Инквизиционная система предусматривала: если обвиняемый отказывался защищаться, это признавалось равным отказу явиться на суд, в таком поведении видели акт признания, и обвиняемого немедленно выдавали в руки светской власти на сожжение. Но обвиняемый, пытавшийся защищаться, имел так мало надежды на успех, что часто в самом начале процесса люди отказывались от защиты. Часто в приговорах указывается, что осужденный имел возможность защищаться, но отказался от этого.

В случае возбуждения дела против умерших на суд для зашиты покойника вызывались его дети или наследники, а также оглашением по церквам вызывались все заинтересованные в деле. В третьем оглашении объявлялось, что если никто не явится в назначенный день, то все равно будет вынесен приговор. В приговорах по делам об умерших всегда тщательно отмечаются эти предварительные оглашения. Но, несмотря на притворное стремление сохранить справедливость, суды над мертвыми были не меньшей карикатурой на правосудие, чем суды, жертвой которых являлись живые. На аутодафе, бывшем в Тулузе в 1309 году, осудили четверых покойников; в одном случае никто не явился на суд, а в трех других явившиеся наследники отказались защищаться. В деле Петра де Тормамира наследникам удалось в конце концов добиться отмены приговора ввиду крупных нарушений закона при ведении дела, но для этого потребовалось тридцать два года упорной борьбы, причем все это время имущество покойного находилось под арестом.

В теории обвиняемый имел право, как и в других судах, отвести судью, но этого никогда не бывало на деле. Нельзя было оправдываться собственным невежеством. Того, кто упорно отрицал приписываемую ему вину, выражал готовность исповедовать веру и во всем повиноваться церкви, считали закоренелым и нераскаянным еретиком, недостойным снисхождения. Самоубийство в тюрьме приравнивалось к признанию вины и вело к ограничению прав наследников. Правда, сумасшествие или опьянение могли быть признаны обстоятельствами, смягчающими поведение раскаявшегося еретика, но только в том случае, если он согласился с выводами, к которым пришел инквизитор; в противном случае его выдавали светским властям.

Как-то Бернар Делисье, францисканский монах из Каркассона, в присутствии Филиппа Красивого и его двора заявил, что если бы апостолы Петр и Павел были обвинены в почитании еретиков и инквизиция возбудила против них преследование, то они никоим образом не могли бы оправдаться. Они спросили бы: «Перед какими еретиками?» — и им назвали бы нескольких известных в стране людей, не дав никаких объяснений. Если бы они поинтересовались именами свидетелей, то не услышали бы ни одного. «Каким же образом, — вскричал Бернар, — могли бы святые апостолы говорить в свою защиту, особенно при том условии, что всякого, явившегося к ним на помощь, сейчас же обвинили бы в сочувствии ереси?»

В теории можно было в случае медленности или неправильности судопроизводства пожаловаться на инквизицию папе, но сделать это следовало раньше объявления приговора, изменить который уже было нельзя. Точнее, папа имел на это право, но пользовался им крайне редко. При этом инквизиторы на вполне законных основаниях могли воспрепятствовать жалобщику. Руководства для инквизиторов содержали на этот счет множество советов и прямо поучали их коварным уловкам. Кроме того, процедура подачи жалоб благодаря своей сложности была доступна только людям, очень хорошо осведомленным в законах. Изредка папа вмешивался в дело по собственной инициативе, особенно если речь шла о людях богатых. Курия всегда была жадна до денег. Богачи, чья жизнь была поставлена на карту, соглашались разделить свое состояние с папским двором, лишь бы уберечься от преследования. Грамоты папских духовников давали неприкосновенность не только тем, кто попал под суд, но и тем, кто опасался вызова в суд, тем, кто был отлучен от церкви за уклонение от суда, и тем, кто был уже осужден. Впрочем, папское вмешательство редко кого полностью выводило из-под наказания — осуждение в той или иной форме все равно было неизбежно.

