Из-за неприязненных отношений между самозванцем Альварадо и лицами, занимавшими определенные должности, коими были Писарро и Альмагро, у нас есть записи о жестоком обращении с индейцами со стороны конкистадоров Альварадо. Альмагро провел судебное расследование, расспросив кое-кого из его людей, бывших в составе экспедиции, о жестокостях, свидетелями которых они были. Их ответы были посланы в Испанию, чтобы дискредитировать Альварадо в глазах короля Карла и уронить его во мнении двора. В прибрежных городках Сарапото, Манта и Портовьехо «индейцы приглашали испанцев в свои дома и выходили к ним с пищей и кукурузой для их коней… И несмотря на это, испанцы подвергли эти города разграблению, а свидетель [Эрнандо Варела] видел, как мужчин, женщин и детей заковывали в цепи и, связанных веревками и цепями, пригоняли в лагерь». Диего де Вара утверждал, что видел, как многие из этих захваченных силой работников умирали по дороге в Кито: «Некоторых убивали ударом меча, других закалывали, а третьи умирали под непосильным грузом, который они несли». Значительно большее число индейцев погибло на скованных снегами перевалах, как и предсказывал Баррионуэво: «Индейцы, которых взял с собой Альварадо, почти все умерли, хотя их было очень много». Педро де Альварадо был лично виновен в том, что повесил самого могущественного вождя на побережье, правителя Манты и Портовьехо, по необоснованному подозрению в том, что тот подстрекал индейцев к побегу. Педро Брабо вспоминал, что «когда его вели вешать, он громко кричал, зовя командующего [Альварадо]. Но я не знаю, почему они повесили его. Правда, был слух, что он подговаривал других местных индейцев к восстанию. Я слышал, как об этом говорили командующему Альварадо, но я не знаю, действительно ли этот вождь был виновен в этом, потому что с нами не было переводчика, через которого его можно было бы правильно понять…» По словам этого свидетеля, он также видел, как правителя города Чонанан затравили собаками, а другого индейца сожгли живьем; испанцы неоднократно сжигали и пытали индейцев, чтобы им показали дорогу. Такие жестокости были обычным делом, когда какой-нибудь отряд безжалостных искателей приключений вторгался в такую неизведанную страну. Но многие участники этих походов были возмущены тем, что они видели, и такие случаи считались настолько позорными, что о них докладывали королю.

Индейцы не перестали оборонять провинцию Кито, несмотря на то что их ответное нападение на сам город потерпело неудачу. Хотя Альмагро и добрался до Кито, но три других испанца, которые попытались поехать следом, были убиты. Когда он вместе с отрядом Беналькасара вышел из Кито, чтобы отправиться на побережье, они столкнулись с продолжающимся противодействием индейцев. Произошли вооруженные стычки в долине Чильо и на правом берегу реки Пинты. Когда испанцы добрались до Лирибамбы на реке Чамбо, они увидели, что проход обороняют воины: Они заняли позицию на дальнем берегу реки, вызывая испанцев на бой. Индейцы-каньяри горели нетерпением показать, как они готовы расправиться со своими врагами-инками. Они бросились в воду, и около 80 из них утонули. Для более слабых лошадей испанцев течение также оказалось слишком сильным, и им пришлось повернуть назад. Но дюжина лошадей все-таки достигла противоположного берега и рассеяла оборонявшихся. «Они убили неисчислимое количество индейцев; а индейцы, которые служили христианам и были вместе с ними, устроили врагам страшную резню». Пленники, захваченные в этом бою, сообщили Альмагро о приближении соперников испанцев, армии Альварадо.

Хотя индейцы и продолжали вести боевые действия, им не хватало сплоченности, которая могла бы возникнуть вокруг лидера королевской крови, и их борьба разбивалась на отдельные очаги сопротивления. Вождь Риобамбы встал во главе своих соплеменников, пытавшихся оборонять переправу через реку у Лирибамбы. Сопе-Сопауа отступил со своей армией к укреплению на холме неподалеку от Сикчоса. Руминьяви все еще сохранял командование над остатками регулярной армии инков в районе Кито, но был в поисках подходящего укрепления, чтобы продолжить оборону. В конечном счете он укрепился на практически недоступной горе рядом с Пильяро. А тем временем армия Кискиса, которая была изгнана в июне из района Бомбон-Уануко отрядом де Сото, двигалась на север через Кахамарку и далее к Кито.

