для брака. Этот факт необходимо было скрыть.

На лето 1875 года Николай поехал на Украину, в село Жорнище, к своему дяде – священнику Наркиссу Олтаржевскому. Наркисс был дальним родственником Кибальчичей – сестра матери Николая много лет назад вышла за него замуж.

Через некоторое время к Николаю Кибальчичу в Жорнище приехал погостить его товарищ по академии. Хозяевам он представился как Николай Сергеевич Тютчев. Друзья близко общались со многими крестьянами, старались поближе ознакомиться с их жизнью и заслужить доверие. Завязав более тесное знакомство с жителями села, молодые люди начали вести революционную пропаганду. Так, Кибальчич привез из Петербурга несколько экземпляров «Сказки о четырех братьях и их приключениях» и пытался распространить это произведение в среде крестьян. Эта сказка под авторством Льва Тихомирова использовалась народниками для пропаганды их идей в крестьянской среде и была запрещена правительством.

Вскоре товарищи-студенты уехали из Жорнища, оставив крамольное произведение ходить по рукам. В конце концов оно дошло до пономаря местной церкви. Прочитав, он понял, что эта сказка отнюдь не невинна и направлена против правительства, и передал ее священнику. Тот, в свою очередь, отправил ее митрополиту, митрополит – губернатору, губернатор – прокурору. В итоге было заведено следствие, показавшее, что брошюру в Жорнище привез не кто иной, как Кибальчич.

А Кибальчич тем временем готовился к женитьбе на Екатерине Зеньковой. Не забывал о ней и племянник викария. Узнав, что Катя выбрала другого, он, ревнуя, стал думать, как расстроить их брак. Знакомый священник, родственник Зеньковых, помог ему в этом, сообщив викарию, что Николай Кибальчич является крестным сыном отца своей невесты. Это сделало брак невозможным.

Молодые люди получили отказ на просьбу о браке именно из-за духовного родства.

Кибальчич уехал в Петербург и погрузился в учебу. Больше он не думал о женитьбе, а на расспросы друзей о том, почему он одинок, отвечал: «Женщины любят, чтобы за ними ухаживали, а я этого не умею, да и некогда мне».

В октябре 1875 года курсистка Вольхина, знакомая Кибальчича, попросила его сохранить у себя тюк с нелегальной литературой. Николай, никогда не отказывавший в просьбах, не отказался и в этот раз.

На следующий день Кибальчича вызвали в полицейский участок. Было ясно, что там узнали о крамольных произведениях, которые он взял на хранение. Николай поспешил домой, чтобы поскорее избавиться от опасного тюка с книгами. Подойдя к дому, молодой человек понял, что опоздал: уже шел обыск. Бежать Кибальчич не стал. Он поднялся в свою квартиру.

Как оказалось, полиция решила провести у Николая обыск вовсе не из-за этих книг, а из-за дела, заведенного на него в Жорнищах. Но на этот раз объем крамольной литературы, найденной у Кибальчича, в сотни раз превосходил то, что было в жорнищевской истории.

Обо всем произошедшем было немедленно доложено императору Александру. Кибальчич был арестован. На допросе он заявил, что понятия не имеет, откуда у него взялись запрещенные книги.

Среди найденного во время обыска особо примечателен перевод «Манифеста коммунистической партии» Маркса и Энгельса – программное произведение коммунистов, рассказывающее об их целях и задачах. Этот перевод был выполнен на высоком уровне, и велика вероятность, что его автором был сам Кибальчич, прекрасно владевший несколькими языками.

Обложка «Манифеста коммунистической партии» Маркса и Энгельса.

«Арест пропагандиста». Художник И. Е. Репин.

Советская марка к 100-летию «Манифеста коммунистической партии».

Кибальчич пробыл в тюрьме месяц. Полицейские приходили и к студенту Тютчеву, именем которого назвался товарищ Кибальчича, распространявший вместе с ним в Жорнище нелегальную литературу. Однако Тютчев доказал, что тем летом находился в другом месте. До сих пор неизвестно, кто тогда все же приезжал в Жорнище к Николаю.

Кибальчича отправили в Киев по запросу киевской жандармерии, которая занималась ведением дела. В Третьем отделении Кибальчичу при отправке дали следующую характеристику: «…подозрительная, дерзкая личность; данные им в разное время показания оказались ложными».