В реестре каркассонской инквизиции с 1249 по 1258 год записано около двухсот дел, и нет ни одного случая, чтобы заключенный был признан невиновным и выпушен из тюрьмы. Коли против человека не было никаких улик и он отказывался признаться в прегрешении, его держали в тюрьме столько времени, сколько требовалось инквизитору; если поводом к обвинению была косвенная улика и подозрение было легкое, то он мог быть отпущен на свободу под залог и с условием являться к дверям инквизиции каждый день, пока инквизитор не докажет его виновность. К северу от Альп существовало негласное правило, что никто не должен быть оправдан. Если обвинение совершенно заходило в тупик, то суд выносил вердикт: «Обвинение не доказано», но не говорили, что обвиняемый невиновен, так как это могло бы служить помехой для возбуждения нового дела против него.

Признание подозрения виной значительно облегчило инквизиции возможность не выносить оправдательных приговоров. Эдиктом Фридриха II предписывалось, что подозреваемые в ереси должны доказать свою невиновность; в противном случае они лишались покровительства закона.

Подозрение могло возникнуть разными путями, но особенно часто его порождала молва. Право определять степень подозрения в каждом конкретном случае предоставили инквизиторам. Считалось, что подозреваемые еще не пропащие люди, что их нельзя осуждать наравне с еретиками и следует налагать на них относительно легкие наказания, за исключением случаев «тяжелого» подозрения. Если обвиняемый не мог снять с себя «тяжелое» подозрение, его следовало передать в руки светской власти для дальнейшего суда, и часто этот суд оканчивался строгим приговором.

Подозрение отводилось, если несколько человек под присягой подтверждали невиновность подсудимого. Эти люди (соприсяжники) должны были принадлежать к одному с ним сословию и знать его лично. Число их менялось по усмотрению инквизитора и сообразно со степенью подозрения могло быть от трех до двадцати — тридцати и даже более. Если несчастный не успевал в течение года представить назначенное число соприсяжников, то применялся закон Фридриха II и он признавался еретиком; правда, в этом случае у него был шанс избегнуть костра, раскаявшись и отрекшись от заблуждений; тогда его ждало пожизненное тюремное заключение. Если же обвиняемому удавалось оправдаться благодаря соприсяжникам, то его хотя и выпускали на свободу, все равно не объявляли невиновным, поскольку уже то, что он попал в число подозреваемых, навсегда накладывало на него пятно бесславия.

Даже при таком повороте событий его заставляли отречься от ереси; отречение фиксировалось документально и хранилось в тщательно сберегаемом деле. Если впоследствии дело против этого человека возобновлялось, тот факт, что он ускользнул от первого обвинения, приводился как доказательство виновности.

Существовало несколько формул отречения от ереси в зависимости от того, сколь тяжелым было подозрение. Обряд совершался публично, на аутодафе, за исключением редких случаев, в которых обвиняемыми являлись духовные лица. Часто отречение сопровождалось денежным штрафом. Нежелание отречься — даже если перед этим человек был признан невиновным — вело к немедленному обвинению и скорому осуждению.

По теории, в задачу инквизиции не входило налагать наказания; миссия ее была в том, чтобы спасти души заблудших, направить их на путь спасения и наложить епитимии на тех, кто вступал на этот путь, подобно тому как делал это исповедник в отношении своих духовных детей. Ее приговоры — так мыслилось церковью — имели в виду лишь благо заблудших душ, очищение или искупление их от грехов. Когда инквизиция приговаривала к пожизненной тюрьме, формально это было простое повеление виновному предать себя тюремному заключению и посадить себя на хлеб и воду; затем ему объявляли, что он не должен выходить из тюрьмы под страхом отлучения от церкви и признания его клятвопреступником и нераскаявшимся еретиком. Если ему удавалось бежать, то в объявлении об этом он выставлялся безумцем, отвергшим спасительное лекарство.