Достигнув гор, Педро де Альварадо стал перемещаться на север по королевской дороге, уныло следуя отпечаткам копыт, которые оставили лошади испанцев, уже достигших Кито. Он узнал, что Сопе-Сопауа укрепился в Сикчосе на его левом фланге, и приготовился выступить против него с отрядом, в котором было много арбалетчиков и аркебузьеров. Теперь, когда его отряд потерял много лошадей, эти два вида оружия представляли основную силу. Выступление в поход было отложено после того, как его люди захватили 8 разведчиков, высланных вперед Альмагро. Теперь две испанские экспедиции противостояли друг другу. У Альварадо было больше людей, и, пережив суровые трудности во время похода в глубь страны, они отчаянно хотели заняться грабежами, чтобы вознаградить себя. С другой стороны, Альмагро представлял христиан, которые уже овладели Кито. Он укрепил свою позицию, официально основав испанский город под названием Сантьяго-де-Кито, находясь при этом в Риобамбе. Ситуация была скверная. Обе соперничающие стороны выставили вооруженную охрану у своих лагерей и приготовились к бою, в котором силы были бы в гораздо большей степени равны, нежели бой любого из отрядов испанцев с местным населением. Если бы он произошел, то уцелевшие испанцы оказались бы настолько ослаблены потерями, что, возможно, пали бы под натиском индейцев. Но кровопролития удалось избежать благодаря серии трудных переговоров. Альмагро согласился купить у Альварадо его корабли и снаряжение за 100 тысяч песо золота. Альварадо должен был возвратиться в Гватемалу, но его людям было разрешено остаться в Перу под командованием Писарро. Соглашение об этом было подписано 26 августа, и два дня спустя Альмагро и Альварадо выехали назад в Кито и основали испанский город Сан-Франсиско-де-Кито. Затем двое командующих отправились назад в Перу, где Альварадо должен был получить свои деньги, а Беналькасара оставили в новом городе с четырьмя или пятью сотнями человек из обеих армий.

А Кискис к этому времени уже входил на территорию Южного Эквадора. Он и его армия совершили небывалое отступление, покрыв расстояние более тысячи миль после того, как покинули кунти-суйю. Армия по-прежнему насчитывала от 12 тысяч до 20 тысяч воинов и огромное количество индейцев, просто примкнувших к армии, рекрутов-носильщиков и вьючных животных. По дороге армия угоняла стада лам, морских свинок и забирала продовольствие из деревень, находившихся на ее пути, сжигала и уничтожала все на той местности, через которую проходила. Это делалось отчасти для того, чтобы затруднить преследование со стороны Манко и Сото и чтобы уменьшить в глазах испанцев ценность покинутых земель. Это также был прощальный удар, нанесенный в ходе гражданской войны, жестокое наказание за сотрудничество со сторонниками Уаскара.

Первое донесение о приближении армии Кискиса пришло от индейцев-каньяри, чей вождь предупредил Альмагро и Альварадо, когда они проходили через Томебамбу на юг. Альмагро не поверил этой новости и продолжил поход. И только волею случая отряд Альварадо застиг врасплох авангард Кискиса под командованием Сотаурко, который занимал перевал в провинции Чапарра, расположенный на пути его следования. Самого Сотаурко испанцы взяли в плен и вынудили выдать место расположения остальной части китонской армии. Испанцы понимали, что, чувствуя себя в течение многих недель похода в полной безопасности, Кискис не ожидал встретить вдруг испанцев. Поэтому они стали действовать быстро. Альмагро и Альварадо предприняли ночной марш-бросок вместе со всей кавалерией, способной его выдержать. На какое-то время ночью им пришлось сделать остановку, «потому что, когда они спускались вниз по ущелью, их кони потеряли подковы, цепляясь за скалы, и им пришлось остановиться, чтобы подковать их при свете костров. Но они продолжили свой марш и двигались с большой скоростью и не останавливались до конца следующего дня, когда перед их глазами предстал лагерь Кискиса».